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1심
기타
1. 피고가 1997. 12. 1.원고에 대하여 부과한 개발부담금 17，712，487，160원의 부과처분 중 16，309 ，099 ，490 원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10등분하여 그 9는 원고의， 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
1. 처분의 경위 등
갑 1호증， 갑2，3호증의 각 1，2，갑 10호증의 1，2，갑 18호증， 을1호증의 1，2，3，을2호증의 1，2，을3호증의 1 내지 4，을4，5，6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
가.원고는 1987. 3. 10. 한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관(당시에는 ‘한국토지개발공사’이었다)으로서， 1990. 11. 14. 정부의 주택 200 만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로， 고양시 화정동 일대의 토지 2，035 ，502.6 ㎡에 대하여 택지개발촉진법 제8조에 의하여 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받았다. 그 후 원고는 위 개발사업을 시행하여 택지 1，413，099.8 ㎡ 및 공공시설용 국ㆍ공유지 622，4021.8 ㎡ 에 대한 택지조성사업을 완료하고 1995. 12. 3 1.위 택지개발사업의 준공인가를 받았다.
나.원고는 위 준공인가를 받은 후 피고에게 위 택지개발사업에 대한 개발비용으로 순공사비 51，164，842，709원， 일반관리비 2，558，242 ，135원， 조사설계비 1，287，019，450원， 기타경비 22，222，07앉1원， 위 공공시설용 용지가액 159，855，385，232원， 기타공제 27，757，716，542원， 시설부담금 92，159，694，787원， 합계 357，015，979，606원 (순공사비 등 197，149，594，374 + 공공시설용 용지가액 159，855，385，232)을 신고하였다. 이에 피고는 한국산업경영연구소에 위 개발비용에 대한 검토를 의뢰한 결과 같은 연구소가 별지 제2목록의 당초 처분의 인정액란 기재와 같이 원고 신고금액의 순공사비 등 중 확정측량비 344，902，450원을 순공사비에서 제외하여 조사설계비로， 상수도공사비 등 도시간선시설비 22，293，060，000원(상수도공사비 2，095，708 ，000 + 하수도 공사비 12，959，605，000 + 배전시설공사비 7，237，747，000)을 순공사비에서 제외하여 이 중 상ㆍ하수도공사비는 기타경비로， 배전시설공사비는 공공시설 가액으로 각 항목 조정하고， 직원인건비 및 복리후생비 3，516，066，833원，농어촌특별세 4，172，972，042 원，종합토지세 1，244 ，313，695원，용지부대비 1，008，321，793원을 개발비용에서 제외하는 등 합계 156，16，206，960，764원을 감액하여 산정한 합계 340，809，018，842원(순공사비 등 180，942 ，633，610 + 공공시설용 용지가액 159，855，385，232)을 개발비용으로 확인보고하자， 1996. 6. 29. 구 개발이익환수에관한법률 (1993. 6. 11.법률 제4563호로 개정된 것，이하 ‘법’이라고한다)에 의거 별지 제 1목록의 당초 처분액란 기재와 같이， ① 위 택지 1，413，099.8㎡ 중 1，270，053.9 ㎡에 대하여는 최초 1회분 대금 납입일을， 나머지 143，045.9㎡ 에 대하여는 주택건축의 착공신고일을 각 개발부담금 부과종료시점으로 보고서 위 택지의 처분가격인 712，375，128，356원을 부과종료시점지가로 정하였고，② 부과개시시점지가는 원고의 매입토지 1，931，014㎡ 에 대하여 원고가 신고한 매입가격349，564，339，620원을 기준으로 하여 부과개시시점인 1990. 11. 14.자 지가를 309，458 ，258 ，142원으로 산정한 후，이를 위 택지 및 공공시설용 용지 면적 비율로 나누어 산정한 위 택지의 개시시점지가 214 ，834，116，489원으로 정하였으며，③ 정상지가 상승분은 위 개발계획 승인일인 1990. 11.14.부터 피고가 위 택지에 대하여 부과 종료시점으로 정한 위 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공 신고일까지의 각 정상지가 상승기간에 대한 연도별 정상지가상승율을 곱하여 산정한 82，026，040，386 원으로 정하였고， ④ 개발비용은 위 한국산업경영연구소가 확인보고한 위 340，809 ，018，842원으로 정한 다음， 위 부과종료시점지가에서 부과개시시점지가를 공제하고， 이에 다시 개발사업시행기간 중의 정상지가 상승분 및 개발비용을 공제한 74，559，063，939원을 부과기준으로 하여 산정한 개발부담금 18，639，765，980 원(74，559 ，063 ，939 x 50/100 x 50/100 ，국고금단수계산법 제 1조에 의거 10원 미만 버림.이하 같다)을 원고에게 부과ㆍ고지하는 처분을 하였다. 그러자 원고는 그 무렵 고지된 위 개발부담금액을 전액 납부하였다.
다.원고는 이 사건 개발부담금의 부과종료시점을 위 준공인가일로 늦추어 잡아야 하고， 원고가 당초 신고한 개발비용 중 직원인건비 및 복리후생비， 확정측량비，도시간선시설비를 순공사비에 산입하여야 하며， 개발비용에서 제외된 농어촌특별세 등 나머지 비용 및 원고가 공공시설물의 인계와 관련하여 지출한 공공시설지원금2，285，000，000원도 모두 개발비용에 포함시켜 정당한 개발부담금을 재산정하여야 한다며 중앙토지수용위원회에 위 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하자， 같은 위원회는 1997. 4. 8. 다른 주장은 모두 기각하고 다만 원고 주장의 확정측량비를 조사설계비에서 빼서 순공사비에 산입하고 직원인건비 및 복리후생비를 순공사비에 산업하여 개발부담금을 재산정하여야 한다고 하면서 이에 따른 정당한 개발부담금액을 산정하기 곤란하다는 이유로 위 처분 전체를 취소하는 재결(갑2호증의 2)을 하였다.
라.그러자 피고는 1997. 12. 1.위 재결의 취지에 따라 별지 제2목록의 이 사건처분의 인정액란 기재와 같이 위 확정측량비 등을 순공사비에 산입하고 이에 따라 증가된 일반관리비(순공사비의 5%)를 개발비용에 추가로 포함시키고서 별지 제 1목록의 이 사건 처분액란 기재와 같이 산정한 개발이익 70，849，948 ，642원을 부과기준으로 하여 개발부담금 17，712，487，160원을 산정한 다음， 당초 처분에 의하여 부과된 개발부담금 18，639，765 ，980원에서 위 금액을 뺀 나머지 927，278，820원의 환급금 지급통지서(갑3호증의 1)에 위 재결의 취지에 따라 산출한 위 개발부담금액， 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정 내역서(갑3호증의 2)를 첨부하여 원고에게 발송하였고， 이는 같은 달 11.원고에게 송달되었다(아래에서는 1997. 12. 1.자개발부담금 17，712，487，160원의 부과처분을 ‘이사건 처분’이라고 한다).
2. 본안전 항변에 대한 판단
가.제소기간 도과의 항변
(1) 원고가 이 사건 처분의 취소를 구함에 대하여， 피고는 위 중앙토지수용위원회의 재결에 의하여 1996. 6. 26.자 당초 처분 중 일부분만이 취소되었고， 따라서 이 사건 개발부담금 부과처분 관련 항고소송의 대상은 당초 처분 중 위 재결에 의하여 취소되지 아니한 부분이 된다 할 것인데， 원고는 위 재결서 수령일로부터 60일의 제소기간이 경과한 후임이 역수상 명백한 1998. 3. 9.에 이르러서야 이 사건 소를 제기한 것이므로 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 주장한다.
(2) 그러나， 중앙토지수용위원회는 위 당초 처분에 대한 행정심판절차에서 원고의일부 주장만을 인정하면서도 이에 따른 정당한 개발부담금의 재산정이 곤란하다는 이유로 위 당초 처분 전체를 취소하는 재결을 하였음이 명백하고， 위와 같이 재결청의 재결내용이 처분청에 취소를 명하는 것이 아니라 처분청의 처분을 스스로 취소하는 것일 때에는 그 재결에 형성력이 발생하여 당해 행정처분은 별도의 행정처분을 기다릴 것 없이 당연히 취소되어 소멸되는 것이라고 할 것이므로(대법원 1994.4. 12. 선고 93누 1879 판결 등 참조) 당초 처분은 같은 위원회의 재결에 의하여 완전 소멸되어 그 처분일자를 기준으로 제소기간의 준수여부를 가릴 것은 아니라고 할것인바， 이 사건에서 원고는 피고가 1997. 12. 1. 개발부담금 환급금 지급통지를 함과 아울러 새로이 개발부담금을 부과하는 이 사건 처분을 하였다고 보고서 그 처분서의 수령일인 같은 달 11.로부터구 행정소송법 (1994. 7. 27. 법률 제4770 호로 개정되기 전의 것)제20조 제2항 현행 행정소송법 부칙 제4조 소정의 제소기간인 180일 이내임이 역수상 명백한 1998. 3. 9. 위 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였음이 기록상 분명하므로 이 사건 소는 제소기간 내에 제기된 것으로서 적법하다 할 것이다. 피고의 위 항변은 이유 없다.
나.처분의 부존재 항변
(1)피고는， 1997. 12. 1.자통지는 단순한 개발부담금 과오납금 환급통지에 불과할뿐 이로써 새로이 개발부담금 부과처분을 한 것으로는 볼 수 없으므로 결국 항고소송의 대상이 되는 처분이 존재한다고 볼 수 없어 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 항변한다.
(2) 법 제 15조 제 1항，구 개발이익환수에관한법률시행령 (1993. 8. 12. 대통령령 제13956호로 개정된 것 이하 ‘시행령’이라고한다) 제 16조에 의하면 건설교통부장관은 이 법에 의하여 개발부담금을 부과결정한 때에는 납부의무자에게 납부금액 및 그 산출근거 ..납부기한과 납부장소를 명시한 납부고지서를 발부하여야 한다고 규정하고 있는바， 이는 처분청으로 하여금 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 처분을 행하게 함으로써 조세행정의 공정성을 기함과 동시에 납세의무자에게 부과처분의내용을 상세히 알려서 불복여부의 결정 및 그 불복신청에 편의를 주려는 데 그 근본취지가 있다 할 것이다. 그러나 이 사건에서 원고가 최초 개발부담금을 부과한1996. 6. 26.자 당초 처분에 대하여 위 개발부담금액을 전액 납부하는 한편， 이에 대한 행정심판을 제기하여 중앙토지수용위원회에서 위 처분을 전부 취소한다는 재결을 받았고， 이에 따라 피고는 위 재결의 취지에 따른 정당한 개발부담금을 재산정하여 당초 처분상의 개발부담금액에서 위 금액을 뺀 나머지 금액의 환급통지를 하면서， 위 재산정 개발부담금액， 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정 내역서를 첨부하였던 것인바， 피고가 비록 납부고지서를 발부한 것은 아니라고 하더라도， 위 개발부담금 재산정 내역서에는 납부고지서에 기재될 내용이 빠짐 없이 들어가 있는 점(원고가 이미 당초 개발부담금액을 전액 납부한 이상 납부고지서의 기재사항 중 징수고지에 관련한 납부기한， 납부장소 등은 불필요한 사항에 불과하다)，원고는 당초 처분에 의하여 개발부담금 산정 내역을 자세히 알고 있었고 이에 대하여 행정심판을 제기하였을 뿐만 아니라， 1997. 12. 1.자개발부담금 재산정 내역서를받아 봄으로써 위 재결의 취지에 따른 개발부담금 재산정 내역을 확인할 수 있어 위 재산정 내역서에 의한 통지가 부과행정의 공정성을 해치거나 납부의무자에게 불이익을 주는 것으로 볼 수도 없는 점，그 밖에 당초 처분의 경위 및 취지， 위 재결의 취지， 1997. 12. 1.자통지의 경위 및 그 내용 등에 비추어 피고는 위 통지로써 과오납된 개발부담금 927 ，278 ，820원의 환급통지를 함과 아울러， 나머지 개발부담금 17，712 ，487，160원에 관한 이 사건 부과처분을 하였다고 봄이 상당하다 하겠다(대법원 1997. 4. 11. 선 고 96누 19352，1997. 8. 22. 선 고 96누5285，1998. 2. 27. 선 고 97누18479 판결등 참조).따라서 피고의 위 항변도 이유 없다.
다.전치절차 불이행 항변
피고는， 이 사건 소는구 행정소송법 제 18조 제 1항에 따라 행정심판을 거치지 아니한 채 제기된 것으로서 부적법하여 각하되어야 한다고 항변하나， 원고는 당초 처분에 대하여 행정심판을 제기하여 이에 대한 재결을 거친 바 있고， 위 재결에서 이미 기각된 사유를 내세우며 당초 처분에 금액만이 감축된 이 사건 처분의 취소를 구하고 있음이 기록상 분명하므로， 이 사건 소는같은법 제 18조 제3항 제 1호소정의 동종 사건에 대하여 이미 행정심판의 기각재결이 있을 때에 해당하여， 원고로서는 다시 이에 대하여는 행정심판절차를 거침이 없이 바로 취소소송을 제기할 수 있다 할 것이니 피고의 위 항변도 이유 없다.
3. 처분의 적법 여부
가.부과종료시점에 대하여
(1)원고의 주장
원고는 이 사건 처분에 대하여， 먼저 피고가 이 사건 택지 중 준공인가 전에 주택 건설업자들에게 분양되거나 이들에 의해 주택건축이 시작된 토지에 대하여 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외규정인 법 제9조 제3항 제2호， 시행령 제8조 제 1항 제 1호 제2항 제1.2호를 적용하여 부과종료시점을 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일로 하여 부과기간 동안의 정상지가 상승분을 82，026，040，386원으로 계산하고 이에 터잡아 이 사건 처분의 개발부담금액을 산정하였던바， ① 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외조항인 시행령 제8조 제 1항이 적용되려면， 그 전제로서 당해 사업지구 내 토지에 대한 절토， 성토 등 부지정지공사 뿐만 아니라 도로ㆍ상하수도ㆍ전기시설 등 기간시설공사 등이 마쳐짐으로써 더 이상의 가공공정이 필요치 않고 택지사용에 어떠한 물리적 제한이 없을 정도로 개발부담금 부과대상사업의 개발이 사실상 완료되어야 하는데， 이른바 합동택지개발방식에 의한 이 사건 개발사업의 경우，원고는 아직 개발이 완료되지 않은 시점에서 주택건설사업자들에게 분양택지를 선분양하고 이들에 의하여 택지개발과 동시에 주택건설이 이루어진 것이므로， 위 선분양에 의하여 대금의 일부가 지급되었다거나 건축공사를 위한 착공신고서가 제출되었다는 사실만으로는 사실상 택지로서의 개발이 완료되었다고 할 수 없어 위 예외조항이 적용된다고 할 수는 없고， 법 제9조 제3항 본문의 원칙규정으로 돌아가 위 택지개발사업의 준공인가일을 부과종료시점을 보아야 하며，② 다음 장기할부조건부 매매에 있어 양도의 시기를 정한구 소득세법시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제 13456 호로 개정되기 전의 것) 제53 조 제2항에 의하면 양도의 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 양도일로 보아야 하므로 원고가 주택건설사업자들과 선수협약을 체결하고 이에 따라 택지를 가분할하여 주택건설사업자들에게 선분양한 뒤 준공인가를 받은 후에 실제 분양면적을 확정하여 그 증감에 따른 대금정산을 하였던 이상위 선분양 택지의 양도일은 첫회 부불금의 지급일이 아닌 각 필지별 분양택지의 권리범위가 확정된 준공인가일이라고 보아야 하고，③ 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고는 위 택지개발사업을 시행함에 있어 사업지구를 공사시행의 최소 단위인 공구별로 나누어 시행하였으므로， 피고는 위 각 공구별로 사실상 택지로서 개발이 완료된 시점을 구분하여 각각의 실제 준공일을 정하고 그에 따라 부과종료시점을 정하여야 함에도 불구하고， 임의로 위 부과종료시점에 관한 예외조항을 적용하여 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일을 부과종료시점으로 정하여 정상지가 상승분을 산정하였으니 이 사건 처분은 위법하며 나아가 종료시점지가에서 공제되어야 할 정당한 정상지가 상승분은 위 개발계획 승인일인 1990. 11.14.부터 위 준공인가 일인 1995. 12. 3 1.까지의기간에 대한 148，125，621，138원이 되어야 한다고 주장한다.
(2) 인정되는 사실
갑4，5，6호증， 갑7호증의 1 내지 6，갑 15，16，17호증의 각 1，2，3，갑26호증의 1내지 16，갑27호증의 1 내지 15，갑28호증의 1 내지 15，을4호증， 을7호증의 1，2，3，을8호증， 을9호증의 1 내지 11，을 10호증의 1 내지 7의 각 기재 또는 영상， 증인 이영제， 조동창의 각 일부 증언에 변론의 전취지를 모아보면 아래 각 사실이 인정된다.
(가)원고는 앞서 본 바와 같이 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받아 그 개발사업을 시행하는 한편， 원고의 용지규정(갑5호증) 제26조의 2，택지합동개발시행지침(갑 4호증) 제8조에 의거 택지의 공급과 수요를 연계하여 사업시행 초기에 택지의 수요자인 공공기관 또는 주택건설사업자를 참여시킴으로써 택지개발과 주택건설을 동시에 추진하는 택지개발방식인 이른바 ‘합동개발방식’을 채택함으로써 택지조성사업이 완료되는 경우 이에 대한 준공인가를 받기 전이라도 위 택지를 주택건설사업자들에게 선공급하기로 하고， (주)신안등주택건설사업자들과의 사이에 미리 용지매도를 위한 선수협약(갑 15，16，17호증의 각 1)을체결하여 일부 선수금을 수령하기도 하였다.
(나)그후 원고는 위 선수협약에 의하여 위 준공인가일 전인 1990. 11.16.경부터 주택건설사업자들에게 미리 개발택지 중 고양시 지도읍 화정리 851 외 597 필지 1，270 ，053.9㎡ 의 택지를 분양하면서， 그 대금을 택지개발촉진법 제 18조，한국토지개발공사법 제 18조에 따라 건설부장관의 공급가격결정 승인 및 토지처분심의위원회의 심의를 거쳐 택지조성이 완료된 것을 전제로 평가한 각 용지별 가격으로 하되， 주택사업자들로부터 지급받은 선수금을 분양대금으로 대체하고 나머지 잔대금은 3회 이상 분할하거나 1년 이상의 기간을 두고 이를 지급받기로 약정하였다. 또 일부 주택건설업자들은 1989. 12.경부터 위 준공인가일까지 사이에 위 개발택지 중 같은 리849 외 78필지 143，045.9㎡ 의 택지에 관하여 건축허가를 받아 건축착공신고서를 제출하고 주택신축공사에 착수하였다.
(다)피고는 이 사건 개발부담금을 산정함에 있어， 앞서 본 바와 같이 부과종료시점을 준공인가 전에 분양된 위 1，270 ，053.9㎡ 의 택지에 대하여는 최초 1회분 대금 납입일， 주택신축공사가 개시된 위 143，045.9 ㎡의 택지에 대하여는 건축착공신고일로 보고 그때까지의 정상지가 상승분을 산정하였다.
(라)그런데， 원고와 주택건설사업자간에 체결된 공급주택지공급협약서， 용지매매 계약서(갑7호증의 1 내지 6，갑 15，16，17호증의 각 2，3)의 각 기재에 의하면， 사업시행자인 원고는 부지정지를 위한 토공사， 이에 필요한 표면배수 처리시설， 간선배수로， 법면 등 기본적인 시설의 설치공사인 용지의 조성공사를 담당하고， 분양대상자는 분양토지와 접한 도로 부대시설인 대지경계석 가로수분 보도블록 둥을 시공할수 있도록 되어 있으며 또 원고가 합동개발방식에 따라 주택건설사업자에게 공급하는 토지의 대금은 계약금 납부 후 몇 차레 중도금을 납부하고 그 잔대금은 당해 토지의 사용가능시기에 납부하여야 하는바 이때 당해 토지의 사용가능시기라 함은 해당 필지에 대한 용지 취득 및 공사진척상황으로 보아 건축공사착공이 가능하다고 원고가 정하는 시기를 말하고， 사용가능시기가 정해진 대금납부기일보다 먼저 도래하는 경우에는 주택건설사업자는 즉시 착공에 들어가며 미납 잔대금 전액을 지급하고， 잔대금 미지급시에는 이에 대한 이자를 지급하여야 하는 것으로 되어 있으며，준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 규정되어 있다.
(마)한편， 원고는 주택건축사업자들에 대한 건축허가에 앞서 피고와 사전협의를 하는 과정에서 담당 공무원과 함께 일일이 현장을 방문하여 건축허가 신청대상 부지에 실제 건축이 가능한지 여부를 확인한 뒤 건축허가에 동의한 바 있다.또한 이 사건 택지에 관하여는 이미 위 사업지구 내에서 아파트건축공사를 시행하던 주택건설사업자들이 1993. 10경부터 같은 해 11.경까지사이에 위 공사의 상당 부분을 완성하여 피고에게 중간검사를 신청하였을 뿐만 아니라(을9호증의 1 내지 11，을 10호증의 1 내지 7)，1992. 8.경에는 위 사업지구 내 일부 아파트에 대한 입주가 시작되기도 하였고， 더욱이 1993. 2. 24.경 이 사건 개발택지 일대의 항공사진 촬영결과， 근린공원， 녹지 부분을 제외한 대부분의 사업지구 내 택지에 이미 아파트건축이 상당부분 진행되었음이 확인된 바 있다(을8호증).
(3) 판단
살피건대， ① 법 제9조 제3항 제2호， 시행령 제8조 제 1항 제 1호， 제2항 제 1，2호 및 위 구 소득세법 시행령 제 53조 제 1항 제3호는 원칙적으로 관계 법령에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 개발사업의 준공인가 등을 받은 날을 부과종료시점으로 하되， 납부의무자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양둥 처분하는 경우로서 사실상 개발이 완료된 토지를 장기할부조건으로 타인에게 양도한 때에는 최초 1회 부불금의 지급일 건축물을 건축하는 때에는 그 착공신고일을 부과종료시점으로 하고 있는바 위 인정사실에 의하면 비록 원고가 합동개발방식에 의하여 위 택지개발사업을 시행함에 따라 주택건설사업자들과 사이에 용지매도를위한 선수협약을 체결하여 미리 일부 선수금을 수령한 바 있기는 하지만， 그 후 원고에 의하여 기본적인 용지의 조성공사가 시행되고 일부 부수적인 공사만이 주택건설사업자들의 몫으로 남겨진 상태에서 해당 택지에 관하여 정식으로 장기할부조건으로 된 택지분양계약이 체결되거나 일부 택지에 관하여 실제 실수요자인 주택건설 사업자들에 의하여 건축이 시작된 이상 각 그 분양 또는 공사착공 당시에 이미 택지조성에 필요한 공사가 마무리되었다고 봄이 상당할 뿐더러， 실제 위 준공인가일 훨씬 이전부터 사업지구 내에서는 상당한 정도의 택지에 대하여 주택건축에 아무런 문제가 없음이 확인되어 주택건축허가가 있었고， 그 공사시행에 따라 아파트 입주자들의 입주가 시작되기도 한 점 등에 비추어 보면 준공 전에 분양 또는 공사착공된 위 개발택지들은 이미 각 그 당시에 사실상 개발이 완료되었다고 보여지고， 이와 같이 전체사업의 준공인가일 전에 분양되거나 건축에 착수한 사실상 개발이 완료된 토지에 대하여는 그후에 토지가격이 상승하더라도 분양 등을 마친 원고에게 그 가격상승으로 인한 이익이 귀속되지 않는 점을 고려하여 볼 때 피고가 이들 토지에 대한 부과종료시점을 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일로 보아서 각 토지별로 정상지가상승분을 산정한 것은 적법하다고 하겠으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없고，② 다음 원고가 주택건설사업자들에게 개발택지를 분양하면서 준공인가 후에 기존 분양면적의 증감에 따른 대금 정산을 마치기로 약정한 것은 사실이나，나아가 위 분양택지에 대하여 실제 준공 후 정산이 이루어졌음을 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없을 뿐만 아니라， 그 정산이 준공 후 당초 분양계약의 동질성을 해할 정도에 이른다고 보기 어려워 위 택지의 분양은 구 소득세법 시행령 제53조 제2항이 규정하는 완성 또는 확정되지 아니한 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없으므로 위개발택지의 분양에 관하여 위 규정이 적용됨을 전제로 한 원고의 주장 역시 받아들일 수 없으며，③ 또한 앞서 인정한 바와 같이 준공인가 전에 미리 분양 또는 착공된 위 택지들이 사실상 개발이 완료된 상태였다고 보는 이상 그 택지가 속한 공구의 공사완료 여부는 부과종료시점을 정함에 있어 아무런 영향을 미칠 수 없는 것이므로 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
나.개발비용 산정에 대하여
(1)원고의 주장
원고는， ① 이 사건 개발부담금의 산정에 있어 개발비용 중 기타경비 등으로 처리된 상수도공사비 2，095，708，000원， 하수도공사비 12，959，605，000원， 배전시설공사비 7，237，747，000원 등 도시간선시설비 합계 22，293，060，000원은 이 사건 택지개발지구 자체의 존립을 위한 간선시설비용으로서，② 개발비용에서 제외된 같은 농어촌특별세 3，903，712，074원은 특별부가세 감면과 관련된 제세공과금으로서，③ 같은 종합토지세 1，244，313，695원은 위 택지개발과 관련하여 당해 개발토지에 대하여 납부한 제세공과금으로서，④ 같은 용지부대비 1，008，321，793원은 개발사업에 공하여지는 토지를 매입하거나 개발사업구역안의 건물， 입목 등을 철거 이전하는 과정에서 필요불가결하게 지출된 각종 공과금， 등기소송비 등으로서 각 이 사건 택지개발사업의 순공사비에 산입되어야 하고，⑤ 같은 공공시설지원금 2，285，000，000원은 위 사업지구 내의 공공시설물의 인계와 관련하여 시설물 유지관리비 도로유지관리 관련 장비구입비 등으로 집행된 것으로서 법시행령 제 10조 제 1항 제5호 소정의 기타경비에 산입되어야 하며， 만약 같은 규정이 위와 같은 공공시설지원금을 기타경비에서 배제하는 취지라면 이는 모법의 위임취지에 위배되는 것으로 무효로 보아야 할 것이고，..
앞서 본 각종 지출비용이 순공사비에 산업됨에 따라 함께 증액된 일반관리비 1，442，390，128원을 개발비용에 포함시켜 개발부담금을 재산정하여야 한다고 주장한다.
(2) 판단
(가)관계 법령 및 개발비용의 판단기준
개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제4목록 기재와 같은바， 그 법 제2조 제 1호，제8조에 의하면， 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가 상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하며， 그 산식은 (부과종료시점의 지가) - (부과개시시점의 지가 + 정상지가 상승분 + 개발비용)이다. 따라서 개발비용은 사업개시시점의 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.
(나)도시간선시설비
갑 11，12호증의 각 1 내지 7，갑 13호증의 1 내지 12의 각 기재에 의하면， 원고는 위 택지개발사업을 시행하면서 상수도공사비 2，095，708，000원， 하수도공사비 12，959，605，000원， 배전시설공사비 7，237，747，000원 등 도시간선시설비 22，293 ，060，000원을 지출한 사실이 인정되고， 피고는 이 중 상 ..하수도공사비를 기타경비에， 배전시설공사비를 공공시설 가액에 포함시켜 개발부담금을 산정하였음은 앞서 본 바인바，수도권정비계획법 제2조 제4호，제 19조 제2항，제20조，같은법시행령 제25조 제 1항， 택지개발촉진법 등 관계 법령에 의하면 원고가 시행한 대규모 택지개발사업의 경우에는 당해 사업지구의 용수공급시설 기타 광역적 정비가 필요한 시설 등 도시간선시설의 설치가 의무화되어 있고 사업시행자에게 그 설치비용을 부담시킬 수 있을 뿐만 아니라， 원고의 택지개발사업은 당초부터 정부의 200 만호 주택건설 목표에 부응한 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로 시행된 것이어서 단순히 개개의 토지에 대한 부지조성사업에 그치는 것이라기보다는 대단위의 신도시 건설과 관련된 기반조성사업에 해당한다고 보아야 하므로 사업지구 내에 공공시설인 도시간선시설의 확충을 위한 위 각 공사 역시 위 택지개발사업의 범위에 포함시켜야 한다는 점，원고의 회계규정시행세칙(갑 8호증) 제7조 별표 제 1호 소정의 조성사업원가를 구성하는 조성비에 위 도시간선시설비 항목이 포함되어 있는 점 등에 비추어 보면 이는 당해 개발사업 자체를 위하여 지출한 재료비 또는 경비로서 순공사비에 해당한다고 봄이 상당하다.
(다)농어촌특별세
원고는 정부투자기관으로서 조세감면규제법에 의거 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 법인세 특별부가세의 50% 가 감면됨에 따라，농어촌특별세법 제5조 제 1항에 의거 위 감면세액의 20% 에 해당하는 농어촌특별세 3，903，712，074원이 부과ㆍ고지되어 이를 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바， 비록 위 농어촌특별세가 특별부가세와는 그 부과목적을 달리하고 특별부가세의 경우와 같이 개발비용에 계상하도록 한 명문의 규정이 없기는 하나 위 농어촌특별세는 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 특별부가세의 일부 감면에 따라 그 감면세액을 과세표준으로 하여 부과되는 것이어서 위 택지분양과 직접적인 관련이 있는 점，위 특별부가세는법 제 11조 제 1항 제 1호，제 12조소정의 제세공과금으로서 순공사비로 인정되는 점，만약 위 특별부가세가 면제되지 아니하는 경우 부과된 특별부가세 전체를 순공사비로 인정받을 수 있는 반면， 위 특별부가세가 변제되는 경우에 부과되는 농어촌특별세를 순공사비로 인정받지 못한다면 그 형평에 어긋나는 점 등에 비추어 위 농어촌특별세는 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 제세공과금으로서 순공사비에 산입시킴이 옳다 할 것이다.
(라)종합토지세
원고가 위 개발토지에 대하여 부과된 종합토지세 1.2 44.313.695 원을 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나， 이는 토지의 보유에 대하여 부과하는 재산세의 일종으로서， 개발비용에의 산입이 허용되지 아니하는 개발토지 매입에 따른 취득세， 등록세， 등록비용 등과 마찬가지로 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용이라 볼 수 없으므로 이를 순공사비나 기타 경비에 포함시킬 수 없다 하겠다.
(마)용지부대비
1)인정사실
당사자 사이에 다툼이 없거나， 갑8호증， 갑 19 내지 24호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
① 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정시행세칙， 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고， 정부투자기관관리기본법 둥 앞서 본 관계 법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.
② 원고의 회계규정시행세칙 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.
제7조 [계정과목] 규정 제 14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로분류하며 별표 제 1호와 같다.
별표 제 1호 제5절 제조원가명세서 과목 중 가.조성사업
9100000 관 조성사업원가
9110000 항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)
9110100 목 순용지비(토지취득비)
9110200 목 보상비(지장물보상비， 손실보상비용 등)
9110300 목 용지부대비(법정부대비， 업무추진비 및 소모성부대비)
9110400 목 종합토지세
9120000 항 조성 비
9120100 목 도급공사비 :부지조성공사비， 지급자재비， 가로등공사비，전기공사비， 가스공사비， 조경공사비， 시설부담금， 기타...
9120200 목 조성조사설계비
9120300 목 조성교육훈련비 (IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)
9120400 목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)
9120500 목 확정측량비
9120600 목 조성부대비(법정부대비， 업무추진비 및 소모성부대비)
제 101 조
거 경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작
성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.
제129 조
② 직접비는 용지비， 조성비， 재개발보상비， 건축비로 한다.
③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비，동ㆍ하계단련비， 학자금， 복지보험료 등)로 한다.
③ 원고는 1996 년 실행예산편성지침에서 부대비 과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.
(a) 법정부대비
○ 지급수수료 :감정평가수수료， 측량수수료， 법무사수수료， 기타 지급수수료， 용역수수료
○ 지급임차료 :사무실 임차료(사업단，사업소의 임대료 및 관리비)
○ 광고선전비 :신문광고료(취득ㆍ개발의 법정 공고 또는 불가피한 신문공고료)
○ 등기소송비 :등기수수료， 소송비용
○ 세금과 공과 :원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성
(b) 소모성부대비 :일용잡급비， 여비교통비(시내외 출장비， 현장체재비， 교통보조비)，통신비(사업소 비용 및 지사 공통비용)，전력수도료， 연료유지비， 소모품비， 피복비， 도서인쇄비， 지급임차료， 수선유지비， 차량비， 보험료， 지급수수료， 운반 및 보관료， 광고선전비，등기소송비，협회비，협력비，잡비
(c) 업무추진비 :기획조정실에서 당해 사업을 원활하게 추진하기 위하여 필요 불가결한 금액을 사업면적， 지구수， 인원，공구수 등을 감안하여 일괄 편성
④ 원고는 이 사건 개발사업 기간을 전후하여 용지의 취득 또는 개발사업구역의 건물， 입목의 철거， 이전 둥 관리 등과 관련된 부대비용으로 합계 1，008 ，321 ，793 원을 지출하였는바， 위 용지부대비의 항목별， 연도별 지출내역은 별지 제3목록 기재와 같고， 용지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하여 증가하고있다.
2) 판단
살피건대， 원고의 회계규정시행세칙 등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것이 아니므로 원고의 회계규정시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용 항목이 외견상 순공사비 등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일ㆍ유사하다고 하더라도， 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연 법 제 11조가 정하는 ‘개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용’인가 여부에 따라 판단하여야 할 것인바， 위 인정사실에 의하면 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수는 없고， 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료， 광고선전비， 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 전체 용지부대비의 약 60% 에 이르고， 이 사건 택지개발사업과 병행하여 사업지구 내 토지를 취득하기 위한 순용지비가 계속하여 지출되었으며 그에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 용지부대비는 그것이 순공사비 중 경비에 해당한다기보다는，오히려 단순한 토지취득 및 관리를 위한 부수비용으로 보일 뿐이므로 위 용지부대비는 원고의 회계규정시행세칙 등의 비용항목과 명칭 또는 용도에도 불구하고 개발비용에 포함될 수 없는 것이라 하겠다(대법원 1995. 2. 14. 선고 94누 13039 판결참조).
(바)공공시설지원금
갑 14호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하면， 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 공공시설물의 인계와 관련하여， 피고와의 협의하에 시설물 유지관리비， 도로유지관리 관련 장비구입비 등 공공시설지원금으로 2，285，000，000원을 지출한 사실이 인정되나， 이는 어디까지나 원고 임의로 위 비용을 부담하기로 한 데 따른 시혜적 차원의 지출로서 법 제 11조 제 1항 제2호 시행령 제 10조 제5호 소정의 법령의 규정이나 개발사업의 인가의 조건 등에 의하여 국가 등에 납부한 부담금의 일종으로 볼 수 없고， 위와 같은 해석한다 하여 위 시행령 규정을 상위법의 위임취지에 반하는 것이라고도 할 수 없으므로 원고가 지출한 위 공공시설지원금을 개발비용에 산입할 수 없다.
(사)일반관리비
시행령 제 10조 제2항， 예산회계법시행령 제78조에 의하면， 개발비용에 포함되는일반관리비는 일률적으로 순공사비에 5/100를 곱하여 산정하도록 규정되어 있으므로，앞서 본 바와 같이 원고가 지출한 도시간선시설비 및 농어촌특별세를 순공사비로 항목 조정 내지 산입하게 되면， 일반관리비는 별지 제2목록의 정당한 개발비용란중 일반관리비 항목 기재와 같이 1，309，838，604원이 증액된 2，982，755，506원이 된다.
(아)정 당한 개 발부담금
더 나아가 기타경비 등으로 처리되었던 도시간선시설비를 순공사비로 항목 조정하고， 개발비용에서 제외되었던 농어촌특별세를 순공사비에 산입하며， 위 일반관리비 증액분을 계산에 넣어 정당한 개발비용을 산정하면， 별지 제2목록의 정당한 개발비용란 기재와 같이 349，878，573，517원이 되고 이에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 개발부담금액을 산정하면 별지 제 1목록의 정당한 부담금액란 기재와 같이 16，309，099，490원 이 된다 할 것 이다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로 위 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
2000. 7. 14.
판례 · 서울행정법원
개발부담금부과처분취소
98구976
선고 1999.10.06
일반행정
서울행정법원
법원
1999.10.06
선고일
98구976
사건번호
일반행정
사건종류
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판결요지
택지개발사업을 시행하면서 공공시설물의 인계와 관련하여， 피고와의 협의하에 시설물 유지관리비， 도로 유지관리 관련 장비구입비 등 공공시설지원금으로 2，285，000，000원을 지출한 사실이인정되나， 이는 어디까지나 원고 임의로 비용을 부담하기로 한 데 따른 시혜적차원의 지출로서 법 제 11조 제 1항 제2호 시행령 제 10조 제5호 소정의 법령의 규정이나 개발사업의 인가의 조건 등에 의하여 국가 등에 납부한 부담금의 일종으로 볼 수 없으므로, 원고가 지출한 공공시설지원금을 개발비용에 산입할 수 없다.
전문
심급
1심
세목
기타
주문
1. 피고가 1997. 12. 1.원고에 대하여 부과한 개발부담금 17，712，487，160원의 부과처분 중 16，309 ，099 ，490 원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10등분하여 그 9는 원고의， 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
이유
1. 처분의 경위 등
갑 1호증， 갑2，3호증의 각 1，2，갑 10호증의 1，2，갑 18호증， 을1호증의 1，2，3，을2호증의 1，2，을3호증의 1 내지 4，을4，5，6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
가.원고는 1987. 3. 10. 한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관(당시에는 ‘한국토지개발공사’이었다)으로서， 1990. 11. 14. 정부의 주택 200 만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로， 고양시 화정동 일대의 토지 2，035 ，502.6 ㎡에 대하여 택지개발촉진법 제8조에 의하여 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받았다. 그 후 원고는 위 개발사업을 시행하여 택지 1，413，099.8 ㎡ 및 공공시설용 국ㆍ공유지 622，4021.8 ㎡ 에 대한 택지조성사업을 완료하고 1995. 12. 3 1.위 택지개발사업의 준공인가를 받았다.
나.원고는 위 준공인가를 받은 후 피고에게 위 택지개발사업에 대한 개발비용으로 순공사비 51，164，842，709원， 일반관리비 2，558，242 ，135원， 조사설계비 1，287，019，450원， 기타경비 22，222，07앉1원， 위 공공시설용 용지가액 159，855，385，232원， 기타공제 27，757，716，542원， 시설부담금 92，159，694，787원， 합계 357，015，979，606원 (순공사비 등 197，149，594，374 + 공공시설용 용지가액 159，855，385，232)을 신고하였다. 이에 피고는 한국산업경영연구소에 위 개발비용에 대한 검토를 의뢰한 결과 같은 연구소가 별지 제2목록의 당초 처분의 인정액란 기재와 같이 원고 신고금액의 순공사비 등 중 확정측량비 344，902，450원을 순공사비에서 제외하여 조사설계비로， 상수도공사비 등 도시간선시설비 22，293，060，000원(상수도공사비 2，095，708 ，000 + 하수도 공사비 12，959，605，000 + 배전시설공사비 7，237，747，000)을 순공사비에서 제외하여 이 중 상ㆍ하수도공사비는 기타경비로， 배전시설공사비는 공공시설 가액으로 각 항목 조정하고， 직원인건비 및 복리후생비 3，516，066，833원，농어촌특별세 4，172，972，042 원，종합토지세 1，244 ，313，695원，용지부대비 1，008，321，793원을 개발비용에서 제외하는 등 합계 156，16，206，960，764원을 감액하여 산정한 합계 340，809，018，842원(순공사비 등 180，942 ，633，610 + 공공시설용 용지가액 159，855，385，232)을 개발비용으로 확인보고하자， 1996. 6. 29. 구 개발이익환수에관한법률 (1993. 6. 11.법률 제4563호로 개정된 것，이하 ‘법’이라고한다)에 의거 별지 제 1목록의 당초 처분액란 기재와 같이， ① 위 택지 1，413，099.8㎡ 중 1，270，053.9 ㎡에 대하여는 최초 1회분 대금 납입일을， 나머지 143，045.9㎡ 에 대하여는 주택건축의 착공신고일을 각 개발부담금 부과종료시점으로 보고서 위 택지의 처분가격인 712，375，128，356원을 부과종료시점지가로 정하였고，② 부과개시시점지가는 원고의 매입토지 1，931，014㎡ 에 대하여 원고가 신고한 매입가격349，564，339，620원을 기준으로 하여 부과개시시점인 1990. 11. 14.자 지가를 309，458 ，258 ，142원으로 산정한 후，이를 위 택지 및 공공시설용 용지 면적 비율로 나누어 산정한 위 택지의 개시시점지가 214 ，834，116，489원으로 정하였으며，③ 정상지가 상승분은 위 개발계획 승인일인 1990. 11.14.부터 피고가 위 택지에 대하여 부과 종료시점으로 정한 위 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공 신고일까지의 각 정상지가 상승기간에 대한 연도별 정상지가상승율을 곱하여 산정한 82，026，040，386 원으로 정하였고， ④ 개발비용은 위 한국산업경영연구소가 확인보고한 위 340，809 ，018，842원으로 정한 다음， 위 부과종료시점지가에서 부과개시시점지가를 공제하고， 이에 다시 개발사업시행기간 중의 정상지가 상승분 및 개발비용을 공제한 74，559，063，939원을 부과기준으로 하여 산정한 개발부담금 18，639，765，980 원(74，559 ，063 ，939 x 50/100 x 50/100 ，국고금단수계산법 제 1조에 의거 10원 미만 버림.이하 같다)을 원고에게 부과ㆍ고지하는 처분을 하였다. 그러자 원고는 그 무렵 고지된 위 개발부담금액을 전액 납부하였다.
다.원고는 이 사건 개발부담금의 부과종료시점을 위 준공인가일로 늦추어 잡아야 하고， 원고가 당초 신고한 개발비용 중 직원인건비 및 복리후생비， 확정측량비，도시간선시설비를 순공사비에 산입하여야 하며， 개발비용에서 제외된 농어촌특별세 등 나머지 비용 및 원고가 공공시설물의 인계와 관련하여 지출한 공공시설지원금2，285，000，000원도 모두 개발비용에 포함시켜 정당한 개발부담금을 재산정하여야 한다며 중앙토지수용위원회에 위 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하자， 같은 위원회는 1997. 4. 8. 다른 주장은 모두 기각하고 다만 원고 주장의 확정측량비를 조사설계비에서 빼서 순공사비에 산입하고 직원인건비 및 복리후생비를 순공사비에 산업하여 개발부담금을 재산정하여야 한다고 하면서 이에 따른 정당한 개발부담금액을 산정하기 곤란하다는 이유로 위 처분 전체를 취소하는 재결(갑2호증의 2)을 하였다.
라.그러자 피고는 1997. 12. 1.위 재결의 취지에 따라 별지 제2목록의 이 사건처분의 인정액란 기재와 같이 위 확정측량비 등을 순공사비에 산입하고 이에 따라 증가된 일반관리비(순공사비의 5%)를 개발비용에 추가로 포함시키고서 별지 제 1목록의 이 사건 처분액란 기재와 같이 산정한 개발이익 70，849，948 ，642원을 부과기준으로 하여 개발부담금 17，712，487，160원을 산정한 다음， 당초 처분에 의하여 부과된 개발부담금 18，639，765 ，980원에서 위 금액을 뺀 나머지 927，278，820원의 환급금 지급통지서(갑3호증의 1)에 위 재결의 취지에 따라 산출한 위 개발부담금액， 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정 내역서(갑3호증의 2)를 첨부하여 원고에게 발송하였고， 이는 같은 달 11.원고에게 송달되었다(아래에서는 1997. 12. 1.자개발부담금 17，712，487，160원의 부과처분을 ‘이사건 처분’이라고 한다).
2. 본안전 항변에 대한 판단
가.제소기간 도과의 항변
(1) 원고가 이 사건 처분의 취소를 구함에 대하여， 피고는 위 중앙토지수용위원회의 재결에 의하여 1996. 6. 26.자 당초 처분 중 일부분만이 취소되었고， 따라서 이 사건 개발부담금 부과처분 관련 항고소송의 대상은 당초 처분 중 위 재결에 의하여 취소되지 아니한 부분이 된다 할 것인데， 원고는 위 재결서 수령일로부터 60일의 제소기간이 경과한 후임이 역수상 명백한 1998. 3. 9.에 이르러서야 이 사건 소를 제기한 것이므로 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 주장한다.
(2) 그러나， 중앙토지수용위원회는 위 당초 처분에 대한 행정심판절차에서 원고의일부 주장만을 인정하면서도 이에 따른 정당한 개발부담금의 재산정이 곤란하다는 이유로 위 당초 처분 전체를 취소하는 재결을 하였음이 명백하고， 위와 같이 재결청의 재결내용이 처분청에 취소를 명하는 것이 아니라 처분청의 처분을 스스로 취소하는 것일 때에는 그 재결에 형성력이 발생하여 당해 행정처분은 별도의 행정처분을 기다릴 것 없이 당연히 취소되어 소멸되는 것이라고 할 것이므로(대법원 1994.4. 12. 선고 93누 1879 판결 등 참조) 당초 처분은 같은 위원회의 재결에 의하여 완전 소멸되어 그 처분일자를 기준으로 제소기간의 준수여부를 가릴 것은 아니라고 할것인바， 이 사건에서 원고는 피고가 1997. 12. 1. 개발부담금 환급금 지급통지를 함과 아울러 새로이 개발부담금을 부과하는 이 사건 처분을 하였다고 보고서 그 처분서의 수령일인 같은 달 11.로부터구 행정소송법 (1994. 7. 27. 법률 제4770 호로 개정되기 전의 것)제20조 제2항 현행 행정소송법 부칙 제4조 소정의 제소기간인 180일 이내임이 역수상 명백한 1998. 3. 9. 위 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였음이 기록상 분명하므로 이 사건 소는 제소기간 내에 제기된 것으로서 적법하다 할 것이다. 피고의 위 항변은 이유 없다.
나.처분의 부존재 항변
(1)피고는， 1997. 12. 1.자통지는 단순한 개발부담금 과오납금 환급통지에 불과할뿐 이로써 새로이 개발부담금 부과처분을 한 것으로는 볼 수 없으므로 결국 항고소송의 대상이 되는 처분이 존재한다고 볼 수 없어 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 항변한다.
(2) 법 제 15조 제 1항，구 개발이익환수에관한법률시행령 (1993. 8. 12. 대통령령 제13956호로 개정된 것 이하 ‘시행령’이라고한다) 제 16조에 의하면 건설교통부장관은 이 법에 의하여 개발부담금을 부과결정한 때에는 납부의무자에게 납부금액 및 그 산출근거 ..납부기한과 납부장소를 명시한 납부고지서를 발부하여야 한다고 규정하고 있는바， 이는 처분청으로 하여금 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 처분을 행하게 함으로써 조세행정의 공정성을 기함과 동시에 납세의무자에게 부과처분의내용을 상세히 알려서 불복여부의 결정 및 그 불복신청에 편의를 주려는 데 그 근본취지가 있다 할 것이다. 그러나 이 사건에서 원고가 최초 개발부담금을 부과한1996. 6. 26.자 당초 처분에 대하여 위 개발부담금액을 전액 납부하는 한편， 이에 대한 행정심판을 제기하여 중앙토지수용위원회에서 위 처분을 전부 취소한다는 재결을 받았고， 이에 따라 피고는 위 재결의 취지에 따른 정당한 개발부담금을 재산정하여 당초 처분상의 개발부담금액에서 위 금액을 뺀 나머지 금액의 환급통지를 하면서， 위 재산정 개발부담금액， 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정 내역서를 첨부하였던 것인바， 피고가 비록 납부고지서를 발부한 것은 아니라고 하더라도， 위 개발부담금 재산정 내역서에는 납부고지서에 기재될 내용이 빠짐 없이 들어가 있는 점(원고가 이미 당초 개발부담금액을 전액 납부한 이상 납부고지서의 기재사항 중 징수고지에 관련한 납부기한， 납부장소 등은 불필요한 사항에 불과하다)，원고는 당초 처분에 의하여 개발부담금 산정 내역을 자세히 알고 있었고 이에 대하여 행정심판을 제기하였을 뿐만 아니라， 1997. 12. 1.자개발부담금 재산정 내역서를받아 봄으로써 위 재결의 취지에 따른 개발부담금 재산정 내역을 확인할 수 있어 위 재산정 내역서에 의한 통지가 부과행정의 공정성을 해치거나 납부의무자에게 불이익을 주는 것으로 볼 수도 없는 점，그 밖에 당초 처분의 경위 및 취지， 위 재결의 취지， 1997. 12. 1.자통지의 경위 및 그 내용 등에 비추어 피고는 위 통지로써 과오납된 개발부담금 927 ，278 ，820원의 환급통지를 함과 아울러， 나머지 개발부담금 17，712 ，487，160원에 관한 이 사건 부과처분을 하였다고 봄이 상당하다 하겠다(대법원 1997. 4. 11. 선 고 96누 19352，1997. 8. 22. 선 고 96누5285，1998. 2. 27. 선 고 97누18479 판결등 참조).따라서 피고의 위 항변도 이유 없다.
다.전치절차 불이행 항변
피고는， 이 사건 소는구 행정소송법 제 18조 제 1항에 따라 행정심판을 거치지 아니한 채 제기된 것으로서 부적법하여 각하되어야 한다고 항변하나， 원고는 당초 처분에 대하여 행정심판을 제기하여 이에 대한 재결을 거친 바 있고， 위 재결에서 이미 기각된 사유를 내세우며 당초 처분에 금액만이 감축된 이 사건 처분의 취소를 구하고 있음이 기록상 분명하므로， 이 사건 소는같은법 제 18조 제3항 제 1호소정의 동종 사건에 대하여 이미 행정심판의 기각재결이 있을 때에 해당하여， 원고로서는 다시 이에 대하여는 행정심판절차를 거침이 없이 바로 취소소송을 제기할 수 있다 할 것이니 피고의 위 항변도 이유 없다.
3. 처분의 적법 여부
가.부과종료시점에 대하여
(1)원고의 주장
원고는 이 사건 처분에 대하여， 먼저 피고가 이 사건 택지 중 준공인가 전에 주택 건설업자들에게 분양되거나 이들에 의해 주택건축이 시작된 토지에 대하여 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외규정인 법 제9조 제3항 제2호， 시행령 제8조 제 1항 제 1호 제2항 제1.2호를 적용하여 부과종료시점을 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일로 하여 부과기간 동안의 정상지가 상승분을 82，026，040，386원으로 계산하고 이에 터잡아 이 사건 처분의 개발부담금액을 산정하였던바， ① 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외조항인 시행령 제8조 제 1항이 적용되려면， 그 전제로서 당해 사업지구 내 토지에 대한 절토， 성토 등 부지정지공사 뿐만 아니라 도로ㆍ상하수도ㆍ전기시설 등 기간시설공사 등이 마쳐짐으로써 더 이상의 가공공정이 필요치 않고 택지사용에 어떠한 물리적 제한이 없을 정도로 개발부담금 부과대상사업의 개발이 사실상 완료되어야 하는데， 이른바 합동택지개발방식에 의한 이 사건 개발사업의 경우，원고는 아직 개발이 완료되지 않은 시점에서 주택건설사업자들에게 분양택지를 선분양하고 이들에 의하여 택지개발과 동시에 주택건설이 이루어진 것이므로， 위 선분양에 의하여 대금의 일부가 지급되었다거나 건축공사를 위한 착공신고서가 제출되었다는 사실만으로는 사실상 택지로서의 개발이 완료되었다고 할 수 없어 위 예외조항이 적용된다고 할 수는 없고， 법 제9조 제3항 본문의 원칙규정으로 돌아가 위 택지개발사업의 준공인가일을 부과종료시점을 보아야 하며，② 다음 장기할부조건부 매매에 있어 양도의 시기를 정한구 소득세법시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제 13456 호로 개정되기 전의 것) 제53 조 제2항에 의하면 양도의 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 양도일로 보아야 하므로 원고가 주택건설사업자들과 선수협약을 체결하고 이에 따라 택지를 가분할하여 주택건설사업자들에게 선분양한 뒤 준공인가를 받은 후에 실제 분양면적을 확정하여 그 증감에 따른 대금정산을 하였던 이상위 선분양 택지의 양도일은 첫회 부불금의 지급일이 아닌 각 필지별 분양택지의 권리범위가 확정된 준공인가일이라고 보아야 하고，③ 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고는 위 택지개발사업을 시행함에 있어 사업지구를 공사시행의 최소 단위인 공구별로 나누어 시행하였으므로， 피고는 위 각 공구별로 사실상 택지로서 개발이 완료된 시점을 구분하여 각각의 실제 준공일을 정하고 그에 따라 부과종료시점을 정하여야 함에도 불구하고， 임의로 위 부과종료시점에 관한 예외조항을 적용하여 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일을 부과종료시점으로 정하여 정상지가 상승분을 산정하였으니 이 사건 처분은 위법하며 나아가 종료시점지가에서 공제되어야 할 정당한 정상지가 상승분은 위 개발계획 승인일인 1990. 11.14.부터 위 준공인가 일인 1995. 12. 3 1.까지의기간에 대한 148，125，621，138원이 되어야 한다고 주장한다.
(2) 인정되는 사실
갑4，5，6호증， 갑7호증의 1 내지 6，갑 15，16，17호증의 각 1，2，3，갑26호증의 1내지 16，갑27호증의 1 내지 15，갑28호증의 1 내지 15，을4호증， 을7호증의 1，2，3，을8호증， 을9호증의 1 내지 11，을 10호증의 1 내지 7의 각 기재 또는 영상， 증인 이영제， 조동창의 각 일부 증언에 변론의 전취지를 모아보면 아래 각 사실이 인정된다.
(가)원고는 앞서 본 바와 같이 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받아 그 개발사업을 시행하는 한편， 원고의 용지규정(갑5호증) 제26조의 2，택지합동개발시행지침(갑 4호증) 제8조에 의거 택지의 공급과 수요를 연계하여 사업시행 초기에 택지의 수요자인 공공기관 또는 주택건설사업자를 참여시킴으로써 택지개발과 주택건설을 동시에 추진하는 택지개발방식인 이른바 ‘합동개발방식’을 채택함으로써 택지조성사업이 완료되는 경우 이에 대한 준공인가를 받기 전이라도 위 택지를 주택건설사업자들에게 선공급하기로 하고， (주)신안등주택건설사업자들과의 사이에 미리 용지매도를 위한 선수협약(갑 15，16，17호증의 각 1)을체결하여 일부 선수금을 수령하기도 하였다.
(나)그후 원고는 위 선수협약에 의하여 위 준공인가일 전인 1990. 11.16.경부터 주택건설사업자들에게 미리 개발택지 중 고양시 지도읍 화정리 851 외 597 필지 1，270 ，053.9㎡ 의 택지를 분양하면서， 그 대금을 택지개발촉진법 제 18조，한국토지개발공사법 제 18조에 따라 건설부장관의 공급가격결정 승인 및 토지처분심의위원회의 심의를 거쳐 택지조성이 완료된 것을 전제로 평가한 각 용지별 가격으로 하되， 주택사업자들로부터 지급받은 선수금을 분양대금으로 대체하고 나머지 잔대금은 3회 이상 분할하거나 1년 이상의 기간을 두고 이를 지급받기로 약정하였다. 또 일부 주택건설업자들은 1989. 12.경부터 위 준공인가일까지 사이에 위 개발택지 중 같은 리849 외 78필지 143，045.9㎡ 의 택지에 관하여 건축허가를 받아 건축착공신고서를 제출하고 주택신축공사에 착수하였다.
(다)피고는 이 사건 개발부담금을 산정함에 있어， 앞서 본 바와 같이 부과종료시점을 준공인가 전에 분양된 위 1，270 ，053.9㎡ 의 택지에 대하여는 최초 1회분 대금 납입일， 주택신축공사가 개시된 위 143，045.9 ㎡의 택지에 대하여는 건축착공신고일로 보고 그때까지의 정상지가 상승분을 산정하였다.
(라)그런데， 원고와 주택건설사업자간에 체결된 공급주택지공급협약서， 용지매매 계약서(갑7호증의 1 내지 6，갑 15，16，17호증의 각 2，3)의 각 기재에 의하면， 사업시행자인 원고는 부지정지를 위한 토공사， 이에 필요한 표면배수 처리시설， 간선배수로， 법면 등 기본적인 시설의 설치공사인 용지의 조성공사를 담당하고， 분양대상자는 분양토지와 접한 도로 부대시설인 대지경계석 가로수분 보도블록 둥을 시공할수 있도록 되어 있으며 또 원고가 합동개발방식에 따라 주택건설사업자에게 공급하는 토지의 대금은 계약금 납부 후 몇 차레 중도금을 납부하고 그 잔대금은 당해 토지의 사용가능시기에 납부하여야 하는바 이때 당해 토지의 사용가능시기라 함은 해당 필지에 대한 용지 취득 및 공사진척상황으로 보아 건축공사착공이 가능하다고 원고가 정하는 시기를 말하고， 사용가능시기가 정해진 대금납부기일보다 먼저 도래하는 경우에는 주택건설사업자는 즉시 착공에 들어가며 미납 잔대금 전액을 지급하고， 잔대금 미지급시에는 이에 대한 이자를 지급하여야 하는 것으로 되어 있으며，준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 규정되어 있다.
(마)한편， 원고는 주택건축사업자들에 대한 건축허가에 앞서 피고와 사전협의를 하는 과정에서 담당 공무원과 함께 일일이 현장을 방문하여 건축허가 신청대상 부지에 실제 건축이 가능한지 여부를 확인한 뒤 건축허가에 동의한 바 있다.또한 이 사건 택지에 관하여는 이미 위 사업지구 내에서 아파트건축공사를 시행하던 주택건설사업자들이 1993. 10경부터 같은 해 11.경까지사이에 위 공사의 상당 부분을 완성하여 피고에게 중간검사를 신청하였을 뿐만 아니라(을9호증의 1 내지 11，을 10호증의 1 내지 7)，1992. 8.경에는 위 사업지구 내 일부 아파트에 대한 입주가 시작되기도 하였고， 더욱이 1993. 2. 24.경 이 사건 개발택지 일대의 항공사진 촬영결과， 근린공원， 녹지 부분을 제외한 대부분의 사업지구 내 택지에 이미 아파트건축이 상당부분 진행되었음이 확인된 바 있다(을8호증).
(3) 판단
살피건대， ① 법 제9조 제3항 제2호， 시행령 제8조 제 1항 제 1호， 제2항 제 1，2호 및 위 구 소득세법 시행령 제 53조 제 1항 제3호는 원칙적으로 관계 법령에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 개발사업의 준공인가 등을 받은 날을 부과종료시점으로 하되， 납부의무자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양둥 처분하는 경우로서 사실상 개발이 완료된 토지를 장기할부조건으로 타인에게 양도한 때에는 최초 1회 부불금의 지급일 건축물을 건축하는 때에는 그 착공신고일을 부과종료시점으로 하고 있는바 위 인정사실에 의하면 비록 원고가 합동개발방식에 의하여 위 택지개발사업을 시행함에 따라 주택건설사업자들과 사이에 용지매도를위한 선수협약을 체결하여 미리 일부 선수금을 수령한 바 있기는 하지만， 그 후 원고에 의하여 기본적인 용지의 조성공사가 시행되고 일부 부수적인 공사만이 주택건설사업자들의 몫으로 남겨진 상태에서 해당 택지에 관하여 정식으로 장기할부조건으로 된 택지분양계약이 체결되거나 일부 택지에 관하여 실제 실수요자인 주택건설 사업자들에 의하여 건축이 시작된 이상 각 그 분양 또는 공사착공 당시에 이미 택지조성에 필요한 공사가 마무리되었다고 봄이 상당할 뿐더러， 실제 위 준공인가일 훨씬 이전부터 사업지구 내에서는 상당한 정도의 택지에 대하여 주택건축에 아무런 문제가 없음이 확인되어 주택건축허가가 있었고， 그 공사시행에 따라 아파트 입주자들의 입주가 시작되기도 한 점 등에 비추어 보면 준공 전에 분양 또는 공사착공된 위 개발택지들은 이미 각 그 당시에 사실상 개발이 완료되었다고 보여지고， 이와 같이 전체사업의 준공인가일 전에 분양되거나 건축에 착수한 사실상 개발이 완료된 토지에 대하여는 그후에 토지가격이 상승하더라도 분양 등을 마친 원고에게 그 가격상승으로 인한 이익이 귀속되지 않는 점을 고려하여 볼 때 피고가 이들 토지에 대한 부과종료시점을 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일로 보아서 각 토지별로 정상지가상승분을 산정한 것은 적법하다고 하겠으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없고，② 다음 원고가 주택건설사업자들에게 개발택지를 분양하면서 준공인가 후에 기존 분양면적의 증감에 따른 대금 정산을 마치기로 약정한 것은 사실이나，나아가 위 분양택지에 대하여 실제 준공 후 정산이 이루어졌음을 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없을 뿐만 아니라， 그 정산이 준공 후 당초 분양계약의 동질성을 해할 정도에 이른다고 보기 어려워 위 택지의 분양은 구 소득세법 시행령 제53조 제2항이 규정하는 완성 또는 확정되지 아니한 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없으므로 위개발택지의 분양에 관하여 위 규정이 적용됨을 전제로 한 원고의 주장 역시 받아들일 수 없으며，③ 또한 앞서 인정한 바와 같이 준공인가 전에 미리 분양 또는 착공된 위 택지들이 사실상 개발이 완료된 상태였다고 보는 이상 그 택지가 속한 공구의 공사완료 여부는 부과종료시점을 정함에 있어 아무런 영향을 미칠 수 없는 것이므로 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
나.개발비용 산정에 대하여
(1)원고의 주장
원고는， ① 이 사건 개발부담금의 산정에 있어 개발비용 중 기타경비 등으로 처리된 상수도공사비 2，095，708，000원， 하수도공사비 12，959，605，000원， 배전시설공사비 7，237，747，000원 등 도시간선시설비 합계 22，293，060，000원은 이 사건 택지개발지구 자체의 존립을 위한 간선시설비용으로서，② 개발비용에서 제외된 같은 농어촌특별세 3，903，712，074원은 특별부가세 감면과 관련된 제세공과금으로서，③ 같은 종합토지세 1，244，313，695원은 위 택지개발과 관련하여 당해 개발토지에 대하여 납부한 제세공과금으로서，④ 같은 용지부대비 1，008，321，793원은 개발사업에 공하여지는 토지를 매입하거나 개발사업구역안의 건물， 입목 등을 철거 이전하는 과정에서 필요불가결하게 지출된 각종 공과금， 등기소송비 등으로서 각 이 사건 택지개발사업의 순공사비에 산입되어야 하고，⑤ 같은 공공시설지원금 2，285，000，000원은 위 사업지구 내의 공공시설물의 인계와 관련하여 시설물 유지관리비 도로유지관리 관련 장비구입비 등으로 집행된 것으로서 법시행령 제 10조 제 1항 제5호 소정의 기타경비에 산입되어야 하며， 만약 같은 규정이 위와 같은 공공시설지원금을 기타경비에서 배제하는 취지라면 이는 모법의 위임취지에 위배되는 것으로 무효로 보아야 할 것이고，..
앞서 본 각종 지출비용이 순공사비에 산업됨에 따라 함께 증액된 일반관리비 1，442，390，128원을 개발비용에 포함시켜 개발부담금을 재산정하여야 한다고 주장한다.
(2) 판단
(가)관계 법령 및 개발비용의 판단기준
개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제4목록 기재와 같은바， 그 법 제2조 제 1호，제8조에 의하면， 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가 상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하며， 그 산식은 (부과종료시점의 지가) - (부과개시시점의 지가 + 정상지가 상승분 + 개발비용)이다. 따라서 개발비용은 사업개시시점의 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.
(나)도시간선시설비
갑 11，12호증의 각 1 내지 7，갑 13호증의 1 내지 12의 각 기재에 의하면， 원고는 위 택지개발사업을 시행하면서 상수도공사비 2，095，708，000원， 하수도공사비 12，959，605，000원， 배전시설공사비 7，237，747，000원 등 도시간선시설비 22，293 ，060，000원을 지출한 사실이 인정되고， 피고는 이 중 상 ..하수도공사비를 기타경비에， 배전시설공사비를 공공시설 가액에 포함시켜 개발부담금을 산정하였음은 앞서 본 바인바，수도권정비계획법 제2조 제4호，제 19조 제2항，제20조，같은법시행령 제25조 제 1항， 택지개발촉진법 등 관계 법령에 의하면 원고가 시행한 대규모 택지개발사업의 경우에는 당해 사업지구의 용수공급시설 기타 광역적 정비가 필요한 시설 등 도시간선시설의 설치가 의무화되어 있고 사업시행자에게 그 설치비용을 부담시킬 수 있을 뿐만 아니라， 원고의 택지개발사업은 당초부터 정부의 200 만호 주택건설 목표에 부응한 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로 시행된 것이어서 단순히 개개의 토지에 대한 부지조성사업에 그치는 것이라기보다는 대단위의 신도시 건설과 관련된 기반조성사업에 해당한다고 보아야 하므로 사업지구 내에 공공시설인 도시간선시설의 확충을 위한 위 각 공사 역시 위 택지개발사업의 범위에 포함시켜야 한다는 점，원고의 회계규정시행세칙(갑 8호증) 제7조 별표 제 1호 소정의 조성사업원가를 구성하는 조성비에 위 도시간선시설비 항목이 포함되어 있는 점 등에 비추어 보면 이는 당해 개발사업 자체를 위하여 지출한 재료비 또는 경비로서 순공사비에 해당한다고 봄이 상당하다.
(다)농어촌특별세
원고는 정부투자기관으로서 조세감면규제법에 의거 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 법인세 특별부가세의 50% 가 감면됨에 따라，농어촌특별세법 제5조 제 1항에 의거 위 감면세액의 20% 에 해당하는 농어촌특별세 3，903，712，074원이 부과ㆍ고지되어 이를 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바， 비록 위 농어촌특별세가 특별부가세와는 그 부과목적을 달리하고 특별부가세의 경우와 같이 개발비용에 계상하도록 한 명문의 규정이 없기는 하나 위 농어촌특별세는 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 특별부가세의 일부 감면에 따라 그 감면세액을 과세표준으로 하여 부과되는 것이어서 위 택지분양과 직접적인 관련이 있는 점，위 특별부가세는법 제 11조 제 1항 제 1호，제 12조소정의 제세공과금으로서 순공사비로 인정되는 점，만약 위 특별부가세가 면제되지 아니하는 경우 부과된 특별부가세 전체를 순공사비로 인정받을 수 있는 반면， 위 특별부가세가 변제되는 경우에 부과되는 농어촌특별세를 순공사비로 인정받지 못한다면 그 형평에 어긋나는 점 등에 비추어 위 농어촌특별세는 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 제세공과금으로서 순공사비에 산입시킴이 옳다 할 것이다.
(라)종합토지세
원고가 위 개발토지에 대하여 부과된 종합토지세 1.2 44.313.695 원을 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나， 이는 토지의 보유에 대하여 부과하는 재산세의 일종으로서， 개발비용에의 산입이 허용되지 아니하는 개발토지 매입에 따른 취득세， 등록세， 등록비용 등과 마찬가지로 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용이라 볼 수 없으므로 이를 순공사비나 기타 경비에 포함시킬 수 없다 하겠다.
(마)용지부대비
1)인정사실
당사자 사이에 다툼이 없거나， 갑8호증， 갑 19 내지 24호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
① 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정시행세칙， 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고， 정부투자기관관리기본법 둥 앞서 본 관계 법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.
② 원고의 회계규정시행세칙 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.
제7조 [계정과목] 규정 제 14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로분류하며 별표 제 1호와 같다.
별표 제 1호 제5절 제조원가명세서 과목 중 가.조성사업
9100000 관 조성사업원가
9110000 항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)
9110100 목 순용지비(토지취득비)
9110200 목 보상비(지장물보상비， 손실보상비용 등)
9110300 목 용지부대비(법정부대비， 업무추진비 및 소모성부대비)
9110400 목 종합토지세
9120000 항 조성 비
9120100 목 도급공사비 :부지조성공사비， 지급자재비， 가로등공사비，전기공사비， 가스공사비， 조경공사비， 시설부담금， 기타...
9120200 목 조성조사설계비
9120300 목 조성교육훈련비 (IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)
9120400 목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)
9120500 목 확정측량비
9120600 목 조성부대비(법정부대비， 업무추진비 및 소모성부대비)
제 101 조
예산편성 방법
① 예산관리자는 정부투자기관관리기본법 제21 조의 규정에 의거 경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작
성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.
제129 조
원가의 구성요소와 구분
①원가의 구성요소는 직접비와 간접비로 구분한다.② 직접비는 용지비， 조성비， 재개발보상비， 건축비로 한다.
③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비，동ㆍ하계단련비， 학자금， 복지보험료 등)로 한다.
③ 원고는 1996 년 실행예산편성지침에서 부대비 과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.
(a) 법정부대비
○ 지급수수료 :감정평가수수료， 측량수수료， 법무사수수료， 기타 지급수수료， 용역수수료
○ 지급임차료 :사무실 임차료(사업단，사업소의 임대료 및 관리비)
○ 광고선전비 :신문광고료(취득ㆍ개발의 법정 공고 또는 불가피한 신문공고료)
○ 등기소송비 :등기수수료， 소송비용
○ 세금과 공과 :원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성
(b) 소모성부대비 :일용잡급비， 여비교통비(시내외 출장비， 현장체재비， 교통보조비)，통신비(사업소 비용 및 지사 공통비용)，전력수도료， 연료유지비， 소모품비， 피복비， 도서인쇄비， 지급임차료， 수선유지비， 차량비， 보험료， 지급수수료， 운반 및 보관료， 광고선전비，등기소송비，협회비，협력비，잡비
(c) 업무추진비 :기획조정실에서 당해 사업을 원활하게 추진하기 위하여 필요 불가결한 금액을 사업면적， 지구수， 인원，공구수 등을 감안하여 일괄 편성
④ 원고는 이 사건 개발사업 기간을 전후하여 용지의 취득 또는 개발사업구역의 건물， 입목의 철거， 이전 둥 관리 등과 관련된 부대비용으로 합계 1，008 ，321 ，793 원을 지출하였는바， 위 용지부대비의 항목별， 연도별 지출내역은 별지 제3목록 기재와 같고， 용지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하여 증가하고있다.
2) 판단
살피건대， 원고의 회계규정시행세칙 등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것이 아니므로 원고의 회계규정시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용 항목이 외견상 순공사비 등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일ㆍ유사하다고 하더라도， 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연 법 제 11조가 정하는 ‘개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용’인가 여부에 따라 판단하여야 할 것인바， 위 인정사실에 의하면 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수는 없고， 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료， 광고선전비， 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 전체 용지부대비의 약 60% 에 이르고， 이 사건 택지개발사업과 병행하여 사업지구 내 토지를 취득하기 위한 순용지비가 계속하여 지출되었으며 그에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 용지부대비는 그것이 순공사비 중 경비에 해당한다기보다는，오히려 단순한 토지취득 및 관리를 위한 부수비용으로 보일 뿐이므로 위 용지부대비는 원고의 회계규정시행세칙 등의 비용항목과 명칭 또는 용도에도 불구하고 개발비용에 포함될 수 없는 것이라 하겠다(대법원 1995. 2. 14. 선고 94누 13039 판결참조).
(바)공공시설지원금
갑 14호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하면， 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 공공시설물의 인계와 관련하여， 피고와의 협의하에 시설물 유지관리비， 도로유지관리 관련 장비구입비 등 공공시설지원금으로 2，285，000，000원을 지출한 사실이 인정되나， 이는 어디까지나 원고 임의로 위 비용을 부담하기로 한 데 따른 시혜적 차원의 지출로서 법 제 11조 제 1항 제2호 시행령 제 10조 제5호 소정의 법령의 규정이나 개발사업의 인가의 조건 등에 의하여 국가 등에 납부한 부담금의 일종으로 볼 수 없고， 위와 같은 해석한다 하여 위 시행령 규정을 상위법의 위임취지에 반하는 것이라고도 할 수 없으므로 원고가 지출한 위 공공시설지원금을 개발비용에 산입할 수 없다.
(사)일반관리비
시행령 제 10조 제2항， 예산회계법시행령 제78조에 의하면， 개발비용에 포함되는일반관리비는 일률적으로 순공사비에 5/100를 곱하여 산정하도록 규정되어 있으므로，앞서 본 바와 같이 원고가 지출한 도시간선시설비 및 농어촌특별세를 순공사비로 항목 조정 내지 산입하게 되면， 일반관리비는 별지 제2목록의 정당한 개발비용란중 일반관리비 항목 기재와 같이 1，309，838，604원이 증액된 2，982，755，506원이 된다.
(아)정 당한 개 발부담금
더 나아가 기타경비 등으로 처리되었던 도시간선시설비를 순공사비로 항목 조정하고， 개발비용에서 제외되었던 농어촌특별세를 순공사비에 산입하며， 위 일반관리비 증액분을 계산에 넣어 정당한 개발비용을 산정하면， 별지 제2목록의 정당한 개발비용란 기재와 같이 349，878，573，517원이 되고 이에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 개발부담금액을 산정하면 별지 제 1목록의 정당한 부담금액란 기재와 같이 16，309，099，490원 이 된다 할 것 이다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로 위 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
2000. 7. 14.