농협경제지주 회사 물류센터 신축 부지의 정당한 사유

원고는 공기업으로서 준수하여야 하는 관계 법령에 따른 절차를 진행하기 위한 내부적 사유 등으로 부득이하게 유예기간 내에 이 사건 사업을 완료하지 못한 것으로 보임
원고로서는 건축허가를 위한 통상적 절차인 환경영향평가, 개발행위허가 등 각종 허가, 실시설계, 건축설계 등 일련의 절차를 정상적으로 진행한 반면, ① 이례적인 사정으로 인하여 하수관로 설치를 위한 도로점용허가 등에 관한 절차를 추가로 진행하고, ② 관계 법령이 개정되어 저류시설의 위치 변경에 따른 재해영향평가를 다시 받으며, ③ 건축계획심의 절차를 이행하는 등의 과정에서 일정한 기간 이 사건 사업이 부득이하게 지연되었는바, 이는 법령에 의한 금지, 제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다고 봄이 타당

2심

취득세

1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2019. 9. 2. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 취득세(가산세 포함), 지방교육세(가산세 포함), 농어촌특별세(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.


1.처분의 경위

가.원고는 농업협동조합법에 따라 설립된 농업협동중앙회(이하‘중앙회’라 한다)로부터 분할되어 설립된 법인으로서 중앙회의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 수행함으로써 농업인과 조합의 경제활동을 지원하고 그 경제적 지위의 향상을 촉진하며 농업인과 조합의 이익에 기여함을 목적으로 한다.
나.중앙회는2010. 8.농업경제부문 물류 효율화 및 인프라 구축을 위하여 권역별 대규모 물류센터를 신설하는 내용의‘5대 권역 물류센터 건립계획’을 수립하였고,원고는 제주특별자치도 권역 도매물류를 담당할 제주복합물류센터(이하‘제주물류센터’라 한다)의 신축 부지로 사용하기 위하여2016. 5. 27.박○○로부터 제주시 조천읍 와산리1488-16전1,644㎡등6필지를 합계4,157,700,000원에,제주시 조천읍 와산리1498-1전198㎡등8필지를 합계2,062,300,000원에 각 매수하였고, 2016. 6. 10.김○○으로부터 제주시 조천읍 와산리1502임야2,172㎡를492,000,000원에 매수하였다(이하 원고가 매수한 위 토지들을 통틀어‘이 사건 각 토지’라 한다).위 각 매매계약은‘원고가 이 사건 각 토지에 관한 개발행위허가를 취득하지 못하는 것’을 해제조건으로 하여 체결되었다.
다.원고는2017. 1. 20.김○○으로부터 매수한 토지에 관하여, 2017. 5. 31.박○○로부터 매수한 토지들에 관하여 각 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.
라.원고는 이 사건 각 토지가 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제14조의2제1호가 정한‘농협경제지주회사가 구매·판매사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’에 해당한다는 이유로 피고에게 취득세 감경을 신청하여25%감경된 취득세와 이에 따라 감액된 지방교육세,농어촌특별세를 신고·납부하였다.
마.이후 피고는 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 각 토지를 취득한 날부터1년이 경과할 때까지 건축 착공은 물론 건축허가조차 받지 못하였을 뿐만 아니라 이 사건 각 토지에 대하여 부지조성공사도 전혀 개시하지 않은 것은 구 지방세특례제한법 제178조 제1호(이하‘이 사건 추징규정’이라 한다)가 정한 이 사건 각 토지를‘정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당한다는 이유로, 2019. 9. 2.원고에 대하여 별지1목록 기재 각 취득세(가산세 포함),지방교육세(가산세 포함),농어촌특별세(가산세 포함)를 부과·고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
바.원고는 이에 불복하여2019. 11. 26.조세심판청구를 하였으나2020. 11. 6.심판청구가 기각되었다.
다툼 없는 사실,갑 제1내지3, 7, 24내지26, 36호증(가지번호 포함,이하 같다),을 제1호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.
1)제주물류센터 설립 사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)은 사업의 공익성이 인정되고,대상 부지의 면적 및 건축 규모 등을 고려할 때 대규모 공사를 요하므로 그 준비기간이 길며 사업의 각 단계마다 원고의 내부 규정에 따라 중앙회의 사전 승인을 거쳐야 하는 등 원고가 이 사건 각 토지를 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 이 사건 추징규정이 정한 유예기간인1년을 넘길 수밖에 없었던 내부적인 사유가 있었다.
2)이 사건 사업의 진행 도중 이 사건 각 토지의 전면도로가 재포장되어 도로법 시행령의 제한을 받게 되어 도로굴착을 수반하는 도로점용허가를 얻기까지 시간이 지연되었고,연이어 자연재해대책법 시행령이 개정되어 재해영향평가를 다시 거쳤어야 하는 등 원고가 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 해당 용도로 사용하지 못한 데에는 법령에 의한 금지,제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 있었다.
3)원고는 위와 같은 사정에도 불구하고 이 사건 사업을 위하여 필요한 절차를 꾸준하게 밟아 나가는 등 이 사건 각 토지를 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 이 사건 사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으므로,원고가 이 사건 각 토지를 취득한 날부터1년의 유예기간이 경과한 시점까지 이 사건 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 이 사건 추징규정이 정한‘정당한 사유’가 있다.
나.관계 법령

별지2기재와 같다.
다.판단

1)관련 법리

가)구 지방세특례제한법 제14조의2제1호는 농협경제지주회사가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의25를 경감한다고 규정하고 있고,이 사건 추징규정은 정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
나)이 사건 추징규정에서 정하고 있는‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결 등 참조).
2)인정사실

가)원고의 제주물류센터 건립계획안 확정

⑴이 사건 사업은 농업협동조합 경제사업 활성화 계획과 연계하여2013. 5.농림축산식품부 등 정부 관계부처의 주도로 마련된 농산물 유통구조 개선 종합대책의 일환인5대 권역 물류센터 건립 사업 중 하나로서,생산자단체에 의한 유통계열화를 추진하여 산지 가격의 교섭력을 제고하고 소비자가격을 합리화하여 국민경제에도 이바지하는 것을 목표로 한다.
⑵원고는 농업협동조합법 제161조의2에 따라 중앙회의 농업경제와 축산경제와 관련된 사업 및 그 부대사업을 수행하게 되면서‘5대 권역 물류센터 건립계획’을 주관하게 되었다.
⑶원고는 농업협동조합법 제162조에 따라 농림축산식품부 장관의 감독을 받으며,농림축산식품부 고시[농업협동조합법에 따른 조합등과 중앙회 감독규정(제2016-24호, 2016. 4. 21.)]에 근거하여 마련된 중앙회의 투자관리준칙 제6조에 따라 투자안을 수립함에 있어 중앙회 관재 담당부서의 예비타당성 검토를 거쳐야 하고,제11조에 따라100억 원 이상 투자하여 신규 설비를 취득하는 고정투자의 경우 중앙회 투자협의회의 협의를 거쳐야 하며,총 공사비가100억 원 이상인 대형건설 공사의 건설 업무는 원칙적으로 중앙회 관재업무담당부서에 그 업무를 위임하여야 한다.
그리고 위 고시에 근거하여 마련된 중앙회의 계약사무처리준칙 제6조,제16조 등은 원고가 계약을 체결하려는 사항의 가격의 총액에 대한 예정가격을 입찰방법이나 입찰방법에 준하여 경매의 방법으로 결정하여야 한다고 정하고 있다.
⑷원고는2015. 1.제주물류센터 건립방침을 수립하고 중앙회의 고정투자심의위원회의 의결을 거쳤으나,이 사건 각 토지를 최종 부지로 확정하는 과정에서 기존 투자금액인168억 원을 초과하는198억 원의 투자안을 수립하게 되어 중앙회의 투자관리준칙 제11조에 따라2016. 7. 18.중앙회 고정투자심의위원회의 재의결을 거쳐 제주물류센터 건축계획안을 확정하였다.
나)이 사건 각 토지에 관한 개발행위(형질변경)허가 취득

⑴이 사건 각 토지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조 제1항 제2호 다목이 정한‘계획관리지역’에 해당하여 구 자연재해대책법 시행령(2018. 10. 23.대통령령 제29249호로 개정되기 전의 것)제6조 제1항에 따른 사전재해영향성검토 및 환경영향평가법 제43조 및 같은 법 시행령 제59조[별표4]규정에 따른 소규모환경영향평가를 거쳐야 한다.
⑵원고는2016. 7. 1.○○○○개발과‘제주물류센터 건립 건설사업관리에 관한 용역계약’을 체결하였고,같은 달21.○○○○개발이 실시한 제주물류센터 건립부지 개발행위허가용역 입찰에서 선정된 주식회사○○종합기술개발(이하‘○○종합기술개발’이라 한다)과 제주물류센터 건립부지 개발행위허가용역 계약 및 제주물류센터 기본설계용역 계약을 체결하였으며,같은 달28.주식회사 해진이엔씨와 제주물류센터 소규모환경영향평가용역 계약을 체결하였다.
⑶원고는2017. 1.~2.피고에게○○종합기술개발 등으로부터 제출받은 사전재해영향성검토서 및 소규모환경영향평가서를 제출한 다음2017. 3.협의의견을 반영한 보완서를 제출하였고,각 토지에 관한 개발행위허가,농지전용허가,산지전용허가의 신청 등을 완료하였다.
⑷원고는2017. 6. 2.피고로부터 제주물류센터 건립을 위한 개발행위(형질변경)허가(이하‘개발행위허가’라 한다)를 받았다.
다)도로점용(굴착)사업계획의 조건부 승인 획득

⑴원고는2017. 7.피고에게 이 사건 각 토지가1970년 지방도로 개설시 지적도상 도로에 편입되었으나 편입면적이 확정되지 않아 지적정리가 필요한 부분에 대하여 지적도 경계 정정을 위한 토지이동 신청서 등을 제출하였고, 2017. 8.피고 등 관계 행정청과 제주물류센터 설계를 위한 업무협의를 진행하였다.
⑵원고는2017. 9.○○종합기술개발로부터‘농협물류센터 신축공사실시설계용역’성과물과 토목공사 구조계산서 성과물을 제출 받아 이에 대한 검토를 거쳐,중앙회의 투자관리준칙 및 계약사무처리준칙에 따라2017. 11.중앙회에 건축설계용역 입찰을 요청하였고,중앙회는2017. 11. 14.제주물류센터 신축공사 설계용역 입찰을 공고하였으며 그 입찰 결과에 따라 원고는2017. 12. 7.주식회사 무영종합건축사사무소 등과 용역기간을 계약체결일로부터6개월(인허가 및 발주자 검토기간 제외)로 하여 설계용역계약을 체결하였다.
⑶한편 원고는 이 사건 사업을 위하여 하수관로를 매립하는 상하수도 처리계획의 기초가 되는 이 사건 각 토지의 전면도로 굴착을 수반하는 도로점용허가를 별도로 받기 위하여 제주특별자치도의 관계 부서와 협의를 진행하던 중 주식회사 무영종합건축사사무소로부터‘피고 등 관련 행정청은 이 사건 각 토지 전면도로의 노면포장공사가2017. 11.준공되어 도로법 시행령 제56조 제6항에 따라 이후3년간 그 굴착을 수반하는 도로점용허가를 할 수 없고,도로점용허가 없이는 건축허가도 할 수 없다’는 입장이라는 내용이 기재되어 있는 보고서를 제출받았다.
⑷이에 원고는2018. 5.국토교통부에 도로법 시행령 제56조의 해석에 관하여 서면질의를 구하였고,제주특별자치도 도시건설국 도로관리과 등 관계행정청과의 협의를 거쳐, 2018. 7. 31.제주특별자치도에 이 사건 각 토지 전면도로의 갓길로 하수관로를 매립하여 연결하는 대안 등이 포함된 도로점용(굴착)사업계획서를 제출하였다.제주특별자치도 도로관리심의위원회는2018. 9. 14.재심의 결정을 거쳐2018. 11. 6.조건부 승인을 하였다.
라)구 자연재해대책법 시행령 개정에 따른 재해영향평가 등의 재협의

⑴원고는 도로법과 관련된 규제가 해소되어 제주물류센터의 기본 설계를 마쳤으나 당초 개발행위허가 신청 내용과 달라진 부분이 있어 이 사건 각 토지의 개발행위변경허가를 받고자2018. 11. 30.○○종합기술개발과 개발행위변경허가용역 계약을 체결하였다.○○종합기술개발은 위 계약상 개발행위변경허가 도서작성 및 인허가진행,농지전용변경허가,재해영향평가 변경이행계획,기타 개발행위허가에 필요한 업무 등을 담당하기로 하였다.
⑵한편 앞서 본 사전재해영향성검토서,소규모환경영향평가서에 대한 협의 과정에서‘오수관로에 하수관의 연결,우수저감대책의 마련,침투트렌치의 확대 설치 등’의 보완사항이 제시되었고,그에 따라 원고는2017. 8.경‘기존의4개로 나누어 설치되는 저류지를1개의 매립형 저류지로 변경’하는 방법으로 우수저감대책을 수립하기로 하였는데,당시 제주특별자치도의 담당 부서에 대한 문의 결과 저류시설의 위치를 변경하더라도 저류시설의 면적이10%이내로 변경되는 경우에는 재해영향평가 재협의 대상에 해당하지 않는다는 안내를 받았다.
⑶그런데2018. 12. 31.대통령령 제29441호로 자연재해대책법 시행령이 개정되면서 저류시설의 위치를 변경하는 경우에도 재해영향평가 재협의를 거쳐야 한 것으로 변경되었고(위 시행령 제6조의2),그에 따라 원고는 재해영향평가 등의 재협의를 위하여2019. 5.피고에게 소규모재해영향평가서(재협의)를 제출하였고, 2019. 6. 24.피고로부터 제주물류센터 건립사업에 따른 재해영향평가 검토 의견서를 받았다.
마)제주물류센터 건축허가 취득

⑴이 사건 각 토지는 구 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(2015. 7. 24.법률 제13426호로 전부 개정되기 전의 것,이하‘구 제주특별법’이라 한다)제309조,제주특별자치도 건축계획심의에 관한 조례(2013. 7. 26.제주특별자치도조례 제1076호로 개정되기 전의 것,이하‘구 제주특별자치도 조례’라 한다)제3조 및 제주특별자치도 건축계획심의대상구역(제주특별자치도 공고 제2010-449호)제4조 제4항의‘국도 및 지방도 등 주요 도로주변지역’에 해당하여 건축계획심의대상구역에 해당하여 구 제주특별자치도 조례 제5조에 따라 제주특별자치도지사의 건축계획심의절차를 거쳐야 하였다.
⑵원고는2019. 8. 6.제주특별자치도에 건축계획심의를 신청하였고, 2019. 8. 8.건축물 색상의 채도를 낮추고 절·성토 높이를 조정하는 내용 등으로 계획을 보완할 것을 이유로 재심의 결정을 받아2019. 8. 27.이를 보완하여 재심의신청을 하였으나, ‘대지안정성 확보 및 건축물 이격’등을 이유로 다시 재심의 결정을 받아 이를 다시 보완하여2019. 9. 3.재심의 신청을 한 끝에2019. 9. 9.원안동의 결정을 받았다.
⑶원고는2019. 9.피고에게 다시 이 사건 각 토지에 관한 개발행위허가 등을 신청하였고, 2019. 10. 16.피고에게 건축허가를 신청하였으며, 2020. 1. 2.비로소 피고로부터 제주물류센터 건축허가를 받았다.
바)제주물류센터의 완공

⑴이후 원고는 실시설계를 계속하는 한편,예산절감을 위하여 건축면적을 축소하는 과정에서 기본설계 및 관련 인허가 절차를 다시 거쳐야 했고,이에 따라 재해영향평가등도 또다시 거치게 되었다.이후 원고는2020. 10. 16.피고에게 건축허가 변경신청을 하였고, 2020. 11. 27.피고로부터 제주물류센터 건축변경허가를 받았다.
⑵원고는2021. 2. 3.중앙회를 통하여 제주물류센터 신축공사 입찰을 공고한 후 입찰결과에 따라2021. 3.경부터 순차적으로 주식회사 웰크론한텍 등과 공사도급계약을 체결하였고, 2021. 4.제주물류센터의 착공에 들어가2022. 9.완공하여2022. 10. 7.피고로부터 사용승인을 받았다.
다툼 없는 사실,앞서 든 증거,갑 제5, 6, 9, 10내지23, 27내지30, 45호증(가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

3)판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 각 토지를 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에는 이 사건 추징규정에서 정한‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하므로,이와 다른 전제에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.
가)구 지방세특례법 제14조의2제1호에서 농협경제지주회사가 구매·판매사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 일부를 감경하는 취지는,농업경제지주회사가 수행하는 위 사업의 공익적 성격을 고려하여 농협경제지주회사로 하여금 위 사업을 원활히 수행할 수 있도록 세제상으로 지원함으로써 영농산업 등을 보호,육성하려는 정책적 고려에 의한 것으로 볼 수 있다.실제로 이 사건 사업은 농림축산부 등 정부 관계부처의 주도로 마련된 농산물 유통구조 개선 종합대책의 일환인5대 권역 물류센터 건립 사업의 하나로 추진된 것으로서,산지 가격의 교섭력 제고,소비자가격 합리화 등을 통하여 국민경제에 이바지하는 것을 목표로 한다.
나)①이 사건 사업은 대지면적이27,910㎡,건축면적이5,615.61㎡(연면적6,590.47㎡),투자금액이 약200억 원에 달하는 등 대규모 사업에 해당하는 점,②그에 따라 원고는 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 중앙회의 투자관리준칙,계약사무처리준칙 등 관계 규정에 따라 중앙회 투자협의회의 협의,이 사건 사업의 예산을 증액하기 위한 중앙회의 고정투자심의위원회의 심의 및 의결,중앙회 관재업무담당부서에 대한 건설 업무의 위임,중앙회를 통한 관련 계약의 입찰 절차 등 다수의 절차를 거쳐야 하고,그 과정에서 불가피하게 상당한 시간이 소요되는 점,③실제로 원고는㉠투자안을 수립하는 과정에서 중앙회 관재 담당부서의 예비타당성 검토,고정투자에 대한 중앙회 투자협의회의 협의 등을 거치고,이 사건 각 토지의 매입예산 증액을 위한 중앙회 고정투자심의원회의 재심의 및 의결을 거쳤고,㉡2016. 7.경 개발행위허가용역 업체,환경영향평가용역 업체 등을 선정하는 과정에서 입찰 절차를 거쳤으며,㉢2017. 11.건축설계용역 업체 선정을 위한 입찰 절차, 2021. 2.공사도급 업체 선정을 위한 입찰 절차를 거치는 등으로 이 사건 사업을 추진하기 위하여 관계 규정에 따른 일련의 절차를 거치는 과정에서 상당한 시간이 소요되었는데,이는 원고가 정상적인 노력을 다하더라도 이 사건 사업이 지연될 수밖에 없는 내부적 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.
다)앞서 본 바와 같이 이 사건 사업은 개발행위허가용역,기본설계용역,환경영향평가용역을 수행할 업체의 선정(2016. 7.)→소규모환경영향평가서,사전재해영향성검토서 제출(2017. 1.~2.)→관계부서와의 협의 및 소규모환경영향평가 보완서 제출 및 개발행위허가,농지전용허가,산지전용허가 등 신청(2017. 3.)→관계부서와의 협의 및 개발행위허가 취득(2017. 6.)→지적도 경계 정정 등을 위한 토지이동 신청서 제출(2017. 7.),관계부서와 설계를 위한 업무 협의 진행(2017. 8.)및 우수저감대책을 위한 저류시설 변경(2017. 8.)→해당 업체로부터 실시설계 및 구조계산서 성과물 제출(2017. 9.)→건축설계용역 업체 선정을 위한 입찰 및 용역계약 체결(2017. 11.~12.)→건축설계용역 업체의 업무 진행[현장답사,인허가 협의(2017. 12.),계획설계 도서납품(2018. 2.),중간설계 도서납품 및 기본설계설명회(2018. 4.),하수관로 매립을 위한 도로굴착을 수반하는 도로점용허가 사전 협의와 반려 및 허가 불가(2018. 4.~5)]→하수관로 매립을 위한 도로점용허가를 위한 국토교통부 질의회신,협의 및 심의 절차(2018. 5.~11.)및 기본설계 완료(2018. 11.)→개발행위변경허가용역 업체 선정(2018. 11.)및 관련 업무 진행(2018. 12.)→자연재해대책법 시행령 개정(2018. 12.)→재해영향평가 재협의(2019. 5.)및 검토 결과 회신(2019. 6.)→구 제주특별자치도 조례 등에 따른 건축계획심의절차 경유(2019. 8.~9.)→건축허가 신청(2019. 10.)→건축허가 취득(2020. 1.)등의 절차를 거쳐 진행되었는데,원고로서는 건축허가를 위한 통상적 절차인 환경영향평가,개발행위허가 등 각종 허가,실시설계,건축설계 등 일련의 절차를 정상적으로 진행한 반면,①이 사건 각 토지가 임야 내지 농지로서 하수관로가 설치되지 않고 인근 도로가 재포장되어 도로굴착이 제한되는 이례적인 사정으로 인하여 하수관로 설치를 위한 도로점용허가 등에 관한 절차를 추가로 진행하고,②관계 법령이 개정되어 저류시설의 위치 변경에 따른 재해영향평가를 다시 받으며,③구 제주특별자치도 조례 등에 따른 건축계획심의 절차를 이행하는 등의 과정에서 일정한 기간 이 사건 사업이 부득이하게 지연되었는바,이는 법령에 의한 금지,제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.
라)원고는2013. 6.안성물류센터(중부권), 2015. 7.밀양물류센터(영남권), 2017. 6.횡성물류센터(강원권), 2020. 7.장성물류센터(광주권)를 각 준공하여 정상적으로 운영하였고, 2022. 9.제주물류센터를 마지막으로 준공하였는데,이와 같이 원고가5대 권역 물류센터 건립사업을 동종 절차에 따라 정상적으로 추진하였으나,이 사건 사업의 진행 과정에서 앞서 본 도로점용허가,재해영향평가,건축계획심의 등의 절차를 추가적으로 진행하는 과정에서 사업 진행이 부득이하게 지연된 것으로 보일 뿐,원고가 다른 물류센터 건립 사업과 달리 이 사건 사업의 진행을 게을리 하였다거나 진지한 노력을 다하지 않은 것으로 보이지 않는다.
마)앞서 본 사정 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 각 토지를 취득한 이후 이 사건 사업을 정상적으로 추진하였으나,법령에 의한 금지,제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유 및 공기업으로서 준수하여야 하는 관계 법령에 따른 절차를 진행하기 위한 내부적 사유 등으로 부득이하게 유예기간 내에 이 사건 사업을 완료하지 못한 것으로 보이므로,원고에게는 이 사건 추징규정에서 정한‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하고,이 사건 사업 과정에서 도로공사의 진행 상황이나 관련 법령의 개정 경과 등을 미리 파악하지 못한 데에 다소간의 과실이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로‘정당한 사유’가 부정된다고 볼 수는 없다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하는데,제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로,원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소한다.
별지1

목록

순번과세대상세목(가산세 포함)산출세액(원)1제주시 조천읍 와산리1502 임야 2,172㎡취득세6,668,810지방교육세568,480농어촌특별세284,7502제주시 조천읍 와산리1488-16 전 1,644㎡ 등 6필지취득세54,709,090지방교육세4,639,360농어촌특별세2,324,0503제주시 조천읍 와산리1498-1 전 198㎡ 등 8필지 취득세27,136,770지방교육세2,301,210농어촌특별세1,152,770

별지2

관계 법령

▣농업협동조합법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. “중앙회”란 이 법에 따라 설립된 농업협동조합중앙회를 말한다.
제142조의2(중앙회의 자회사에 대한 감독)

①중앙회는 중앙회의 자회사(농협경제지주회사 및 농협금융지주회사의 자회사를 포함한다.이하 같다)가 그 업무수행 시 중앙회의 회원 및 회원의 조합원의 이익에 기여할 수 있도록 정관으로 정하는 바에 따라 지도ㆍ감독하여야 한다.
②중앙회는 제1항에 따른 지도ㆍ감독 결과에 따라 해당 자회사에 대하여 경영개선 등 필요한 조치를 요구할 수 있다.
제161조의2(농협경제지주회사)

①중앙회는 제134조 제1항 제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 농협경제지주회사를 설립한다.이 경우 사업의 분리는 상법 제530조의12에 따른 회사의 분할로 보고,사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의3제1항,제2항 및 제4항,제530조의4부터 제530조의7까지,제530조의9부터 제530조의11까지의 규정을 준용하되,같은 법 제530조의3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중“출석한 주주의 의결권의3분의2이상의 수와 발행주식 총수의3분의1이상의 수”는“대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원3분의2이상의 찬성”으로 본다.
②농협경제지주회사는 농업경제와 축산경제와 관련된 사업 및 그 부대사업을 전문적이고 효율적으로 수행함으로써 시장 경쟁력을 제고하고,농업인과 조합의 경제활동을 지원함으로써 그 경제적 지위의 향상을 촉진하며,농업인과 조합원의 이익에 기여하여야 한다.
제162조(감독)

①농림축산식품부장관은 이 법에서 정하는 바에 따라 조합등과 중앙회를 감독하며 대통령령으로 정하는 바에 따라 감독상 필요한 명령과 조치를 할 수 있다.다만,조합의 신용사업에 대하여는 금융위원회와 협의하여 감독한다.
▣구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제14조의2(농협경제지주회사 등의 구매ㆍ판매 사업 등에 대한 감면)

농업협동조합법 제161조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 설립된 자회사가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의25를,과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의25를 각각2017년12월31일까지 경감한다.
1.구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

▣구 지방세법(2020. 8. 12.법률 제17473호로 개정되기 전의 것)

제151조(과세표준과 세율)

①지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
1.취득물건(제15조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)에 대하여 제10조의 과세표준에 제11조 제1항 제1호부터 제7호까지와 제12조의 세율(제14조에 따라 조례로 세율을 달리 정하는 경우에는 그 세율을 말한다.이하 같다)에서1천분의20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액(제11조 제1항 제8호의 경우에는 해당 세율에100분의50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액)의100분의20.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 목에서 정하는 금액으로 한다.
나.지방세특례제한법,조세특례제한법 및 지방세감면조례(이하"지방세감면법령"이라 한다)에서 취득세를 감면하는 경우

1)지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하는 경우:이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액을 해당 취득세 감면율로 감면하고 남은 금액

▣농어촌특별세법

제5조(과세표준과 세율)

①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.


▣도로법 시행령

제56조(도로굴착을 수반하는 점용에 관한 사업계획서 등)

⑥신설ㆍ확장 또는 개량한 도로로서 포장된 도로의 노면에 대해서는 그 신설ㆍ확장 또는 개량한 날부터3년(보도인 경우에는2년)이내에는 도로굴착을 수반하는 도로점용허가를 할 수 없다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1.천재지변으로 인하여 긴급복구공사를 하여야 할 경우

2.전기 또는 전기통신의 불통으로 인한 긴급소통의 공사를 할 경우

3.상하수도관ㆍ가스관 등의 파열 또는 누출 등으로 인한 긴급복구공사를 할 경우

4.군사상 필요한 경우

5.농어촌 새마을사업의 지원을 위한 전기공급시설ㆍ전기통신설비ㆍ가스공급시설 및 수도시설의 설치를 위한 공사를 할 경우

6.송유,수도물의 공급,하수의 배출이나 가스 또는 열의 공급을 위하여 주배관시설(가스관의 경우 본관 및 공급관을 말하고,열수송관의 경우 주배관 및 분배관을 말한다)을 설치하는 공사, 154,000볼트 이상의 송전선로 공사로서 해당 지역의 여건과 그 밖의 부득이한 사유로 도로구역 밖에서는 해당 시설을 설치할 수 없는 경우

7.기존 주택지역 또는 도시 및 주거환경정비법 제2조 제1호에 따른 정비구역에서 건축물의 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축ㆍ이전과 관련되어 시행하는 전기ㆍ전기통신ㆍ상하수도ㆍ가스 및 열의 공급을 위한 굴착공사로서 그 굴착부분이 길이10미터 이하,너비3미터 이하의 소규모 굴착공사 또는 너비3미터 이하의 소규모 횡단굴착공사인 경우

8.교통약자의 이동편의 증진법 제2조 제7호에 따른 장애인용 승강기를 설치하는 공사로서 도로구역 밖에서는 해당 시설을 설치할 수 없는 경우

▣국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제6조(국토의 용도 구분)

국토는 토지의 이용실태 및 특성,장래의 토지 이용 방향,지역 간 균형발전 등을 고려하여 다음과 같은 용도지역으로 구분한다.
2.관리지역:도시지역의 인구와 산업을 수용하기 위하여 도시지역에 준하여 체계적으로 관리하거나 농림업의 진흥,자연환경 또는 산림의 보전을 위하여 농림지역 또는 자연환경보전지역에 준하여 관리할 필요가 있는 지역

제36조(용도구역의 지정)

①국토교통부장관,시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시ㆍ군관리계획으로 결정한다.
2.관리지역:다음 각 목의 어느 하나로 구분하여 지정한다.
가.보전관리지역:자연환경 보호,산림 보호,수질오염 방지,녹지공간 확보 및 생태계 보전 등을 위하여 보전이 필요하나,주변 용도지역과의 관계 등을 고려할 때 자연환경보전지역으로 지정하여 관리하기가 곤란한 지역

나.생산관리지역:농업ㆍ임업ㆍ어업 생산 등을 위하여 관리가 필요하나,주변 용도지역과의 관계 등을 고려할 때 농림지역으로 지정하여 관리하기가 곤란한 지역

다.계획관리지역:도시지역으로의 편입이 예상되는 지역이나 자연환경을 고려하여 제한적인 이용ㆍ개발을 하려는 지역으로서 계획적ㆍ체계적인 관리가 필요한 지역

▣구 자연재해대책법 시행령(2018. 10. 23.대통령령 제29249호로 개정되기 전의 것)

제6조(사전재해영향성 검토협의 대상 및 협의 방법 등)

①법 제5조에 따라 관계행정기관의 장이 사전재해영향성 검토협의를 요청하여야 하는 개발계획등의 범위와 협의 시기는 별표1과 같다.다만,행정계획의 경우 행정안전부장관이 관계행정기관의 장으로부터 관계 법령에 따른 협의 요청을 받아 해당 행정계획에 관한 재해 영향을 검토한 경우에는 사전재해영향성 검토협의 절차를 이행한 것으로 보고,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업의 경우에는 사전재해영향성 검토협의 대상 사업에서 제외한다.
▣구 자연재해대책법 시행령(2018. 12. 31.대통령령 제29441호로 개정되기 전의 것)

제6조의2(재해영향평가등의 재협의 대상 등)

①관계행정기관의 장은 법 제4조에 따라 재해영향평가등의 협의를 완료한 개발계획등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제5조의2에 따라 행정안전부장관과 재해영향평가등의 협의를 다시 하여야 한다.
3.개발사업에 포함된 저류시설(영구적으로 설치하는 저류시설로 한정한다)의 저류용량이10퍼센트(개발사업이2회 이상 변경되는 경우에는 누적된 변경 비율이10퍼센트인 경우를 말한다)이상 변경되는 경우

▣자연재해대책법 시행령

제6조의2(재해영향평가등의 재협의 대상 등)

①관계행정기관의 장은 법 제4조에 따라 재해영향평가등의 협의를 완료한 개발계획등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제5조의2에 따라 행정안전부장관과 재해영향평가등의 협의를 다시 하여야 한다.
3.개발사업에 포함된 저류시설(영구적으로 설치하는 저류시설로 한정한다)의 위치가 변경되거나 저류용량이10퍼센트(개발사업이2회 이상 변경되는 경우에는 누적된 변경 비율이10퍼센트인 경우를 말한다)이상 변경되는 경우

▣환경영향평가법 시행령(2018. 11. 27.대통령령 제29311호로 개정되기 전의 것)

제59조(소규모 환경영향평가 대상사업 및 범위)

법 제43조제1항에 따른 소규모 환경영향평가를 실시하여야 하는 지역,개발사업의 종류 및 범위는 별표4와 같다.
[별표4]소규모 환경영향평가 대상사업의 종류,범위 및 협의 요청시기(제59조 및 제61조 제2항 관련)

구분소규모 환경영향평가 대상사업의 종류ㆍ규모협의 요청시기1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 적용지역나. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제2호에 따른 관리지역의 경우 사업계획 면적이 다음의 면적 이상인 것 1) 보전관리지역: 5,000제곱미터 2) 생산관리지역: 7,500제곱미터 3) 계획관리지역: 10,000제곱미터사업의 승인등 전

▣농협중앙회 투자관리준칙

제6조(투자안 수립)

①중앙회와 계열사는 투자안을 수립함에 있어서 투자의 필요성,사업성,적법성,대안 분석,전략적 적합성,재무적 타당성,기대효과 및 위험요인,중앙회의 회원 또는 그 조합원의 이익 상충 여부 등을 고려하여야 하며,투자안 수립 시 투자성과를 측정할 수 있는 핵심 성과지표를 정하여야 한다.
④계열사의 고정투자 및 전략투자는 제5조에 따라서 별도로 정한 투자관리 기준에 따라 해당 계열사 법인 내 관련 부서(법무,세무,재무부서 등의 부서를 말한다)의 검토를 거쳐 투자안을 수립하여야 한다.
⑤계열사는 제4항의 투자안에 대한 방침확정 전 다음 각 호에 의한 중앙회 소관부서에 예비타당성 검토를 의뢰하여야 한다.
2.고정투자(제3호에서 정한 부문은 제외) :관재 담당부서

⑥중앙회는 제5항의 예비타당성 검토 의뢰 중 제11조제1항에서 정한 투자에 해당되는 사항이 있는 경우 관련 지주회사와 계열사의 관련 임직원으로 협의회를 구성하여 해당 투자안의 타당성을 검증할 수 있다.
⑦제6항의 협의회에서 검증한 사안에 대하여 의견이 있는 경우 제5항의 예비타당성 검토 의뢰에 대한 회신에 그 의견을 첨부하여 향후 투자 진행시 고려하도록 할 수 있다.
제11조(투자협의회 협의대상)

①중앙회 투자협의회 협의대상 투자안은 아래의 표와 같다.
구분투자유형협의대상전략투자투자건당 총 투자금액 100억원 이상 또는 지분 30%이상 취득·처분안고정투자취득신규(설비, IT, 무형, 유지관리 포함) 총 투자금액 100억원 이상 투자안처분고정투자로 취득한 자산의 처분예정가액 50억원 이상 처분안

②제1항에서 정하는 협의대상의 기준이 되는 총투자금액은 해당 투자로 인해서 발생하는 모든 비용(부대비용을 포함한다)의 합계 금액으로 한다.
④계열사의 고정투자 중 제1항에 의한 중앙회 투자협의회 협의대상 투자로써 총 공사비가100억 원 이상인 대형건설 공사의 건설업무는 중앙회 관재업무담당부서에 그 업무를 위임함을 원칙으로 한다.다만,부득이한 경우 중앙회 관재업무담당부서와 협의하여 계열사가 자체적으로 수행할 수 있다.
▣농협중앙회 계약사무처리준칙

제3조(정의)

이 준칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3. "예정가격"이라 함은 입찰 또는 계약체결 전에 계약금액 결정의 기준으로 삼기 위하여 미리 작성·비치하여 두는 가격으로서 제6조에 의하여 작성된 가격을 말한다.
제6조(예정가격의 결정방법)

①예정가격은 계약을 체결하고자 하는 사항의 가격의 총액에 대하여 이를 결정하여야 한다.다만,일정한 기간 계속하여 제조·공사·수리·가공·매매·공급·임차 등을 하는 계약의 경우에 있어서는 단가에 대하여 그 예정가격을 결정할 수 있다.
②장기계속공사 및 장기물품제조 등의 경우에는 총공사·총제조 등에 대하여 총공사금액 또는 총제조금액 등의 범위 안에서 예정가격을 결정하여야 한다.
제16조(계약의 방법)

①규정 제6조에 의한 경쟁은 입찰방법이나 입찰방법에 준하여 경매의 방법으로 하여야 한다.