벤처기업 요건을 갖추고 신용보증기금으로부터 보증서는 받았으나 벤처기업확인서를 발급받기 전 취득한 부동산이 감면대상에 해당하는지 여부

벤처기업의 경우에는 기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관 등의 장으로부터 벤처기업으로 확인받은 이후 비로소 취득한 부동산에 대하여만 그 취득세를 경감하도록 해석하는 것이 조세엄격해석주의의 법리에 부합함

1심

취득세

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.


1.처분의 경위

가.원고는2018. 5. 17.충북 진천군 이월면 중산리594-5공장용지11,416㎡등14개의 부동산(이하‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여2018. 4. 13.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마친 후,같은 날 피고에게 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 일부 개정되기 전의 것,이하 같다)제58조의3제1항 제1호를 근거로 이 사건 부동산에 관한 취득세 감면 신청을 하였다.
나.원고는2018. 6. 1.기술보증기금으로부터 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따른‘벤처기업확인서’를 발급 받았다.
다.그 후 원고는 스스로 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제1호의 감면사유에 해당하지 않는다는 사실을 알게 되었고,이에 따라2018. 6. 18.피고에게 취득세 감면 근거를 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호로 변경하는 내용의‘취득세 감면 근거 변경 및 감면 확인 신청서’를 제출하였다.
라.그러나 피고는 원고가 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호의 감면사유에 해당하지 않음을 전제로, 2018. 8. 7.원고에 대하여 취득세108,000,000원,지방교육세10,800,000원,농어촌특별세5,400,000원을 부과(이하‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
마.원고는 이에 불복하여2018. 8. 31.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2019. 1. 23.위 청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4, 7호증,을 제1호증의 각 기재,이 법원의 기술보증기금에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가.원고의 주장

1)원고는 이 사건 부동산 취득 당시 이미 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호,같은 법 시행령 제29조의2제3항에서 정한 취득세 감면사유로서의 벤처기업 요건을 모두 충족한 상태였고,다만 구 지방세특례제한법 제25조에 따른 벤처기업 확인만을 이 사건 부동산 취득 이후인2018. 6. 1.받았을 뿐이다.
2)위와 같은 이 사건의 특수한 사실관계에,벤처기업 육성을 위하여 그에 대한 취득세 등의 감면 특례를 규정한 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제14조의 입법취지와 예비벤처기업확인을 받은 기업이 벤처기업확인을 받기 전에 취득한 부동산에 대하여도 취득세 등을 감면해야 한다고 판시한대법원2011. 12. 22.선고2009두14040판결의 법리를 종합적으로 고려하면,구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호가 취득세 감면 시기에 관하여‘벤처기업으로 확인받은 날로부터4년 간‘이라고 규정하고 있다고 하더라도,부동산 취득 당시 이미 벤처기업으로서의 요건을 모두 갖추었으나 위 확인만 받지 않은 상태였던 원고에 대하여도 취득세 등이 경감되어야 한다.
3)따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
나.관계법령

별지 기재와 같다.
다.이 사건 처분의 적법(適法)

1)관련법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원2008. 2. 14.선고2007두21242판결참조).
2)판단

위 법리를 바탕으로 보건대,앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면,원고의 이 사건 부동산 취득은 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호에서 정한 취득세 등의 경감 대상에 해당한다고 볼 수 없다.
가)구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호는‘벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 벤처기업으로 최초 확인받은 날로부터4년간 취득세의100분의75를 경감한다’고 규정하고 있는바,이는 벤처기업 창업을 촉진하기 위하여 벤처기업이 사업용으로 취득하는 부동산에 대한 취득세를 대폭 경감하는 것을 내용으로 한‘명백한 특혜규정’에 해당한다.
한편 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항은‘중소기업’과‘벤처기업’을 명확히 구분하여,전자의 경우에는‘창업일로부터4년간’,후자의 경우에는‘기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관 등의 장으로부터 벤처기업으로 확인받은 날로부터4년간’취득세를 경감하도록 규정하고 있다.
위와 같은 구 지방세특례제한법 제58조의3의 문언 내용과 규정 형식 등에 비추어 보면,벤처기업의 경우에는 기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관 등의 장으로부터 벤처기업으로 확인받은 이후 비로소 취득한 부동산에 대하여만 그 취득세를 경감하도록 해석하는 것이 조세엄격해석주의의 법리에 부합한다.
나)그런데 정리한 바와 같이 원고는 기술보증기금으로부터 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따른 벤처기업 확인을 받기 전인2018. 5. 17.이 사건 부동산을 취득하였으므로,원고의 이 사건 부동산 취득행위는 구 지방세특례제한법 제58조의3제1항 제2호에서 정한 감면 요건을 충족하였다고 볼 수 없다.
다)한편 정리한 바와 같이 원고는 예비벤처기업확인을 받은 기업이 벤처기업확인을 받기 전에 취득한 부동산에 대하여도 취득세 등을 감면해야 한다고 판시한대법원2011. 12. 22.선고2009두14040판결의 법리를 근거로,원고가 벤처기업 확인을 받기 전에 취득한 이 사건 부동산에 대해서도 취득세 등을 경감하여야 한다고 주장하나,위 사건은 기술보증기금 등으로부터 사전에 예비벤처기업확인을 받은 기업이 벤처기업확인을 받기 전에 사업용 부동산을 취득하였다면 벤처기업확인을 받은 다음 부동산을 취득한 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없다고 보아 그 취득세를 감면하여야 한다고 판단한 것이다.즉,기술보증기금 등으로부터 예비벤처기업확인을 받은 기업은 최소한 벤처기업으로서의 요건 중 일부를 충족하였다는 점에 관하여 공적인 확인절차를 거친 것이므로,이와 같은 확인절차를 거치지 아니한 채 벤처기업으로서의 요건만 충족한 이 사건과는 그 사안을 달리하여 위 판결의 법리가 이 사건에도 적용된다고 볼 수는 없다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계법령

■구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 일부 개정되기 전의 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)

① 「중소기업창업 지원법」제2조제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서"창업일"이라 한다)부터4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75에 상당하는 세액을 경감한다.이 경우 제2호의 경우에는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서"확인일"이라 한다)부터4년간 경감한다.
1. 2020년12월31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서"창업중소기업"이라 한다)

2. 2020년12월31일까지「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서"창업벤처중소기업"이라 한다)

⑨제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 감면을 적용받으려는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 감면신청서를 관할 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.
■지방세특례제한법 시행령

제29조의2(창업중소기업 등의 범위)

③법 제58조의3제1항제2호에서"대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.
1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)

2.연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서「조세특례제한법 시행령」별표6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의100분의5(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이100분의5이상을 유지하는 경우로 한정한다)이상인 중소기업

■벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조(정의)

①"벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.
제2조의2(벤처기업의 요건)

①벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1.「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하"중소기업"이라 한다)일 것

2.다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가.다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서"투자금액의 합계"라 한다)및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

(1)「중소기업창업 지원법」제2조제4호에 따른 중소기업창업투자회사(이하"중소기업창업투자회사"라 한다)

(2)「중소기업창업 지원법」제2조제5호에 따른 중소기업창업투자조합(이하"중소기업창업투자조합"이라 한다)

(3)「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하"신기술사업금융업자"라 한다)

(4)「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하"신기술사업투자조합"이라 한다)

(5)제4조의3에 따른 한국벤처투자조합

(6)제4조의9에 따른 전담회사

(7)중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 금융기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

(8)투자실적,경력,자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

나.기업(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고,대통령령으로 정하는 기관으로부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업

다.다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는(3)의 요건만 적용한다]

(1)「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금(이하"기술보증기금"이라 한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나,「중소기업진흥에 관한 법률」제68조에 따른 중소벤처기업진흥공단(이하"중소벤처기업진흥공단"이라 한다)등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

제14조(조세에 대한 특례)

①국가나 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여「조세특례제한법」,「지방세특례제한법」,그 밖의 관계 법률로 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록면허세 등을 감면할 수 있다.
제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인)

①벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하"벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.
②벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다.이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.
④제1항과 제2항에 따른 확인 절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.