‹ 뒤로
1심
취득세
1.피고가 2023. 1. 16. 원고에 대하여 한 취득세 424,768,010원(가산세 포함), 지방교육세 22,119,680원(가산세 포함) 부과처분 중 취득세 376,734,390원, 지방교육세 21,527,670원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
1. 처분의 경위
가. 원고는 2021. 3. 18. 창고시설의 건설, 창고사업, 포장사업, 통관중개업 및 국제물류주선업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다.
나. 원고는 2021. 6. 18. ◇◇항만공사와 사이에 국가(해양수산부) 소유인 ◇◇ 연수구 소재 토지{이후 송도동 ○-○ 토지에 같은 동 ○-○, ○-○, ○-○ 토지가 합병되었다(총면적 75,099.6㎡), 이하 ‘이 사건 부지’라 함}에 관하여 사용목적 수출입 화물처리를 위한 복합물류 및 제조시설, 임대차기간 2021. 5. 21.부터 30년간(10년 단위로 최대 20년의 범위 내에서 연장 가능)으로 한 임대차계약을 체결하였다.
다. 원고는 이 사건 부지 지상에 아래 건축물(이하 ‘이 사건 건축물’)을 신축하여 2022. 7. 12. 사용승인을 받았다.
라. 원고는 2022. 7. 22. 피고에게 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항, 같은 법 시행령 제33조 제2항(이하 ‘이 사건 경감규정’)에서 정하는 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류시설용 부동산’에 해당한다고 신고하여 이 사건 건축물에 대한 취득세의 100분의 50을 감면받았다.
마. 피고는 ‘이 사건 건축물이 위치한 지역이 구 지방세특례제한법 제71조 제1항, 제2항에서 규정하는 물류시설법 제22조 제1항의 물류단지에 해당하지 않는다’는 사유로, 2023. 1. 16. 원고에 대하여 취득세 424,768,010원(= 본세 376,734,390원 + 과소신고가산세 37,673,430원 + 납부지연가산세 10,360,190원), 지방교육세 22,119,680원(= 본세 21,527,670원 + 납부지연가산세 592,010원) 합계 446,887,690원을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 “관계 법령” 기재와 같다.
3. 원고 주장의 요지
가. 아래와 같이 이 사건 건축물은 ‘물류단지 내 위치한 토지 취득일 이전에 신축한 건축물’에 해당하여 이 사건 경감규정이 적용되어야 한다.
1) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률(이하 ‘경제자유구역법’) 제7조의2 제5호에서 경제자유구역의 지정이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 ‘물류시설법’) 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제1항 제32호의 인 ㆍ 허가 등의 의제규정에서는 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받으면 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 건축물이 소재한 지역은 구 지방세특례제한법 제71조 제1, 2항에서 규정하는 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당한다.
2) 피고는 원고의 이의신청 이후부터 ‘이 사건 건축물이 구 지방세특례제한법 제71조 제2항에 따른 물류시설용 부동산에 해당하지 않는다’는 사유를 추가하고 있으나, 이는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 없다. 그렇지 않더라도 이 사건 경감규정에서 정하고 있는 ‘토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물’에는 추후 토지를 취득하는 경우뿐만 아니라 그 토지를 임차하는 것도 포함된다고 보아야 한다.
나. 경제자유구역 내에 입점한 다른 업체들에 대하여 이 사건 경감규정을 적용하여 취득세를 감면해 준 사례가 있으며, 원고에게 교부한 취득세 감면 안내 등에 비추어 이 사건 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.
다. 과소신고가산세 및 납부지연가산세의 적용 대상이 아니고 정당한 이유가 있으므로 피고의 가산세 부과 처분은 위법하다
4. 판단
가. 관계 규정 및 관련 법리
구 지방세특례제한법 제71조 제1항은 ‘물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 재산세를 경감한다고 규정하는 한편, 제71조 제2항은 ‘물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산에 대하여 취득세 및 재산세를 경감한다고 규정하였고, 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항은 구 지방세특례제한법 제71조 제2항에서 ’대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산‘이란 물류시설법 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(「유통산업발전법」 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다’고 규정하고 있다.
한편, 물류시설법은, 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여「지방세특례제한법」등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하였다(제58조).
또한 물류시설법은, 물류단지란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말하고(제2조 제6호), 일반물류단지시설은 화물의 운송ㆍ집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ가공ㆍ조립ㆍ통관ㆍ보관ㆍ판매ㆍ정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 각 시설을 말하며(제2조 제7호), 물류단지개발사업 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 분양 또는 임대할 수 있고(제50조 제1항), 물류단지의 입주기업체는 물류단지개발사업 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다고 규정하고 있다(제50조의2 제1항).
구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 위와 같은 규정과 앞서 본 물류시설법의 규정을 종합해 보면, 구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 입법취지는, 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 직접 하려는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 설치하는 일반물류단지시설에 대하여, 관련 취득세를 경감함으로써, 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이라고 할 것이다.
나. 이 사건 처분 중 ‘본세’ 부분에 관하여
1) 피고는 당초 이 사건 건축물이 위치한 지역이 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘에 해당하지 않는다는 처분사유로 이 사건 처분을 하였으나, 위와 같은 당초 처분사유는 존재한다고 볼 수 없다. 그 이유는 아래와 같다.
- 경제자유구역법 제7조의2 제5호는 경제자유구역으로 지정되는 경우에는 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제1항 제32호는 개발사업시행자가 같은 법 제9조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받은 경우에는 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있다(이하 ’이 사건 의제규정‘).
- 갑 9, 10호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 건축물이 위치한 △△동 ○-○ 토지를 포함하여 △△동 일대는 ◇◇경제자유구역 △△국제도시 신항물류단지(B) 실시계획(변경) 승인 고시(인천광역시경제자유구역청고시 제2014-105호, 2014. 4. 14.)된 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 의제규정에 따라 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획을 물류단지지정권자에게 승인을 받은 것으로 볼 수 있다.
- 이 사건 의제규정에 따라 물류단지의 지정이 의제되는 경우도 이 사건 경감규정의 규율대상에 포함되는지는 결국 이 사건 경감규정을 포함한 지방세법령의 조문 구조 및 체계, 문언 등에 따른 법령해석 문제라 할 것인데(대법원 2023. 9. 14. 선고 2021두40027 판결 등 참조), ① 구 지방세특례제한법은 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘라고 규정할 뿐, 경제자유구역법 등에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있는 것으로 보는 물류단지를 배제하고 있지 않은 점, ② 경제자유구역법 등에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있는 것으로 보는 물류단지와 물류시설법 제22조에 따라 지정된 물류단지를 달리 취급하여야 할 만큼 그 내용, 방법과 효과 등에 차이가 있다고 볼 뚜렷한 근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 의제규정에 따라 물류단지의 지정이 의제되는 경우도 이 사건 경감규정에서 말하는 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘에 포함된다고 해석함이 옳다.
2) 갑 7, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2023. 3. 13. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 제기하였고, 인천광역시장이 2023. 9. 25. ’원고가 물류단지 사업시행자로부터 임차한 이 사건 부지에 이 사건 건축물을 신축한 이상 이 사건 경감규정 중 물류시설용 부동산에 해당하지 않는다‘는 취지로 이의신청을 기각한 이래, 피고는 위와 같은 처분사유를 추가한 사실을 알 수 있다.
가) 먼저 처분 사유 추가 허용 여부에 관하여 본다.
과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 당시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성을 유지하는 범위에서 그 사유를 교환ㆍ변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나, 처분 당시의 처분사유만 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 등 참조). 종전 처분사유와 추가한 위 처분사유는 ’원고가 이 사건 부지 지상에 이 사건 건축물을 신축하였다‘는 동일한 기본적 사실관계에 관하여 그 법률적인 평가만을 달리할 뿐이므로, 위와 같은 피고의 처분사유 추가는 허용된다.
나) 원고가 물류단지 사업시행자로부터 임차한 이 사건 부지에 신축한 이 사건 건축물이 이 사건 경감규정 중 ’물류시설용 부동산‘에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 이 사건 경감조항의 문언, 입법 취지 등에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 위와 같은 경우, 이 사건 경감규정에서 정한 ‘물류시설용 부동산’에 해당한다고 볼 수 없다.
- 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 축소해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1996. 5. 28. 선고 95누7154 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
- 앞서 본바와 같이 구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 입법취지는, 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 직접 하려는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 설치하는 일반물류단지시설에 대하여, 관련 취득세를 경감함으로써, 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이라고 할 것이다.
- 이 사건 경감규정의 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 “물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지”와 “바로 그 토지에 토지 취득일로부터 5년 이내에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물”임은 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항의 문언상 분명하고, “일반물류단지시설을 설치하기 위해”라고 규정한 것에 비추어 보더라도 토지 취득을 전제로 한다고 봄이 타당하다.
- 원고는 이 사건 경감규정의 괄호 부분, 즉 “(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물)”에는 토지를 임차하여 신축하거나 증축한 건축물도 포함된다고 보아야 한다는 취지의 주장을 하지만, 이와 같이 볼 근거가 없다. 오히려 물류시설법이 물류단지개발사업의 준공 전 분양계약 체결 또는 준공인가 전 사용허가를 받는 것을 허용함(제50조의2 제1항)에 대응하는 규정이라고 보일 뿐이다.
다) 신의성실의 원칙 위반 주장에 관하여 본다.
조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 법령 해석을 그르쳐 납세의무자에게 비과세·감면 확인서 등을 잘못 교부하였다 하여도 이는 공적인 견해의 표명에 해당하는 것으로 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결, 대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 살피건대, 갑 8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고가 취득세 신고를 한 2022. 7. 22. 피고가 원고에 대하여 ‘취득세 감면 안내’ 문서를 발급해 주었고, 피고는 원고 외에 그 인근 업체들에 대하여 이 사건 경감규정을 적용하여 취득세를 감면해준 것으로는 보이나, 이러한 사정들만으로 피고가 신뢰의 대상이 될 만한 공적 견해를 표명하였다고 보기는 어렵고, 달리 이러한 점을 인정할 만한 다른 사정을 찾아볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
3) 따라서 이 사건 처분 중 ‘본세’ 부분은 피고가 추가한 처분사유에 따라 적법하다.
다. 이 사건 처분 중 ‘가산세’ 부분에 관하여
1) 과소신고가산세 부분의 위법 여부
가) 지방세법 제20조 제1항은 ‘취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.’고 규정하고, 제21조 제1항 제1호는 ‘취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우에는 제10조의 2부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.’고 규정하고 있다. 지방세기본법 제54조 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 ‘신고하여야 할 납부세액’보다 납부세액을 적게 신고한 경우에는 ‘과소신고한 납부세액’의 100분의 10에 상당하는 금액을 ‘과소신고가산세’를 부과하도록 규정하고 있다.
나) 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 특히 지방세법 제20조 제1항은 신고의무의 대상을 ‘과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액’이라고 정하고 있고, 구 지방세기본법 제54조 제1항은 ‘신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(과소신고)한 경우’를 과소신고가산세 부과요건으로 정하면서 ‘과소신고한 납부세액’을 과소신고가산세의 산정기초로 삼고 있을 뿐인 점, 납부지연가산세는 원칙적으로 납세의무자가 최종적으로 납부하여야 할 세액의 납부의무를 이행하지 아니한 것에 대한 제재인 데 비하여 과소신고가산세는 납세의무자가 과세표준이나 산출세액 등의 신고의무를 이행하지 아니한 것에 대한 제재로서 입법정책에 따라 세목별로 신고의무의 대상과 가산세의 산정기초를 다양하게 정하고 있는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 취득세 납세의무자가 그 각 과세표준에 세율을 곱한 ‘산출세액’을 정당하게 신고한 이상, 지방세특례제한법에 근거한 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부할 세액을 잘못 신고하였다고 하더라도 취득세의 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결 등 참조).
다) 위 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들, 즉 원고는 2022. 7. 22. 이 사건 건축물에 관하여 정당한 과세표준에 세율을 곱한 산출세액, 관련 규정에 따라 산정한 감면세액, 산출세액에서 감면세액을 차감하여 실제로 납부할 세액 등을 산정하여 취득세 등 신고 및 감면신청 절차를 마친 점, 이에 피고는 원고의 위 신고 및 신청 내용을 받아들여 이 사건 건축물에 관한 취득세 감면 안내를 한 점, 원고는 피고로부터 당초 산출세액에서 감면세액을 차감한 나머지인 납부할 세액을 정상적으로 납부한 점 등을 종합해 보면, 원고는 이 사건 건축물에 대하여 지방세법에서 정한 취득세 등의 신고의무를 다하였다고 할 것이므로, 피고가 원고에게 과소신고가산세 37,673,430원을 부과한 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
2) 납부지연가산세 부분의 위법 여부
비록 결과적으로 원고가 취득세 등 지방세 경감 여부에 대하여 잘못 판단하여 과소 납부한 사정이 있으나, 앞서 신의성실의 원칙 위반 주장 및 과소신고가산세 부분의 위법 여부에 관한 판단 부분에서 본 사정들에, 피고 또한 원고의 이의신청에 대한 결정 이후부터 처분사유를 추가하였던 점 등을 더하여 보면 취득세 등을 과소 납부하여 결과적으로 그 의무이행을 해태하였더라도, 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 옳다. 따라서 피고가 원고에게 납부지연가산세 10,360,190원, 592,010원을 각각 부과한 것은 위법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.
3) 결국 이 사건 처분 중 ‘가산세’ 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
5. 결론
원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 일부 인용한다.
별지
관계 법령
■ 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 이전의 것)
제71조(물류단지 등에 대한 감면)
① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.
② 물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업(이하 이 항에서 "물류사업"이라 한다)을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산(이하 이 항에서 "물류시설용 부동산"이라 한다)에 대해서는 2022년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2022년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산에 대해서는 그 물류시설용 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.
제183조(감면신청 등)
① 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.
② 제1항에 따른 지방세 감면신청을 받은 지방자치단체의 장은 지방세의 감면을 신청한 자(위임을 받은 자를 포함한다)에게 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면 관련 사항을 안내하여야 한다.
■ 구 지방세특례제한법 시행령
제33조(물류사업의 범위 등)
① 법 제71조제2항에서 "대통령령으로 정하는 물류사업"이란 「물류정책기본법」 제2조제1항제2호에 따른 물류사업을 말한다.
② 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(「유통산업발전법」 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다.
■ 물류정책기본법
제2조(정의)
① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다
2. "물류사업"이란 화주(화주)의 수요에 따라 유상(유상)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(업)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 자동차ㆍ철도차량ㆍ선박ㆍ항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업
나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업
다. 화물운송의 주선(주선), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업
라. 가목부터 다목까지의 물류사업을 종합적ㆍ복합적으로 영위하는 종합물류서비스업
■ 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률
제1조(목적)
이 법은 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "물류단지"란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말한다.
7. "일반물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 물류터미널 및 창고
나. 「유통산업발전법」 제2조 제3호 · 제8호 · 제16호 및 제17조의2의 대규모점포·전문상가단지·공동집배송센터 및 중소유통공동도매물류센터
다. 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」 제2조 제2호 · 제5호 및 제12호의 농수산물도매시장·농수산물공판장 및 농수산물종합유통센터
라. 「궤도운송법」에 따른 궤도사업을 경영하는 자가 그 사업에 사용하는 화물의 운송·하역 및 보관 시설
마. 「축산물위생관리법」 제2조 제11호의 작업장
바. 「농업협동조합법」·「수산업협동조합법」·「산림조합법」·「중소기업협동조합법」 또는 「협동조합 기본법」에 따른 조합 또는 그 중앙회(연합회를 포함한다)가 설치하는 구매사업 또는 판매사업 관련 시설
사. 「화물자동차 운수사업법」 제2조 제2호의 화물자동차운수사업에 이용되는 차고, 화물취급소, 그 밖에 화물의 처리를 위한 시설
아. 「약사법」 제44조 제2항 제2호의 의약품 도매상의 창고 및 영업소시설
자. 그 밖에 물류기능을 가진 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
차. 가목부터 자목까지의 시설에 딸린 시설(제8호 가목 또는 나목의 시설로서 가목부터 자목까지의 시설과 동일한 건축물에 설치되는 시설을 포함한다)
제22조(일반물류단지의 지정)
① 일반물류단지는 다음 각 호의 구분에 따른 자가 지정한다.
1. 국가정책사업으로 물류단지를 개발하거나 물류단지 개발사업의 대상지역이 2개 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관
2. 제1호 외의 경우: 시ㆍ도지사
제50조(개발한 토지ㆍ시설 등의 처분)
① 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등(도시첨단물류단지개발사업의 경우에는 시설의 설치가 완료되지 아니한 토지는 제외한다)을 분양 또는 임대할 수 있다.
제50조의2(물류단지시설 등의 건설공사 착수 등)
① 입주기업체 또는 지원기관은 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토교통부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설 또는 지원시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다
제58조(조세 등의 감면)
국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 「지방세특례제한법」ㆍ지방세감면조례ㆍ「농업ㆍ농촌기본법」ㆍ「농지법」ㆍ「산지관리법」ㆍ「개발이익환수에 관한 법률」ㆍ「수도권정비계획법」 등으로 정하는 바에 따라 지방세ㆍ농지보전부담금ㆍ대체산림자원조성비ㆍ개발부담금 또는 과밀부담금 등을 감면할 수 있다
■ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법
제4조(경제자유구역의 지정 등)
① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다.
제5조(경제자유구역의 지정요건)
경제자유구역은 다음 각 호의 요건을 갖춘 지역에 대하여 지정한다.
1. 경제자유구역기본계획에 부합할 것
2. 충분한 국내외 기업의 입주수요 확보가 가능할 것
3. 외국인 정주(定住)환경의 확보 또는 연계가 가능할 것
4.경제자유구역의 개발에 필요한 부지와 광역교통망ㆍ정보통신망ㆍ용수(用水)ㆍ전력 등 기반시설의 확보가 가능할 것
5. 경제자유구역의 개발에 경제성이 있을 것
6. 지방자치단체의 재정부담, 민간자본 유치방안 등 자금조달계획이 실현 가능할 것
7. 그 밖에 전문인력 확보와 지속발전 가능성 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것
제7조의2(경제자유구역 지정의 효과)
경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정ㆍ결정ㆍ수립ㆍ확정ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.
5. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지의 지정
제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인)
① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조 제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다.
제11조(인가ㆍ허가 등의 의제)
① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가·인가·지정·승인·협의 및 신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.
32. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인
■ 지방세법
제20조(신고 및 납부)
① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
■ 지방세기본법
제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세)
① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
제55조(납부지연가산세)
① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 하고, 제4호의 가산세를 부과하는 기간은 60개월(1개월 미만은 없는 것으로 본다)을 초과할 수 없다.
끝.
판례 · 인천지방법원
취득세등 부과처분취소
2024구합54168
선고 2024.12.12
일반행정
인천지방법원
법원
2024.12.12
선고일
2024구합54168
사건번호
일반행정
사건종류
전문가의 도움이 필요하신가요?
검증된 변호사·법무사를 분야별로 찾아보세요.
전문
심급
1심
세목
취득세
주문
1.피고가 2023. 1. 16. 원고에 대하여 한 취득세 424,768,010원(가산세 포함), 지방교육세 22,119,680원(가산세 포함) 부과처분 중 취득세 376,734,390원, 지방교육세 21,527,670원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2021. 3. 18. 창고시설의 건설, 창고사업, 포장사업, 통관중개업 및 국제물류주선업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다.
나. 원고는 2021. 6. 18. ◇◇항만공사와 사이에 국가(해양수산부) 소유인 ◇◇ 연수구 소재 토지{이후 송도동 ○-○ 토지에 같은 동 ○-○, ○-○, ○-○ 토지가 합병되었다(총면적 75,099.6㎡), 이하 ‘이 사건 부지’라 함}에 관하여 사용목적 수출입 화물처리를 위한 복합물류 및 제조시설, 임대차기간 2021. 5. 21.부터 30년간(10년 단위로 최대 20년의 범위 내에서 연장 가능)으로 한 임대차계약을 체결하였다.
다. 원고는 이 사건 부지 지상에 아래 건축물(이하 ‘이 사건 건축물’)을 신축하여 2022. 7. 12. 사용승인을 받았다.
라. 원고는 2022. 7. 22. 피고에게 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항, 같은 법 시행령 제33조 제2항(이하 ‘이 사건 경감규정’)에서 정하는 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류시설용 부동산’에 해당한다고 신고하여 이 사건 건축물에 대한 취득세의 100분의 50을 감면받았다.
마. 피고는 ‘이 사건 건축물이 위치한 지역이 구 지방세특례제한법 제71조 제1항, 제2항에서 규정하는 물류시설법 제22조 제1항의 물류단지에 해당하지 않는다’는 사유로, 2023. 1. 16. 원고에 대하여 취득세 424,768,010원(= 본세 376,734,390원 + 과소신고가산세 37,673,430원 + 납부지연가산세 10,360,190원), 지방교육세 22,119,680원(= 본세 21,527,670원 + 납부지연가산세 592,010원) 합계 446,887,690원을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 “관계 법령” 기재와 같다.
3. 원고 주장의 요지
가. 아래와 같이 이 사건 건축물은 ‘물류단지 내 위치한 토지 취득일 이전에 신축한 건축물’에 해당하여 이 사건 경감규정이 적용되어야 한다.
1) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률(이하 ‘경제자유구역법’) 제7조의2 제5호에서 경제자유구역의 지정이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 ‘물류시설법’) 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제1항 제32호의 인 ㆍ 허가 등의 의제규정에서는 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받으면 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 건축물이 소재한 지역은 구 지방세특례제한법 제71조 제1, 2항에서 규정하는 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당한다.
2) 피고는 원고의 이의신청 이후부터 ‘이 사건 건축물이 구 지방세특례제한법 제71조 제2항에 따른 물류시설용 부동산에 해당하지 않는다’는 사유를 추가하고 있으나, 이는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 없다. 그렇지 않더라도 이 사건 경감규정에서 정하고 있는 ‘토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물’에는 추후 토지를 취득하는 경우뿐만 아니라 그 토지를 임차하는 것도 포함된다고 보아야 한다.
나. 경제자유구역 내에 입점한 다른 업체들에 대하여 이 사건 경감규정을 적용하여 취득세를 감면해 준 사례가 있으며, 원고에게 교부한 취득세 감면 안내 등에 비추어 이 사건 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.
다. 과소신고가산세 및 납부지연가산세의 적용 대상이 아니고 정당한 이유가 있으므로 피고의 가산세 부과 처분은 위법하다
4. 판단
가. 관계 규정 및 관련 법리
구 지방세특례제한법 제71조 제1항은 ‘물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 재산세를 경감한다고 규정하는 한편, 제71조 제2항은 ‘물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산에 대하여 취득세 및 재산세를 경감한다고 규정하였고, 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항은 구 지방세특례제한법 제71조 제2항에서 ’대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산‘이란 물류시설법 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(「유통산업발전법」 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다’고 규정하고 있다.
한편, 물류시설법은, 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여「지방세특례제한법」등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하였다(제58조).
또한 물류시설법은, 물류단지란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말하고(제2조 제6호), 일반물류단지시설은 화물의 운송ㆍ집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ가공ㆍ조립ㆍ통관ㆍ보관ㆍ판매ㆍ정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 각 시설을 말하며(제2조 제7호), 물류단지개발사업 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 분양 또는 임대할 수 있고(제50조 제1항), 물류단지의 입주기업체는 물류단지개발사업 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다고 규정하고 있다(제50조의2 제1항).
구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 위와 같은 규정과 앞서 본 물류시설법의 규정을 종합해 보면, 구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 입법취지는, 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 직접 하려는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 설치하는 일반물류단지시설에 대하여, 관련 취득세를 경감함으로써, 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이라고 할 것이다.
나. 이 사건 처분 중 ‘본세’ 부분에 관하여
1) 피고는 당초 이 사건 건축물이 위치한 지역이 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘에 해당하지 않는다는 처분사유로 이 사건 처분을 하였으나, 위와 같은 당초 처분사유는 존재한다고 볼 수 없다. 그 이유는 아래와 같다.
- 경제자유구역법 제7조의2 제5호는 경제자유구역으로 지정되는 경우에는 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제1항 제32호는 개발사업시행자가 같은 법 제9조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받은 경우에는 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있다(이하 ’이 사건 의제규정‘).
- 갑 9, 10호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 건축물이 위치한 △△동 ○-○ 토지를 포함하여 △△동 일대는 ◇◇경제자유구역 △△국제도시 신항물류단지(B) 실시계획(변경) 승인 고시(인천광역시경제자유구역청고시 제2014-105호, 2014. 4. 14.)된 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 의제규정에 따라 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획을 물류단지지정권자에게 승인을 받은 것으로 볼 수 있다.
- 이 사건 의제규정에 따라 물류단지의 지정이 의제되는 경우도 이 사건 경감규정의 규율대상에 포함되는지는 결국 이 사건 경감규정을 포함한 지방세법령의 조문 구조 및 체계, 문언 등에 따른 법령해석 문제라 할 것인데(대법원 2023. 9. 14. 선고 2021두40027 판결 등 참조), ① 구 지방세특례제한법은 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘라고 규정할 뿐, 경제자유구역법 등에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있는 것으로 보는 물류단지를 배제하고 있지 않은 점, ② 경제자유구역법 등에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있는 것으로 보는 물류단지와 물류시설법 제22조에 따라 지정된 물류단지를 달리 취급하여야 할 만큼 그 내용, 방법과 효과 등에 차이가 있다고 볼 뚜렷한 근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 의제규정에 따라 물류단지의 지정이 의제되는 경우도 이 사건 경감규정에서 말하는 ’물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지‘에 포함된다고 해석함이 옳다.
2) 갑 7, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2023. 3. 13. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 제기하였고, 인천광역시장이 2023. 9. 25. ’원고가 물류단지 사업시행자로부터 임차한 이 사건 부지에 이 사건 건축물을 신축한 이상 이 사건 경감규정 중 물류시설용 부동산에 해당하지 않는다‘는 취지로 이의신청을 기각한 이래, 피고는 위와 같은 처분사유를 추가한 사실을 알 수 있다.
가) 먼저 처분 사유 추가 허용 여부에 관하여 본다.
과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 당시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성을 유지하는 범위에서 그 사유를 교환ㆍ변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나, 처분 당시의 처분사유만 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 등 참조). 종전 처분사유와 추가한 위 처분사유는 ’원고가 이 사건 부지 지상에 이 사건 건축물을 신축하였다‘는 동일한 기본적 사실관계에 관하여 그 법률적인 평가만을 달리할 뿐이므로, 위와 같은 피고의 처분사유 추가는 허용된다.
나) 원고가 물류단지 사업시행자로부터 임차한 이 사건 부지에 신축한 이 사건 건축물이 이 사건 경감규정 중 ’물류시설용 부동산‘에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 이 사건 경감조항의 문언, 입법 취지 등에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 위와 같은 경우, 이 사건 경감규정에서 정한 ‘물류시설용 부동산’에 해당한다고 볼 수 없다.
- 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 축소해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1996. 5. 28. 선고 95누7154 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
- 앞서 본바와 같이 구 지방세특례제한법 제70조 제1항과 제2항의 입법취지는, 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 직접 하려는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 설치하는 일반물류단지시설에 대하여, 관련 취득세를 경감함으로써, 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이라고 할 것이다.
- 이 사건 경감규정의 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 “물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지”와 “바로 그 토지에 토지 취득일로부터 5년 이내에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물”임은 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항의 문언상 분명하고, “일반물류단지시설을 설치하기 위해”라고 규정한 것에 비추어 보더라도 토지 취득을 전제로 한다고 봄이 타당하다.
- 원고는 이 사건 경감규정의 괄호 부분, 즉 “(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물)”에는 토지를 임차하여 신축하거나 증축한 건축물도 포함된다고 보아야 한다는 취지의 주장을 하지만, 이와 같이 볼 근거가 없다. 오히려 물류시설법이 물류단지개발사업의 준공 전 분양계약 체결 또는 준공인가 전 사용허가를 받는 것을 허용함(제50조의2 제1항)에 대응하는 규정이라고 보일 뿐이다.
다) 신의성실의 원칙 위반 주장에 관하여 본다.
조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 법령 해석을 그르쳐 납세의무자에게 비과세·감면 확인서 등을 잘못 교부하였다 하여도 이는 공적인 견해의 표명에 해당하는 것으로 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결, 대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 살피건대, 갑 8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고가 취득세 신고를 한 2022. 7. 22. 피고가 원고에 대하여 ‘취득세 감면 안내’ 문서를 발급해 주었고, 피고는 원고 외에 그 인근 업체들에 대하여 이 사건 경감규정을 적용하여 취득세를 감면해준 것으로는 보이나, 이러한 사정들만으로 피고가 신뢰의 대상이 될 만한 공적 견해를 표명하였다고 보기는 어렵고, 달리 이러한 점을 인정할 만한 다른 사정을 찾아볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
3) 따라서 이 사건 처분 중 ‘본세’ 부분은 피고가 추가한 처분사유에 따라 적법하다.
다. 이 사건 처분 중 ‘가산세’ 부분에 관하여
1) 과소신고가산세 부분의 위법 여부
가) 지방세법 제20조 제1항은 ‘취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.’고 규정하고, 제21조 제1항 제1호는 ‘취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우에는 제10조의 2부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.’고 규정하고 있다. 지방세기본법 제54조 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 ‘신고하여야 할 납부세액’보다 납부세액을 적게 신고한 경우에는 ‘과소신고한 납부세액’의 100분의 10에 상당하는 금액을 ‘과소신고가산세’를 부과하도록 규정하고 있다.
나) 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 특히 지방세법 제20조 제1항은 신고의무의 대상을 ‘과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액’이라고 정하고 있고, 구 지방세기본법 제54조 제1항은 ‘신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(과소신고)한 경우’를 과소신고가산세 부과요건으로 정하면서 ‘과소신고한 납부세액’을 과소신고가산세의 산정기초로 삼고 있을 뿐인 점, 납부지연가산세는 원칙적으로 납세의무자가 최종적으로 납부하여야 할 세액의 납부의무를 이행하지 아니한 것에 대한 제재인 데 비하여 과소신고가산세는 납세의무자가 과세표준이나 산출세액 등의 신고의무를 이행하지 아니한 것에 대한 제재로서 입법정책에 따라 세목별로 신고의무의 대상과 가산세의 산정기초를 다양하게 정하고 있는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 취득세 납세의무자가 그 각 과세표준에 세율을 곱한 ‘산출세액’을 정당하게 신고한 이상, 지방세특례제한법에 근거한 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부할 세액을 잘못 신고하였다고 하더라도 취득세의 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결 등 참조).
다) 위 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들, 즉 원고는 2022. 7. 22. 이 사건 건축물에 관하여 정당한 과세표준에 세율을 곱한 산출세액, 관련 규정에 따라 산정한 감면세액, 산출세액에서 감면세액을 차감하여 실제로 납부할 세액 등을 산정하여 취득세 등 신고 및 감면신청 절차를 마친 점, 이에 피고는 원고의 위 신고 및 신청 내용을 받아들여 이 사건 건축물에 관한 취득세 감면 안내를 한 점, 원고는 피고로부터 당초 산출세액에서 감면세액을 차감한 나머지인 납부할 세액을 정상적으로 납부한 점 등을 종합해 보면, 원고는 이 사건 건축물에 대하여 지방세법에서 정한 취득세 등의 신고의무를 다하였다고 할 것이므로, 피고가 원고에게 과소신고가산세 37,673,430원을 부과한 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
2) 납부지연가산세 부분의 위법 여부
비록 결과적으로 원고가 취득세 등 지방세 경감 여부에 대하여 잘못 판단하여 과소 납부한 사정이 있으나, 앞서 신의성실의 원칙 위반 주장 및 과소신고가산세 부분의 위법 여부에 관한 판단 부분에서 본 사정들에, 피고 또한 원고의 이의신청에 대한 결정 이후부터 처분사유를 추가하였던 점 등을 더하여 보면 취득세 등을 과소 납부하여 결과적으로 그 의무이행을 해태하였더라도, 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 옳다. 따라서 피고가 원고에게 납부지연가산세 10,360,190원, 592,010원을 각각 부과한 것은 위법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.
3) 결국 이 사건 처분 중 ‘가산세’ 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
5. 결론
원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 일부 인용한다.
별지
관계 법령
■ 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 이전의 것)
제71조(물류단지 등에 대한 감면)
① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.
② 물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업(이하 이 항에서 "물류사업"이라 한다)을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산(이하 이 항에서 "물류시설용 부동산"이라 한다)에 대해서는 2022년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2022년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산에 대해서는 그 물류시설용 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.
제183조(감면신청 등)
① 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.
② 제1항에 따른 지방세 감면신청을 받은 지방자치단체의 장은 지방세의 감면을 신청한 자(위임을 받은 자를 포함한다)에게 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면 관련 사항을 안내하여야 한다.
■ 구 지방세특례제한법 시행령
제33조(물류사업의 범위 등)
① 법 제71조제2항에서 "대통령령으로 정하는 물류사업"이란 「물류정책기본법」 제2조제1항제2호에 따른 물류사업을 말한다.
② 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(「유통산업발전법」 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다.
■ 물류정책기본법
제2조(정의)
① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다
2. "물류사업"이란 화주(화주)의 수요에 따라 유상(유상)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(업)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 자동차ㆍ철도차량ㆍ선박ㆍ항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업
나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업
다. 화물운송의 주선(주선), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업
라. 가목부터 다목까지의 물류사업을 종합적ㆍ복합적으로 영위하는 종합물류서비스업
■ 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률
제1조(목적)
이 법은 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "물류단지"란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말한다.
7. "일반물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 물류터미널 및 창고
나. 「유통산업발전법」 제2조 제3호 · 제8호 · 제16호 및 제17조의2의 대규모점포·전문상가단지·공동집배송센터 및 중소유통공동도매물류센터
다. 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」 제2조 제2호 · 제5호 및 제12호의 농수산물도매시장·농수산물공판장 및 농수산물종합유통센터
라. 「궤도운송법」에 따른 궤도사업을 경영하는 자가 그 사업에 사용하는 화물의 운송·하역 및 보관 시설
마. 「축산물위생관리법」 제2조 제11호의 작업장
바. 「농업협동조합법」·「수산업협동조합법」·「산림조합법」·「중소기업협동조합법」 또는 「협동조합 기본법」에 따른 조합 또는 그 중앙회(연합회를 포함한다)가 설치하는 구매사업 또는 판매사업 관련 시설
사. 「화물자동차 운수사업법」 제2조 제2호의 화물자동차운수사업에 이용되는 차고, 화물취급소, 그 밖에 화물의 처리를 위한 시설
아. 「약사법」 제44조 제2항 제2호의 의약품 도매상의 창고 및 영업소시설
자. 그 밖에 물류기능을 가진 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
차. 가목부터 자목까지의 시설에 딸린 시설(제8호 가목 또는 나목의 시설로서 가목부터 자목까지의 시설과 동일한 건축물에 설치되는 시설을 포함한다)
제22조(일반물류단지의 지정)
① 일반물류단지는 다음 각 호의 구분에 따른 자가 지정한다.
1. 국가정책사업으로 물류단지를 개발하거나 물류단지 개발사업의 대상지역이 2개 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관
2. 제1호 외의 경우: 시ㆍ도지사
제50조(개발한 토지ㆍ시설 등의 처분)
① 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등(도시첨단물류단지개발사업의 경우에는 시설의 설치가 완료되지 아니한 토지는 제외한다)을 분양 또는 임대할 수 있다.
제50조의2(물류단지시설 등의 건설공사 착수 등)
① 입주기업체 또는 지원기관은 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토교통부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설 또는 지원시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다
제58조(조세 등의 감면)
국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 「지방세특례제한법」ㆍ지방세감면조례ㆍ「농업ㆍ농촌기본법」ㆍ「농지법」ㆍ「산지관리법」ㆍ「개발이익환수에 관한 법률」ㆍ「수도권정비계획법」 등으로 정하는 바에 따라 지방세ㆍ농지보전부담금ㆍ대체산림자원조성비ㆍ개발부담금 또는 과밀부담금 등을 감면할 수 있다
■ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법
제4조(경제자유구역의 지정 등)
① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다.
제5조(경제자유구역의 지정요건)
경제자유구역은 다음 각 호의 요건을 갖춘 지역에 대하여 지정한다.
1. 경제자유구역기본계획에 부합할 것
2. 충분한 국내외 기업의 입주수요 확보가 가능할 것
3. 외국인 정주(定住)환경의 확보 또는 연계가 가능할 것
4.경제자유구역의 개발에 필요한 부지와 광역교통망ㆍ정보통신망ㆍ용수(用水)ㆍ전력 등 기반시설의 확보가 가능할 것
5. 경제자유구역의 개발에 경제성이 있을 것
6. 지방자치단체의 재정부담, 민간자본 유치방안 등 자금조달계획이 실현 가능할 것
7. 그 밖에 전문인력 확보와 지속발전 가능성 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것
제7조의2(경제자유구역 지정의 효과)
경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정ㆍ결정ㆍ수립ㆍ확정ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.
5. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지의 지정
제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인)
① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조 제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다.
제11조(인가ㆍ허가 등의 의제)
① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가·인가·지정·승인·협의 및 신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.
32. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인
■ 지방세법
제20조(신고 및 납부)
① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
■ 지방세기본법
제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세)
① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
제55조(납부지연가산세)
① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 하고, 제4호의 가산세를 부과하는 기간은 60개월(1개월 미만은 없는 것으로 본다)을 초과할 수 없다.
끝.