대안학교시설로 사용한 것이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

대안학교시설 등으로 사용한 것은 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 바, 종교시설로 감면받은 부동산에 대한 감면세액의 추징은 적법함.

1심

취득세

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.


1.처분의 경위

가.원고는 대한예수교장로회 총회(합동)광주노회에 소속된 교회로 예배와 선교,교육과 봉사,성도의 교제를 그 목적으로 하고 있다.
나.원고는 광주 광산구 사암로○○번길○○(광주 광산구○○동○○)에4층 연면적2,327.02㎡규모의 교회를 신축하여 사용하다가2018. 2. 2.위 교회건물에 인접한 광주 광산구 사암로○○번길119(광주 광산구○○동○○, 4, 7)토지1,420.2㎡및 위 지상3층 건물2,080.58㎡(건물내역: 1층 소매점832.08㎡, 2층 의원380.06㎡,학원244.19㎡, 3층 사무소388.88㎡,학원237.37㎡)(이하 이를 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다)를 강제경매절차에서 낙찰 받은 후 그 무렵 피고에게 이 사건 부동산을‘교회 용도’로 사용함을 이유로 지방세 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.
다.그런데,피고는2019. 12. 16.원고에게‘종교감면배제’를 이유로 이 사건 부동산1)에 관하여 취득세95,519,110원,지방교육세7,964,540원,농어촌특별세3,982,260원 합계107,465,910원을 부과(이하‘이 사건 처분’이라 한다.다만 지방교육세 및 농어촌특별세는 취득세에 부수하여 부과되는 것이므로 아래에서는 취득세,지방교육세,농어촌특별세를‘취득세 등’으로 일괄하여 기재,판단한다).
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주1)피고는 이 사건 부동산2층의 세미나실212㎡이 종교목적으로 사용되고 있음을 인정하여 그 전유면적 및 이에 비례하는 공용면적 부분을 제외한 나머지 면적에 관하여만 취득세 등을 부과하였다.
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라.한편,이 사건 처분 당시 이 사건 부동산의 이용현황은 다음과 같다.
1) 1층에는 커피전문점,식당 등 상가,○○북스 도서관,빈상가 및 부속시설인 로비,화장실,창고 등이 있는데,각 상가의 이용현황은 아래 표 기재와 같고 원고는 각 운영자들에게 이를 무상으로 사용하도록 하였다.오전9시부터 오후5시까지 운영되는○○북스 도서관은 주로2, 3층 샬롬스쿨 학생들이 이용하였는데,이 사건 처분 후인2020. 1. 30.○○(원고의 대표자 목사)을 대표자로 하여 작은도서관(사립 공공도서관)으로 등록되었다

상호운영자(대표)이용용도 ○○커피○○커피전문점○○아트정○○공예점○○들좋은친구들 협동조합(대표자 이사장 한○○)중고의류매장○○이○○미용실○○미들래미 협동조합(대표자 ○○)제과점○○사한○○ 음식점

.
(2) 2층에는 미인가 유치원(또는 보육시설)인 샬롬유아스쿨과 주방,식당,세미나실,교사행정실,교무실 등이 있고, 3층에는 비인가 대안학교인 샬롬대안학교의 초등교실,중등교실,고등교실,교무실,행정실 등이 있는데,원고는 주중에는 위2, 3층을 샬롬유아스쿨 및 샬롬대안학교의 시설로 이용하고,주말에는 일부를 예배실(세미나실2),식당,소모임장소 등으로 이용하였다.
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주2)주중에는 위 세미나실을 샬롬유아스쿨,샬롬대안학교의 예배공간,교회 세미나실로 사용하고,주일에는 예배실,세미나실 등으로 사용하였는데,위 세미나실에 대하여는 당초부터 피고가 취득세를 부과하지 아니하였으므로 아래에서는 이에 대하여 별도의 설시를 하지 아니한다.
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【인정근거:다툼 없는 사실,갑 제1내지11호증,제24, 25, 28, 32호증,을 제1내지3호증,제9, 19, 20호증(각 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지】

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장요지

1)원고의 주된 종교행위에는 교육,사회봉사,선교 등의 다양한 종교활동이 수반되고 원고 교회가 추구하는 세대통합이란 지역사회의 다양한 세대들이 함께 머물 수 있는 공간을 제공하여 직,간접적으로 선교를 하는 목적을 이루려는 것이므로,원고가 이 사건 부동산을 일자리창출을 위한 상가,도서관,대안학교 등 용도로 사용한 것은 종교용 목적 사업의 범위에 포함되고,원고는 이 사건 부동산을 지역 주민에 대한 봉사와 선교 차원 또는 지역 일자리 창출을 통한 지역 섬김 차원에서 무상으로 제공하거나(1층 도서관 및 상가),샬롬유아스쿨,샬롬대안학교(2, 3층)을 운영하면서 종교행위를 위하여 직접 사용하고 있다.
원고는 각 상가를 운영자들로 하여금 무상사용하게 하고 있고,샬롬유아스쿨,샬롬대안학교는 최소한의 실비를 받으면서 교회에서 부족한 경비까지 지원하고 있으므로 원고가 이 사건 상가에서 수익사업을 하는 것이 아니며,일부분이 아닌 전체에 대하여 취득세를 부과한 것은 위법하다.
2)원고는 전임 광산구청장의 요청에 따라○○들 협동조합,○○미 협동조합을 설립하고 이 사건 부동산1층을 사회적기업인 협동조합 등 운영에 사용하였는데,위 광산구청장의 요청은 위 부동산에 취득세 등을 부과하지 않겠다는 의사를 전제로 한 것이고 원고는 이를 믿고 위 협동조합 등을 설립하여 위1층에서 이를 운영한 것이므로,이 사건 처분은 신의칙에 반하고 신뢰보호의 원칙에도 반하여 위법하다.
나.피고의 주장의 요지

원고는 이 사건 부동산을 직접 사용하지 아니하였거나,수익사업에 사용하였거나,직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였으므로,지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제1호 내지3호 모두에 해당하여 이 사건 처분은 적법하다3)

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주3)원고는 피고가 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제2호 사유를 나중에 추가하였다고 주장하나,피고의 답변서에는 위1내지3호 해당 내용이 모두 포함되어 있고,이 사건 처분 당시에도‘종교감면배제’를 사유로 구 지특법 제50조 제1항 단서를 포괄적인 사유로 들어 이 사건 처분을 한 것으로 보인다(갑 제1호증,을 제19호증).
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다.관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.
라.주장에 대한 판단

1)관련 법리

지방세특례제한법 제50조 제1항은‘종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되,①취득일로부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우,②정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우,③해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서 면제된 취득세를 추징’하도록 규정하고 있고,종교단체가 당해 부동산을‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교행위 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 직접 사용’한다는 범위는 당해 종교단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원2015. 5. 14.선고2014두45680판결 등 참조).
한편,조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하며(대법원2007. 10. 26.선고2007두9884호 판결 등 참조),과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결 등 참조).
2)원고가 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 각 호의 추징사유에 해당하는지

살피건대,위 각 증거와 을 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정에 비추어 보면,원고는 이 사건 부동산을 직접 사용하지 아니하였거나, 2년 이내에 다른 용도로 사용하였거나,수익사업에 사용하였다고 할 것이므로 지방세특례제한법 제50조 제1내지3항에 의하여 피고는 면제된 취득세 등을 원고로부터 추징할 수 있다고 봄이 상당하다.결국,피고의 이 사건 처분은 적법하고 원고의 이 부분 각 주장은 이유 없다.
(1)이 사건 부동산 중1층 각 상가 부분,빈 상가,각 상가 부속시설에 대한 판단

○이 사건 부동산 중1층 각 상가의 운영자가 원고가 아닌 개인(원고 교회의 목사○○,부목사 한○○,교인 등 개인)인 점은 앞서 본 바와 같고,지방세특례제한법 제50조 제1항은‘종교단체’자체가 그 소유하는 부동산을 직접 사용하는 경우에 취득세 등을 면제하고 있을 뿐이고,종교단체의 대표자가 사용하는 경우도 종교단체가 이를 직접 사용하는 범위에 포함시키지 아니하고 있음이 그 객관적 문언상 명백하므로4),위 각 상가 및 그 부속시설을 원고가 직접 사용하고 있다고 볼 수 없고,원고는 빈 상가 부분은 사용하지 않고 있다.
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주4)이와는 달리 지방세특례제한법 제20조(노인복지시설에 대한 취득세,재산세감면)에서는‘종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다’는 내용을 위 조항의 괄호 안에 기재하여 이를 직접 사용의 범위에 별도로 포함시키고 있고,지방세특례제한법 제22조(사회복지법인등에 대한 감면)도‘사회복지사업법 제2조 제1호에 따른 사회복지사업을 하는 종교단체의 경우 그 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 이를 사회복지사업의 용도로 사용하는 경우를 포함한다’는 내용의 위 조항의 괄호 안에 기재하여 이를 직접 사용의 범위에 별도로 포함시키고 있다.
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○지방세특례제한법 제50조 제1항은‘종교행위를 목적으로 하는 사업’에‘직접 사용’하는 경우에 취득세 등을 면제하여 준다는 것으로서 위와 같은 특혜규정은 그 문언적 의미에 따라 엄격하게 해석되어야 한다.즉,위 규정은 종교단체의 직접적인 종교활동을 보호하기 위한 규정이지 종교단체가 종교활동을 위하여 직접,간접적으로 영위하는 모든 활동을 보호하려는 규정이 아니므로 이를 확장해석하거나 유추해석할 수는 없다.
즉,종교단체의 활동에 그 목적을 달성하기 위한 선교,봉사,사회복지 등 여러 가지 활동이 포함될 수 있으나,취득세 등은 위 규정에 따라 당해 부동산의 사용용도가 종교행위 자체에 직접 사용되는 경우에 한하여 감면받을 수 있는 것이라고 보아야 하므로,위1층 각 상가가 별다른 종교적인 특색 없이 교인을 포함한 불특정 다수인을 상대로 일반적인 영업을 하고 있는 이상,위 상가의 이용 목적이‘종교행위를 목적’으로 한다고 볼 수 없다.
(2)이 사건 부동산 중2, 3층 각 시설 및1층○○북스 도서관에 대한 판단

○위2층은 샬롬유아스쿨 시설,위3층은 초,중,고 샬롬대안학교 시설로 이용되고 있는데,아래에서 보는 바와 같이 샬롬유아스쿨과 샬롬대안학교의 교육과정에 다수의 종교적 활동이 포함되어 있다고 하더라도 실질적으로는 일반 유치원 또는 초,중,고 대안학교 교육시설에 가깝다고 보이고,위 각 시설이 원고의 종교행위 자체에 직접 사용되는 필수불가결한 시설이라고 인정하기도 어렵다.
더구나,원고는 샬롬유아스쿨과 샬롬대안학교의 운영에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서 위2, 3층을 주말에 부수적으로 종교행위를 위하여 직접 이용할 수 있었을 뿐,이를 종교목적으로 상시사용할 수 있는 상태에 두었다고 볼 수도 없는바,결국 원고가 위2, 3층 및○○북스 도서관을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 주로 사용하였다고 볼 수 없다.
?샬롬유아스쿨과 샬롬대안학교의 입학자격은 원고의 교인으로 한정되어 있지 아니하였고,교장,교감,교사 등 일반학교와 유사한 교직원 조직을 갖추고 있었으며,입학선교비는 유아30만 원,초중등학생은 교인이200만 원,타교회 교인은300만 원,교육선교비는 유아28만 원,초등35만 원,중등45만 원,고등55만 원 정도로 통상의 대안학교의 학비와 큰 차이가 없어 보인다.
?샬롬유아스쿨에서는 과학,미술,음악 등 그룹활동,영어,미술,중국어,음악 등을 특별활동으로 가르치며 오후7시까지 방과 후 돌봄방을 운영하며 놀이활동을 하고 있는데 그 운영내용이 일반 유치원과 특별히 다르지 아니하다.
?샬롬대안학교는 초등,중등,고등부로 나뉘는데 예배,기도 등 영성교육이 포함되어 있기는 하나,일반 초,중,고 교과과정과 유사하게 국정교과서를 이용한 기본 교육과정을 가르치는 것 외에 중국어,영어,한자,음악,체육 등을 가르치고 있다.
?2층에는 샬롬유아스쿨,주방,식당,세미나실,교사행정실,교무실 등, 3층에는 샬롬대안학교의 초등교실,중등교실,고등교실,교무실,행정실이 있어 전체적인 내부시설이 종교용도라기보다 교육시설에 적합하게 설치되어 있다.
? ○○북스 도서관은 샬롬스쿨 시설의 일부로 홈페이지에 소개되어 있을 뿐만 아니라,도서관 이용시간도 월요일부터 금요일까지 오전9시부터 오후5시까지로 샬롬스쿨의 운영시간과 대동소이하였고,종교서적보다 학생도서 등 다른 도서의 비중이 훨씬 높았다.위 처분 당시 위 도서관에서는 지역주민들에게 도서를 대여하는 시스템조차 갖추어지지 아니하였는바,이 사건 처분 당시에는 위 도서관은 샬롬스쿨의 시설로서 주로 샬롬스쿨 학생들을 위한 공간으로 이용되어 온 것으로 보인다5).
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주5)현재에도○○북스 도서관에는 샬롬유아스쿨 원아들을 위한 공간이 별도로 마련되어 있고,샬롬학교 학생들을 위한 안내문이 별도로 붙어 있으며(갑 제24호증)., 2020. 9. 28.자 원고의 준비서면에도‘지역 주민들이 이용하기를 꺼려했다’고 기재되어 있는바 위 처분 당시 지역 주민들이 위 도서관을 거의 이용하지 않은 것은 사실로 보인다.
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○나아가,지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호에서 정한 수익사업은 법인세법 제4조에 제3항에 따른 수익사업을 의미하므로,실제 수익이 발생하지 아니하거나 그로 인한 수익을 실질적으로 원고가 종교목적에 사용한다고 하더라도 원고가 하는 사업이 법인세법에서 정하는 수익사업에 해당하는 이상,원고는 지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호에서 정한 수익사업을 하고 있다고 보아야 하는데 샬롬유아스쿨이 미인가유치원(또는 미인가보육시설),샬롬대안학교가 비인가대안학교6)인 점은 앞서 본 바와 같은바,각 사업은 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 단서에서 정한‘수익사업이 아닌 교육서비스업 등’에 해당하지 아니하는,법인세법이 정한 수익사업이라고 할 것이므로,원고는 이를 각 운영함으로써 수익사업을 하고 있다고 봄이 상당하다.
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주6)통계청 한국표준산업분류표에서 정한 교육서비스업의 일종인 수익사업(비인가 대안학교)

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○나아가,원고는 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 이미 지상4층 연면적2,327.02㎡규모의 교회 건물을 소유하고 있었고,현재까지도 기존 교회 건물에서 직접적인 종교활동인 예배 등 교회활동의 대부분이 이루어지고 있는 반면 이 사건 부동산은 주로 상가 및 샬롬유아스쿨,샬롬대안학교 시설로 이용되고 있으므로,앞서 본2층 세미나실을 제외한 나머지 면적 전체에 대하여 취득세 등을 부과한 피고의 처분은 정당하다고 판단된다.
3)이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

갑 제13호증의1, 2의 각 기재만으로는 원고가 전적으로 전임 광산구청장의 요청에 의하여○○들 협동조합 및○○미 협동조합을 설립하였다는 사실을 인정하기에 부족하고,달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
나아가,갑 제3호증의1,제4호증의2의 각 기재에 의하면,○○들 협동조합은2015. 8. 11,,○○미 협동조합은2016. 3. 16.각 설립되어 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전에 이미 다른 장소에서 영업을 하고 있다 위 부동산1층으로 그 영업장만을 이전한 사실을 인정할 수 있는바,설령 전임 광산구청장이 위 협동조합의 설립을 독려하였다고 하더라도, ‘이 사건 부동산1층에서 위 각 협동조합 영업을 하는 경우에도 취득세 등을 부과하지 아니하겠다’는 의사를 표시한 것이라고 보기는 어렵다.
따라서,피고가 원고로 하여금 그 과세행정을 신뢰하게 만들었음을 인정할 수 없으므로 이를 전제로 한 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
3.결 론

그렇다면,원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
<관련 법령>

▣구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 개정되고2019. 1. 1.시행되기 전의 것,이하‘구 지특법’이라 한다)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
2. "수익사업"이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

①종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제3조(과세소득의 범위)

①법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다.다만,비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
1.각 사업연도의 소득

2.청산소득(청산소득)

3.제55조의2및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4.제56조 및「조세특례제한법」제100조의32제2항에 따른 미환류소득

③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하"수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1.제조업,건설업,도매업·소매업,소비자용품수리업,부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」제16조제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」제17조제1항에 따른 배당소득

7.제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것.
법인세법 시행령(2018. 2. 13.대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위)

① 「법인세법」(이하"법"이라 한다)제3조제3항제1호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하"한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.다만,다음 각 호의 사업을 제외한다.
3.교육서비스업중「유아교육법」에 따른 유치원,「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따른 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)과「평생교육법」제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업

4.보건 및 사회복지사업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

아.「영유아보육법」제10조에 따른 어린이집.끝.