경정거부처분취소의소

원고 1 외 6인 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 마옥현 외 1인)
분당세무서장 외 6인
서울행정법원 2024. 5. 30. 선고 2023구합58237 판결
2025. 5. 15.

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

제1심판결을 취소한다.
1. 피고 분당세무서장이 2021. 9. 15. 원고 1에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 1,544,395,893원의 경정거부처분을,
2. 피고 도봉세무서장이 2021. 9. 2. 원고 2에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 9,886,897원의 경정거부처분을,
3. 피고 성북세무서장이 2021. 9. 9. 원고 3에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 16,182,721원의 경정거부처분을,
4. 피고 구리세무서장이 2021. 9. 23. 원고 4에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 9,075,439원의 경정거부처분을,
5. 피고 반포세무서장이 2021. 8. 20. 원고 5에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 916,804,468원의 경정거부처분을,
6. 피고 용산세무서장이 2021. 9. 23. 원고 6에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 10,567,831원의 경정거부처분을,
7. 피고 동작세무서장이 2021. 9. 9. 원고 7에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 281,837,807원의 경정거부처분을,
각 취소한다.
1. 제1심판결의 인용
원고들의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심법원이 적법하게 채택하여 조사한 증거들과 이 법원이 추가로 조사한 증거들을 원고들의 주장에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결의 이유 중 일부를 제2항 기재와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 및 약어 포함하여 이를 그대로 인용한다.
2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분
○ 5면 글상자 안 6행의 "구리세무서장"을 "용산세무서장"으로, 7행의 "용산세무서장"을 "구리세무서장"으로 각 고쳐 쓴다.
○ 5면 글상자 아래에서 4~10행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『1) 이 사건 규정은 과세 편의를 위하여 납세자에게 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 이 사건 규정에서 정한 기한 내에 이 사건 절차가 이행되지 않았다고 하더라도 원고들은 이 사건 특례조항에서 정한 과세특례를 적용받을 수 있다.
2) 설령 이 사건 절차가 과세특례 적용을 위한 필수요건에 해당한다고 보더라도, 원고 1, 원고 5는 이 사건 주식매수선택권 행사 당시 전용계좌를 개설하고 이 사건 주식매수선택권 행사로 인수된 신주는 위 전용계좌에 보호예수 되었으므로 원고 1, 원고 5는 이 사건 특례조항에서 정한 과세특례를 적용받을 수 있다.』
○ 7면 아래에서 7행부터 8면 7행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『가) 관계 법령의 내용을 종합하여 보면, 이 사건 특례조항의 적용 여부에 따라 주식매수선택권을 행사하는 벤처기업 임원 등이 납부하여야 할 세금의 세목, 세액 및 그 산출근거, 신고기한 등이 달라지고, 주식매수선택권 행사로 벤처기업이 부담하는 비용이 손금에 산입되지 않음에 따라 해당 벤처기업이 당해 사업연도에 납부하여야 하는 법인세액도 함께 달라진다. 그러므로 이 사건 특례조항에서 이 사건 규정이 정한 기한 내에 이 사건 절차를 이행하도록 한 것은, 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위하여 절차를 구체적으로 정한 것으로서 이 사건 특례조항에서 정한 과세특례 적용을 위한 필수요건에 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 달리 이 사건 규정에서 정한 절차가 단순히 납세자에게 협력의무를 부과한 것에 불과하여 이 사건 절차를 통한 신청이 없더라도 당연히 종합소득세 비과세 특례 대상에 해당하거나 그 신청시기에 제한이 없다는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다. 원고들이 원용하는 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결, 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결의 법리는 법령상 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청에 따라 감면 여부나 감면세액이 달라지지 아니하는 경우에 관한 판단으로, 이 사건과 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
나) 이에 대하여 원고들은, 구 조세특례제한법 제16조의3 제3항, 구 조세특례제한법 시행령 제14조의3 제2항 또는 제5항에 따라 기한 뒤에 신청서를 제출하여도 주식매수선택권 행사이익 납부특례를 적용받을 수 있다는 국세청 및 기획재정부의 유권해석(국세청 서면-2023-법규소득-0008, 2024. 7. 25., 기획재정부 소득세제과-754, 2024. 7. 17.)을 근거로 원고들이 이 사건 절차를 준수하지 않았다고 하더라도 이 사건 특례조항이 적용된다고 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항에서 정한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례는 벤처기업 임원 등이 2021. 12. 31. 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)을 현금으로 교부받지 않는 경우에 한하여 벤처기업 임원 등의 납부특례 신청에 따라 그 소득세의 납부 방식을 각 호에서 규정한 대로 변경할 수 있도록 한 제도이다. 즉, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례는 주식매수선택권 행사이익에 대한 소득세의 납부 방식만을 변경할 뿐 구체적인 세목, 세액 및 그 산출근거 등에 중대한 변동을 초래하지 않는다는 점에서 이 사건 특례조항에서 정한 과세특례와 분명하게 구별된다. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 대한 해석론이 이 사건 특례조항에서 정한 과세특례에도 적용된다는 취지의 원고들의 주장도 받아들일 수 없다.』
○ 8면 9행부터 9면 3행까지의 기재를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『1) 조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).
2) 원고들이 이 사건 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고 이 사건 회사에 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항의 서류를 제출하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 한편, 갑 제29, 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 1, 원고 5가 2020. 4. 8. 보호예수를 위한 전용계좌를 개설한 사실, 이 사건 주식매수선택권의 행사에 의하여 발행된 신주가 2020. 4. 24. 위 각 전용계좌에 입고된 사실은 인정된다. 그러나 그와 같은 사실만으로 원고 1, 원고 5가 개설한 각 전용계좌가 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항의 주식매수선택권 전용계좌에 해당한다거나 이 사건 규정에서 정한 기한 내에 이 사건 절차를 이행하였다고 볼 수는 없다. 결국 원고들은 이 사건 특례조항에서 정한 절차를 이행하지 아니하였다고 할 것이므로, 이에 반하는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.』
○ 9면 8행의 "제51조 제5호"를 "제51조 제5항 제5호"로 고쳐 쓴다.
○ 9면 13행의 "제2항에서는"을 "제2항 제2호에서는"으로 고쳐 쓴다.
○ 9면 16행의 "제63조 제1항 나목"을 "제63조 제1항 제1호 (나)목"으로 고쳐 쓴다.
○ 12면 9행과 10행 사이에 아래와 같은 기재를 추가한다.
『마) 이 사건 회사가 2020. 11.경 코스닥 상장 추진 과정에서 작성한 투자설명서(피고 2025. 5. 13. 자 준비서면 첨부 참고자료)에 의하면, 이 사건 회사는 2020. 11.경 주당 희망공모가액을 1차 증권신고서가 제출된 2020. 8. 4.을 기준으로 21,200원부터 26,500원까지, 2차 증권신고서가 제출된 2020. 10. 12.을 기준으로 19,700원부터 25,500원까지의 금액으로 산정하였고[이 사건 회사 투자설명서 122면(전자기록상 부여되는 면수를 기준으로 한다. 이하 같다)], 실제로 대표주관회사인 △△△ 주식회사와 이 사건 회사는 그 무렵 이 사건 회사의 주당 확정공모가액을 25,500원으로 결정하였다(이 사건 회사 투자설명서 32면). 위 확정공모가액은 국내외 기관투자자를 대상으로 실시한 수요예측 결과 및 주식시장 상황 등을 고려하여 결정된 것으로 보이는바, 이 사건 거래 당시 거래가액(1주당 20,000원)과 유사한 가액이다.』
○ 13면의 "별지 1"을 "별지"로 고쳐 쓴다.
○ 13~18면의 별지 ‘관계법령’ 항목에 이 판결의 별지 추가관계법령을 추가한다.
3. 결론
그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고들의 항소를 모두 기각하기로 한다.
[별지 추가 관계법령 생략]

판사 윤강열(재판장) 김형진 김선아