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1심
취득세
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
1. 처분의 경위
가. 원고는 2xxx. xx. xx. 부산 해운대구 ○○○ 일대의 해운대 관광리조트 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 함)의 수행에 따른 건설 및 사업시행 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제9호 및 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호가 정한 요건을 충족하는, 프로젝트금융(투자)회사이다.
나. 원고는 이 사건 사업을 위하여 20xx. xx. xx. 피고로부터 주택건설사업계획승인을 받고, 공동주택( ○○세대), 숙박시설(관광숙박 ○○실, 생활숙박 ○○실), 위락시설, 판매시설, 운동시설, 근린생활시설, 관광휴게시설 등 용도, 지하 ○○층, 지상 ○○층 ○○동 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 함)을 완공하여 20xx. xx. xx. 피고로부터 이에 대한 사용승인을 받았다.
다. 원고는 2020. 1. 21. 피고에 아래 내역과 같이 이 사건 건물 취득에 따른 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세(이하에서 통틀어서 ‘취득세 등’이라 함) 합계 ○○○을 각 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 함).
라. 원고는 2022. 1. 12. 피고에 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에 따라 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는 그 취득기한과 무관하게 취득세 등의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면된다고 주장하면서, 이 사건 신고·납부에 따라 납부한 취득세 등 중 이에 해당하는 금액으로서 취득세 ○○○원, 지방교육세 ○○○원 및 농어촌특별세 ○○○원 합계 ○○○원의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 함).
마. 피고는 2022. 3. 7. 원고에 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에서 말하는 ‘종전의 규정’은 프로젝트금융투자회사에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 정한 조세특례제한법의 규정과 연계하여 해석하여야 할 것이라는 점을 들어, 이 사건 경정청구를 거부한다고 통지하였다(이하 ’이 사건 경정거부처분‘이라 함).
바. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2022. 4. 29. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 14. 이를 기각하는 결정을 하였다. 이 사건 관련 법령은 [별지] 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제5호증, 갑제10호증, 을제1호증 내지 을제6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고 주장의 요지
이 사건 경정거부처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로, 취소되어야 한다.
가. 원고는 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사로서 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에 따라 이 사건 건물의 취득 시기와 무관하게 그 취득에 따른 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액을 감면받을 수 있다. 그리고 이 경우 지방세법 제151조 제1항 제1호 나.목 및 농어촌특별세법 제5조 제1항에 따라 지방교육세 및 농어촌특별세 역시 감면된다. 그럼에도 불구하고 피고는 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서 함께 개정된, 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조에 따라 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면됨을 전제로 이 사건 경정거부처분을 하였다.
나. 원고는 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전에 이 사건 건물 신축 공사에 착공하였고, 당시 시행되던 조세특례제한법에 따르면 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사는 부동산의 취득 시기와 무관하게 취득세를 감면받았다. 원고는 위와 같은 규정을 신뢰하였고, 이러한 신뢰는 정당한 것으로서 보호되어야 한다. 따라서 설령 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조에 따라 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면된다는 취지로 해석된다고 하더라도, 피고가 이 사건에서 이를 그대로 적용하여 이 사건 경정거부처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 반한다.
3. 판단
가. 관련 규정의 개정 경위
(1) 조세특례제한법이 2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되면서, 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 대상이 되는 부동산에 관한 규정(제120조 제4항)에 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산이 추가되었다(제3호).
(2) 조세특례제한법이 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2012. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 이에 대한 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 바뀌었다. 위 개정에 따른 부칙 중 위 개정 당시의 것, 즉 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 이후 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제76조는 위 개정 법률 시행 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대하여 위 개정 규정에도 불구하고 ’종전의 규정‘에 따르도록 정하였다. 이에 따라, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 그 취득 시기를 불문하고 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 법률 규정에 따라 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되었다.
(3) 그런데 그 이후 조세특례제한법이 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2014. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 이에 대한 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 바뀌었다. 즉, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 일몰 기한이 종전의 2012. 12. 31.까지에서 2014. 12. 31.까지로 2년 유예되었다. 위 개정에 따른 부칙, 즉 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1. 법률 제11614호)은 개정 법률을 2013. 1. 1.부터 시행하되(제1조 본문), 취득세에 관한 개정규정은 위 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 정하였다(제2조 제8항).
(4) 그 이후 다시 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 근거 규정인 제120조가 삭제되었다. 위 개정에 따른 부칙, 즉 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호)은 개정 법률을 2015. 1. 1.부터 시행하되(제1조 본문), 2014. 12. 31. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 위 개정 법률에도 불구하고 종전에 따르도록 정하였다(제72조). 이와 함께 개정된, 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조는, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 종전의 규정에 따르도록 하는 것으로 바뀌었다. 즉, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 종전에는 그 취득 시기를 불문하고 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되었으나, 위 개정으로 인하여 그 중 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 위와 같이 취득세액이 감면되는 것으로 바뀌었다.
(5) 한편 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되면서 조세특례제한법에 규정되어 있던 지방세 관련 감면규정들이 지방세특례제한법으로 이관되었는데'1) 위 개정에 따른 부칙, 즉 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립·등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 ’종전의 규정‘에 따른다.”라고 규정하였다.
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주1) 2014. 12. 31.자 법률 제12955호 지방세특례제한법의 개정이유는 다음과 같이 기재되어 있다.
2014년 12월 31일로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들에 대하여 취약계층 등 저소득층 및 민생경제와 관련된 분야는 기존 수준으로 감면을 유지하고, 관광호텔에 대한 재산세 감면 등 감면의 목적을 달성한 경우에는 감면을 종료하는 등 지방세 감면제도를 재설계하며, 지방세 특례에 대한 기본계획을 지방재정부담심의위원회와 국무회의 심의를 거치도록 하는 등 지방세 특례의 사전ㆍ사후 관리를 강화하는 한편, 조세특례제한법에 규정되어 있는 기업구조조정, 창업중소기업 등에 대한 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임
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나. 제1주장에 관하여
원고의 이 부분 주장은 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 정한 ’종전의 규정‘이 앞서 본 바와 같이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조를 뜻함을 전제로 한다. 반면 피고의 이 사건 경정거부처분은 2014. 12. 23. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조를 뜻함을 전제로 한다. 결국 이 부분 주장의 쟁점은 위 ’종전의 규정‘이 무엇인지에 관한 것으로 귀결되는데, 아래와 같은 점들을 종합하면 이는 개정 후의 규정을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.
(1) 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조도 개정되었는데, 위와 같이 개정된 부칙은 그 시행일이 별도로 정해진 바 없다. 즉, 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정될 당시 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률이 시행되지 않은 상태이기는 하였으나, 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 가리키는 ’법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조‘ 및 ’종전의 규정‘은 당시 이미 2014. 12. 23. 개정된 것을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 관련하여 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률의 시행일이 문제될 수는 없다. 만약 위 개정 전의 부칙 규정을 가리키고자 하였다면, ’법률 제9921호 조세특레제한법 일부개정법률 부칙(2014. 12. 23. 개정되기 전의 것) 제76조‘ 등과 같이 개정 전 규정임을 명기하는 것이 더 자연스럽다. 나아가 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 ‘종전의 규정에 따른다’고 한 것은, 2014. 12. 23. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조 중 ‘2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산’ 부분까지, 즉 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 중 취득 기한을 2016. 12. 31.까지로 한정하여 취득세 감면 대상으로 정한 것까지 모두 포함하여 이를 따른다는 의미로 보아야 한다. 위와 같은 해석이 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조의 문언에 부합한다고 보는 이상, 이러한 해석이 조세 감면에 관한 규정을 납세자에게 불리하게 축소·제한 해석하는 것이라고 볼 수는 없다.
(2) 앞서 본 것처럼 조세특례제한법 및 지방세특레제한법의 관련 규정이 개정되어 온 경과를 보면, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면은 2004. 7. 26. 그 근거 규정이 도입된 뒤 줄곧 그 적용 대상을 축소하는 방향으로 개정이 이루어져 왔음을 알 수 있다. 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 개정되면서 위와 같은 감면 제도가 완전히 폐지되었는데, 입법자는 그 경과조치로서 2010. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 한하여 위와 같은 종전의 감면 제도를 한시적으로 유지하는 것으로 정하였고[조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호) 제72조], 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 종전의 감면 제도의 적용 범위를 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산으로 한정하는 것으로 정하였음을 알 수 있다[2014. 12. 31. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조]. 그런데 만약 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조를 원고의 주장처럼 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대하여 위와 같이 2014. 12. 23. 개정되기 전 제도에 따라 그 취득 시기와 무관하게 취득세를 감면하는 취지라고 해석한다면, 이는 위와 같이 취득세 감면 범위와 대상을 좁혀 온 그간의 개정 경과를 거스르는 것으로서 이를 납득할 만한 마땅한 이유도 찾기 어렵다. 특히 위와 같은 해석은 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률이 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률과 그 시행일이 2015. 1. 1.로 동일함에도 위 2014. 12. 23.자 조세특례제한법의 개정 내용과 완전히 모순되는 결론에 이르게 된다. 이를 원고의 주장처럼 어느 규정을 적용할지 납세자가 선택할 수 있도록 한 것이라거나, 지방세특례제한법의 개정 규정이 특별법에 해당하여 조세특례제한법의 개정 규정에 우선하여 적용되는 것이라 볼 수도 없다.
(3) 위와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 개정되면서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득한 부동산에 대한 취득세 감면의 범위를 2016. 12. 31.까지 취득한 부동산으로 한정하게 된 것은, 취득세 감면 대상 부동산의 범위와 관련하여 취득 시기에 제한을 두는 규정이 도입된 2010. 1. 1. 전에 설립·등기하였다는 사정만으로 당초 정책 도입의 목적이 상당 부분 달성되었음에도 계속하여 취득 시기에 관하여 아무런 제한을 받지 않는 것이 과도한 혜택을 부여하는 것이라는 고려에서 비롯되었다고 보인다. 이러한 조세특례제한법의 개정 입법 취지가 불과 8일 후인 2014. 12. 31. 지방세특례제한법이 개정되면서 더 이상 유지될 수 없었다고 볼 만한 합당한 이유를 찾기 어려운 이상, 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조 역시 종전의 입법취지와 같은 맥락에서 해석하는 것이 타당하다. 이는 원고가 주장하는, 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률 및 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률의 각 법률안 발의와 의결 및 공포 등 경과나 행정안전부의 종전 유권해석 등을 감안하더라도 달리 볼 수 없다.
다. 제2주장에 관하여
(1) 관련 법리
조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이다. 그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당한다. 그러므로 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이다. 그러나 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다(대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
일반적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 한다(헌법재판소 2004. 8. 26. 선고 2003헌마337 전원재판부 결정 참조). 또한 납세의무자로서는 구법질서에 의거하여 적극적인 신뢰행위를 하였다든가 하는 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 과세기간 중에 변함없이 유지되리라고 신뢰하고 기대할 수는 없다. 그렇게 되면 국가 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용이 불가능하기 때문이다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 전원재판부 결정 참조).
(2) 구체적 판단
앞서 든 증거들, 갑제11호증 내지 갑제21호증의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지 등에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법리에 비추어 종합하면, 이 사건 경정거부처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 보이지는 않는다. 원고의 제2주장 역시 받아들일 수 없다.
(가) 원고는 위 개정 전인 2011. 10. 7. 주택건설사업계획승인을 받았고, 2011. 12. 22. 주식회사 ◇◇건설과, 2013. 10. 17. 중국 ○○공사(CHINA ○○○)와 각 공사도급계약을 체결하였고, 2014. 1.경부터 일부 공사가 진행되었던 것으로 보이기는 한다. 그러나 을제15호증의 기재에 따르면, 이 사건 사업은 자금 조달 문제 및 그에 따른 중국○○공사의 공사 중단 등으로 그 진행이 상당 기간 중단되었던 것으로 보인다. 결국 원고는 2015. 4. 8. 중국○○공사와의 공사도급계약을 합의해지하였고, 2015. 7. 3. 주식회사 ◎◎◎건설과 이 사건 건물 신축을 위한 공사도급계약을 체결하였다. 원고와 주식회사 ◎◎◎건설 간의 공사도급계약에 따른 공사기간은 착공일로부터 50개월이었고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물은 2019. 11. 29.경 완공되었다.
(나) 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 13. 개정되면서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득한 부동산에 대하여도 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 종전과 같이 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 바뀌었고, 이는 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사인 원고에 불리한 법률 개정에 해당한다. 그러나 원고가 주택건설사업계획승인을 받은 시기, 이 사건 건물 신축 공사의 계약상 공사기간 및 실제 공사기간 등 위 (가)항의 제반 사정들에 비추어, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여 위 개정으로 새롭게 부여된 일몰기한인 2016. 12. 31.이 당초 일몰기한이 존재하지 않았을 당시 기존 특례조치를 신뢰하여 참여한 투자회사들의 신뢰를 침해할 정도로 짧았던 것으로 보이지는 않는다. 더욱이 앞서 본 것처럼 조세특례제한법 및 지방세특례제한법은 몇 번의 개정을 거쳐 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 범위와 대상을 좁혀 왔고, 이러한 맥락에서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여도 같은 취지의 개정이 이루어질 수 있음은 충분히 예상할 수 있었다고 보인다.
(다) 원고의 주장처럼 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률에 따른 이 사건 경정거부처분이 신뢰보호원칙에 반하는 것이라고 해석하는 경우, 특정 시점 이전에 설립·등기한 법인에 대하여 그러한 사정만으로 영구히 취득세 감면이 이루어져 과도한 혜택이 주어지는 결과에 이른다. 따라서 설령 원고가 종전 취득세 감면 혜택을 계속하여 적용 받을 것이라 신뢰하였다 하더라도, 이는 주관적인 기대에 불과한 것으로서 법적인 보호를 받아야 할 신뢰에 이르렀다고 보기 어렵다.
라. 소결
이 사건 경정거부처분은 적법하다.
4. 결론
따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지]
관련 법령
■ 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)
제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.
1. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사
3. 기업구조조정투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사
4. 부동산투자회사법에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리 부동산투자회사
5. 선박투자회사법에 따른 선박투자회사
6. 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 특수 목적 법인 등으로서 대통령령으로 정하는 법인
7. 문화산업진흥 기본법에 따른 문화산업전문회사
8. 해외자원개발 사업법에 따른 해외자원개발투자회사
9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것
다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
라. 상법이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것
바. 이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것
사. 감사는 기업구조조정투자회사법 제17조에 적합할 것. 이 경우 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것
■ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)
제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액에서 이를 공제한다.
1. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사 및 투자합자회사(같은 법 제9조 제18항 제7호의 사모투자전문회사는 제외한다)
3. 기업구조조정 투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사
4. 부동산투자회사법에 따른 기업구조조정부동산투자회사 및 위탁관리부동산투자회사
5. 선박투자회사법에 따른 선박투자회사
5의2. 임대주택법에 따른 특수목적법인 등으로서 대통령령이 정하는 법인
5의3. 문화산업진흥 기본법에 따른 문화산업전문회사
5의4. 해외자원개발 사업법에 따른 해외자원개발투자회사
6. 제1호 내지 제5호 및 제5호의2 내지 제5호의4와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
나. 본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것
다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
라. 상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
마. 발기인이 기업구조조정 투자회사법 제4조 제2항 각호의 1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
바. 이사가 기업구조조정 투자회사법 제12조 각호의 1에 해당하지 아니할 것
사. 감사는 기업구조조정 투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것. 이 경우 동조중 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
□ 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호)
제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호)
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제95조의2, 제106조의7, 제122조의3 제3항 및 제126조의2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제113조 제1항의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하며, 제66조 제4항부터 제6항까지 및 제9항, 제67조 제4항부터 제6항까지, 제68조 제2항, 제106조의4 제1항, 제122조의4 및 제133조 제1항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제75조 및 제86조의3 제1항ㆍ제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
⑥ 이 법 중 취득세, 재산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호)
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
■ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
□ 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1. 법률 제11614호)
제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제86조의2의 개정규정은 2013년 3월 1일부터 시행하며, 제111조의4의 개정규정은 2013년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의15 및 제100조의26의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
⑧ 이 법 중 취득세, 등록면허세, 재산세, 지방소득세, 지역자원시설세, 지방교육세, 주민세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
■ 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
■ 구 조세특례제한법(2011. 5. 19. 법률 제10631호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
□ 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호)(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
■ 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)
제119조 (등록세의 면제등)
⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제112조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 제외한다. 이하 이 항 및 제120조 제4항에서 같다)에 관한 등기에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 법인세법 제51조의2 제1항 제6호에 해당하는 회사(이하 이 조 및 제120조 제4항에서 "프로젝트금융투자회사"라 한다)가 취득하는 부동산
제120조 (취득세의 면제등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 부동산투자회사가 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산
2. 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
판례 · 부산지방법원
취득세등 경정거부처분취소
2024구합20704
선고 2025.02.27
일반행정
부산지방법원
법원
2025.02.27
선고일
2024구합20704
사건번호
일반행정
사건종류
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전문
심급
1심
세목
취득세
주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2xxx. xx. xx. 부산 해운대구 ○○○ 일대의 해운대 관광리조트 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 함)의 수행에 따른 건설 및 사업시행 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제9호 및 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호가 정한 요건을 충족하는, 프로젝트금융(투자)회사이다.
나. 원고는 이 사건 사업을 위하여 20xx. xx. xx. 피고로부터 주택건설사업계획승인을 받고, 공동주택( ○○세대), 숙박시설(관광숙박 ○○실, 생활숙박 ○○실), 위락시설, 판매시설, 운동시설, 근린생활시설, 관광휴게시설 등 용도, 지하 ○○층, 지상 ○○층 ○○동 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 함)을 완공하여 20xx. xx. xx. 피고로부터 이에 대한 사용승인을 받았다.
다. 원고는 2020. 1. 21. 피고에 아래 내역과 같이 이 사건 건물 취득에 따른 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세(이하에서 통틀어서 ‘취득세 등’이라 함) 합계 ○○○을 각 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 함).
라. 원고는 2022. 1. 12. 피고에 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에 따라 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는 그 취득기한과 무관하게 취득세 등의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면된다고 주장하면서, 이 사건 신고·납부에 따라 납부한 취득세 등 중 이에 해당하는 금액으로서 취득세 ○○○원, 지방교육세 ○○○원 및 농어촌특별세 ○○○원 합계 ○○○원의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 함).
마. 피고는 2022. 3. 7. 원고에 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에서 말하는 ‘종전의 규정’은 프로젝트금융투자회사에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 정한 조세특례제한법의 규정과 연계하여 해석하여야 할 것이라는 점을 들어, 이 사건 경정청구를 거부한다고 통지하였다(이하 ’이 사건 경정거부처분‘이라 함).
바. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2022. 4. 29. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 14. 이를 기각하는 결정을 하였다. 이 사건 관련 법령은 [별지] 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제5호증, 갑제10호증, 을제1호증 내지 을제6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고 주장의 요지
이 사건 경정거부처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로, 취소되어야 한다.
가. 원고는 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사로서 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조에 따라 이 사건 건물의 취득 시기와 무관하게 그 취득에 따른 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액을 감면받을 수 있다. 그리고 이 경우 지방세법 제151조 제1항 제1호 나.목 및 농어촌특별세법 제5조 제1항에 따라 지방교육세 및 농어촌특별세 역시 감면된다. 그럼에도 불구하고 피고는 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서 함께 개정된, 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조에 따라 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면됨을 전제로 이 사건 경정거부처분을 하였다.
나. 원고는 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전에 이 사건 건물 신축 공사에 착공하였고, 당시 시행되던 조세특례제한법에 따르면 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사는 부동산의 취득 시기와 무관하게 취득세를 감면받았다. 원고는 위와 같은 규정을 신뢰하였고, 이러한 신뢰는 정당한 것으로서 보호되어야 한다. 따라서 설령 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조에 따라 2010. 1. 1. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 100분의 50에 해당하는 세액이 감면된다는 취지로 해석된다고 하더라도, 피고가 이 사건에서 이를 그대로 적용하여 이 사건 경정거부처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 반한다.
3. 판단
가. 관련 규정의 개정 경위
(1) 조세특례제한법이 2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되면서, 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 대상이 되는 부동산에 관한 규정(제120조 제4항)에 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산이 추가되었다(제3호).
(2) 조세특례제한법이 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2012. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 이에 대한 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 바뀌었다. 위 개정에 따른 부칙 중 위 개정 당시의 것, 즉 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 이후 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제76조는 위 개정 법률 시행 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대하여 위 개정 규정에도 불구하고 ’종전의 규정‘에 따르도록 정하였다. 이에 따라, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 그 취득 시기를 불문하고 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 법률 규정에 따라 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되었다.
(3) 그런데 그 이후 조세특례제한법이 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2014. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 이에 대한 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 바뀌었다. 즉, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 일몰 기한이 종전의 2012. 12. 31.까지에서 2014. 12. 31.까지로 2년 유예되었다. 위 개정에 따른 부칙, 즉 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1. 법률 제11614호)은 개정 법률을 2013. 1. 1.부터 시행하되(제1조 본문), 취득세에 관한 개정규정은 위 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 정하였다(제2조 제8항).
(4) 그 이후 다시 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 근거 규정인 제120조가 삭제되었다. 위 개정에 따른 부칙, 즉 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호)은 개정 법률을 2015. 1. 1.부터 시행하되(제1조 본문), 2014. 12. 31. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 위 개정 법률에도 불구하고 종전에 따르도록 정하였다(제72조). 이와 함께 개정된, 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조는, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 종전의 규정에 따르도록 하는 것으로 바뀌었다. 즉, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산은 종전에는 그 취득 시기를 불문하고 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되었으나, 위 개정으로 인하여 그 중 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 위와 같이 취득세액이 감면되는 것으로 바뀌었다.
(5) 한편 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되면서 조세특례제한법에 규정되어 있던 지방세 관련 감면규정들이 지방세특례제한법으로 이관되었는데'1) 위 개정에 따른 부칙, 즉 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립·등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 ’종전의 규정‘에 따른다.”라고 규정하였다.
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주1) 2014. 12. 31.자 법률 제12955호 지방세특례제한법의 개정이유는 다음과 같이 기재되어 있다.
2014년 12월 31일로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들에 대하여 취약계층 등 저소득층 및 민생경제와 관련된 분야는 기존 수준으로 감면을 유지하고, 관광호텔에 대한 재산세 감면 등 감면의 목적을 달성한 경우에는 감면을 종료하는 등 지방세 감면제도를 재설계하며, 지방세 특례에 대한 기본계획을 지방재정부담심의위원회와 국무회의 심의를 거치도록 하는 등 지방세 특례의 사전ㆍ사후 관리를 강화하는 한편, 조세특례제한법에 규정되어 있는 기업구조조정, 창업중소기업 등에 대한 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임
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나. 제1주장에 관하여
원고의 이 부분 주장은 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 정한 ’종전의 규정‘이 앞서 본 바와 같이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조를 뜻함을 전제로 한다. 반면 피고의 이 사건 경정거부처분은 2014. 12. 23. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조를 뜻함을 전제로 한다. 결국 이 부분 주장의 쟁점은 위 ’종전의 규정‘이 무엇인지에 관한 것으로 귀결되는데, 아래와 같은 점들을 종합하면 이는 개정 후의 규정을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.
(1) 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조도 개정되었는데, 위와 같이 개정된 부칙은 그 시행일이 별도로 정해진 바 없다. 즉, 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정될 당시 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률이 시행되지 않은 상태이기는 하였으나, 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 가리키는 ’법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조‘ 및 ’종전의 규정‘은 당시 이미 2014. 12. 23. 개정된 것을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 관련하여 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률의 시행일이 문제될 수는 없다. 만약 위 개정 전의 부칙 규정을 가리키고자 하였다면, ’법률 제9921호 조세특레제한법 일부개정법률 부칙(2014. 12. 23. 개정되기 전의 것) 제76조‘ 등과 같이 개정 전 규정임을 명기하는 것이 더 자연스럽다. 나아가 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조가 ‘종전의 규정에 따른다’고 한 것은, 2014. 12. 23. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조 중 ‘2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산’ 부분까지, 즉 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 중 취득 기한을 2016. 12. 31.까지로 한정하여 취득세 감면 대상으로 정한 것까지 모두 포함하여 이를 따른다는 의미로 보아야 한다. 위와 같은 해석이 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조의 문언에 부합한다고 보는 이상, 이러한 해석이 조세 감면에 관한 규정을 납세자에게 불리하게 축소·제한 해석하는 것이라고 볼 수는 없다.
(2) 앞서 본 것처럼 조세특례제한법 및 지방세특레제한법의 관련 규정이 개정되어 온 경과를 보면, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면은 2004. 7. 26. 그 근거 규정이 도입된 뒤 줄곧 그 적용 대상을 축소하는 방향으로 개정이 이루어져 왔음을 알 수 있다. 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 개정되면서 위와 같은 감면 제도가 완전히 폐지되었는데, 입법자는 그 경과조치로서 2010. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 한하여 위와 같은 종전의 감면 제도를 한시적으로 유지하는 것으로 정하였고[조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호) 제72조], 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 종전의 감면 제도의 적용 범위를 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산으로 한정하는 것으로 정하였음을 알 수 있다[2014. 12. 31. 개정된 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제76조]. 그런데 만약 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조를 원고의 주장처럼 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대하여 위와 같이 2014. 12. 23. 개정되기 전 제도에 따라 그 취득 시기와 무관하게 취득세를 감면하는 취지라고 해석한다면, 이는 위와 같이 취득세 감면 범위와 대상을 좁혀 온 그간의 개정 경과를 거스르는 것으로서 이를 납득할 만한 마땅한 이유도 찾기 어렵다. 특히 위와 같은 해석은 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률이 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률과 그 시행일이 2015. 1. 1.로 동일함에도 위 2014. 12. 23.자 조세특례제한법의 개정 내용과 완전히 모순되는 결론에 이르게 된다. 이를 원고의 주장처럼 어느 규정을 적용할지 납세자가 선택할 수 있도록 한 것이라거나, 지방세특례제한법의 개정 규정이 특별법에 해당하여 조세특례제한법의 개정 규정에 우선하여 적용되는 것이라 볼 수도 없다.
(3) 위와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 개정되면서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득한 부동산에 대한 취득세 감면의 범위를 2016. 12. 31.까지 취득한 부동산으로 한정하게 된 것은, 취득세 감면 대상 부동산의 범위와 관련하여 취득 시기에 제한을 두는 규정이 도입된 2010. 1. 1. 전에 설립·등기하였다는 사정만으로 당초 정책 도입의 목적이 상당 부분 달성되었음에도 계속하여 취득 시기에 관하여 아무런 제한을 받지 않는 것이 과도한 혜택을 부여하는 것이라는 고려에서 비롯되었다고 보인다. 이러한 조세특례제한법의 개정 입법 취지가 불과 8일 후인 2014. 12. 31. 지방세특례제한법이 개정되면서 더 이상 유지될 수 없었다고 볼 만한 합당한 이유를 찾기 어려운 이상, 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제23조 역시 종전의 입법취지와 같은 맥락에서 해석하는 것이 타당하다. 이는 원고가 주장하는, 조세특례제한법의 2014. 12. 23.자 개정 법률 및 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률의 각 법률안 발의와 의결 및 공포 등 경과나 행정안전부의 종전 유권해석 등을 감안하더라도 달리 볼 수 없다.
다. 제2주장에 관하여
(1) 관련 법리
조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이다. 그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당한다. 그러므로 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이다. 그러나 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다(대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
일반적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 한다(헌법재판소 2004. 8. 26. 선고 2003헌마337 전원재판부 결정 참조). 또한 납세의무자로서는 구법질서에 의거하여 적극적인 신뢰행위를 하였다든가 하는 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 과세기간 중에 변함없이 유지되리라고 신뢰하고 기대할 수는 없다. 그렇게 되면 국가 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용이 불가능하기 때문이다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 전원재판부 결정 참조).
(2) 구체적 판단
앞서 든 증거들, 갑제11호증 내지 갑제21호증의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지 등에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법리에 비추어 종합하면, 이 사건 경정거부처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 보이지는 않는다. 원고의 제2주장 역시 받아들일 수 없다.
(가) 원고는 위 개정 전인 2011. 10. 7. 주택건설사업계획승인을 받았고, 2011. 12. 22. 주식회사 ◇◇건설과, 2013. 10. 17. 중국 ○○공사(CHINA ○○○)와 각 공사도급계약을 체결하였고, 2014. 1.경부터 일부 공사가 진행되었던 것으로 보이기는 한다. 그러나 을제15호증의 기재에 따르면, 이 사건 사업은 자금 조달 문제 및 그에 따른 중국○○공사의 공사 중단 등으로 그 진행이 상당 기간 중단되었던 것으로 보인다. 결국 원고는 2015. 4. 8. 중국○○공사와의 공사도급계약을 합의해지하였고, 2015. 7. 3. 주식회사 ◎◎◎건설과 이 사건 건물 신축을 위한 공사도급계약을 체결하였다. 원고와 주식회사 ◎◎◎건설 간의 공사도급계약에 따른 공사기간은 착공일로부터 50개월이었고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물은 2019. 11. 29.경 완공되었다.
(나) 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법이 2014. 12. 13. 개정되면서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득한 부동산에 대하여도 2016. 12. 31.까지 취득하는 것에 한하여 종전과 같이 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 바뀌었고, 이는 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사인 원고에 불리한 법률 개정에 해당한다. 그러나 원고가 주택건설사업계획승인을 받은 시기, 이 사건 건물 신축 공사의 계약상 공사기간 및 실제 공사기간 등 위 (가)항의 제반 사정들에 비추어, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여 위 개정으로 새롭게 부여된 일몰기한인 2016. 12. 31.이 당초 일몰기한이 존재하지 않았을 당시 기존 특례조치를 신뢰하여 참여한 투자회사들의 신뢰를 침해할 정도로 짧았던 것으로 보이지는 않는다. 더욱이 앞서 본 것처럼 조세특례제한법 및 지방세특례제한법은 몇 번의 개정을 거쳐 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 범위와 대상을 좁혀 왔고, 이러한 맥락에서 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여도 같은 취지의 개정이 이루어질 수 있음은 충분히 예상할 수 있었다고 보인다.
(다) 원고의 주장처럼 지방세특례제한법의 2014. 12. 31.자 개정 법률에 따른 이 사건 경정거부처분이 신뢰보호원칙에 반하는 것이라고 해석하는 경우, 특정 시점 이전에 설립·등기한 법인에 대하여 그러한 사정만으로 영구히 취득세 감면이 이루어져 과도한 혜택이 주어지는 결과에 이른다. 따라서 설령 원고가 종전 취득세 감면 혜택을 계속하여 적용 받을 것이라 신뢰하였다 하더라도, 이는 주관적인 기대에 불과한 것으로서 법적인 보호를 받아야 할 신뢰에 이르렀다고 보기 어렵다.
라. 소결
이 사건 경정거부처분은 적법하다.
4. 결론
따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지]
관련 법령
■ 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)
제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.
1. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사
3. 기업구조조정투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사
4. 부동산투자회사법에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리 부동산투자회사
5. 선박투자회사법에 따른 선박투자회사
6. 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 특수 목적 법인 등으로서 대통령령으로 정하는 법인
7. 문화산업진흥 기본법에 따른 문화산업전문회사
8. 해외자원개발 사업법에 따른 해외자원개발투자회사
9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것
다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
라. 상법이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것
바. 이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것
사. 감사는 기업구조조정투자회사법 제17조에 적합할 것. 이 경우 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것
■ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)
제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액에서 이를 공제한다.
1. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사 및 투자합자회사(같은 법 제9조 제18항 제7호의 사모투자전문회사는 제외한다)
3. 기업구조조정 투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사
4. 부동산투자회사법에 따른 기업구조조정부동산투자회사 및 위탁관리부동산투자회사
5. 선박투자회사법에 따른 선박투자회사
5의2. 임대주택법에 따른 특수목적법인 등으로서 대통령령이 정하는 법인
5의3. 문화산업진흥 기본법에 따른 문화산업전문회사
5의4. 해외자원개발 사업법에 따른 해외자원개발투자회사
6. 제1호 내지 제5호 및 제5호의2 내지 제5호의4와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
나. 본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것
다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
라. 상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
마. 발기인이 기업구조조정 투자회사법 제4조 제2항 각호의 1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
바. 이사가 기업구조조정 투자회사법 제12조 각호의 1에 해당하지 아니할 것
사. 감사는 기업구조조정 투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것. 이 경우 동조중 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
□ 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 법률 제12955호)
제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호)
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제95조의2, 제106조의7, 제122조의3 제3항 및 제126조의2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제113조 제1항의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하며, 제66조 제4항부터 제6항까지 및 제9항, 제67조 제4항부터 제6항까지, 제68조 제2항, 제106조의4 제1항, 제122조의4 및 제133조 제1항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제75조 및 제86조의3 제1항ㆍ제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
⑥ 이 법 중 취득세, 재산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호)
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
■ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
□ 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1. 법률 제11614호)
제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제86조의2의 개정규정은 2013년 3월 1일부터 시행하며, 제111조의4의 개정규정은 2013년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의15 및 제100조의26의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
⑧ 이 법 중 취득세, 등록면허세, 재산세, 지방소득세, 지역자원시설세, 지방교육세, 주민세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
■ 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
■ 구 조세특례제한법(2011. 5. 19. 법률 제10631호로 개정되기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
□ 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호)(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
■ 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)
제119조 (등록세의 면제등)
⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제112조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 제외한다. 이하 이 항 및 제120조 제4항에서 같다)에 관한 등기에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 법인세법 제51조의2 제1항 제6호에 해당하는 회사(이하 이 조 및 제120조 제4항에서 "프로젝트금융투자회사"라 한다)가 취득하는 부동산
제120조 (취득세의 면제등)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 부동산투자회사가 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산
2. 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산