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행정규칙

식품의약품안전처 소관 국고보조금 관리규정

행정규칙종류 훈령시행일자 2026.06.02발령일자 2026.05.27제개정구분명 일부개정소관부처명 식품의약품안전처담당부서 식품의약품안전처(기획재정담당관)

식품의약품안전처 소관 국고보조금 관리규정은(는) 식품의약품안전처 행정규칙입니다. 시행·발령일은 2026.06.02입니다. 아래에서 식품의약품안전처 소관 국고보조금 관리규정의 본문과 별표·서식, 관련 법령 정보를 확인할 수 있습니다.

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조문54개 조·항

제1장 총칙

제1조(목적) 이 규정은 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 ‘보조금법’이라 한다) 및 「보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 ‘보조금법 시행령’이라 한다)과 「국고보조금 통합관리지침」(이하 ‘보조금 통합지침’이라 한다)에 따라 식품의약품안전처 소관 보조사업자 선정, 국고보조금 집행, 사후관리 등에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 보조사업을 원활하게 수행하여 보조금의 중복ㆍ부정 수급을 방지하고 보조금 관리의 효율성ㆍ투명성ㆍ책임성을 높이는 것을 목적으로 한다.

제2조(적용범위) ① 이 지침은 「보조금법」에 따른 보조금과 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다. ② 제1항에 따른 보조금 중 정당보조금, 국제기구 지원, 해외 긴급구호, 개도국 개발을 위한 국제협력 지원, 남북협력 등 이 지침의 적용이 어려운 경우에는 다른 법령 등에서 별도로 정하는 바를 우선하여 적용할 수 있다. ③ 이 규정에서 정하지 않은 사항은 「보조금법」, 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 등 다른 법령 및 「보조금 통합지침」에서 정하는 바에 따른다.

제3조(정의) ① 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. ‘보조금’, ‘보조사업’, ‘보조사업자’, ‘간접보조금’, ‘간접보조사업’, ‘간접보조사업자’, ‘보조금수령자’는 「보조금법」 제2조의 정의에 따른다.2. ‘상위보조사업자’란 간접보조사업자에게 보조사업 목적에 따른 보조금을 교부해주는 보조사업자 또는 간접보조사업자를 말한다.3. ‘내역사업’이란 세부사업의 하위단위로서 「보조금법」 제12조에 따른 예산의 통지, 보조금의 교부신청, 집행, 정산 등 보조사업을 실제 수행하는 단위를 말한다.4. ‘총괄부서의 장’이란 보조금 예산의 편성 및 집행 등을 총괄하는 부서장으로 기획재정담당관을 말하며, ‘주관부서의 장’은 해당 보조사업을 담당하는 부서장을 말한다.5. ‘총괄부서등의 장’은 총괄부서의 장과 주관부서의 장을 말한다.6. ‘국고보조금통합관리시스템(이하 ‘보조금시스템’이라 한다)’이란 「보조금법」 제26조의2에 따라 구축된 보조금통합관리망을 말한다.7. ‘부정수급’이란 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항에 따라 교부결정을 취소하는 경우와 제33조제1항에 따라 보조금을 반환해야 하는 경우를 말한다.8. ‘별도 계정’이란 「보조금법」 제34조에 따라 보조금 또는 간접보조금과 관련된 수입과 지출을 명백히 구분하여 회계처리하는 단위를 말한다.9. ‘중요재산’이란 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금 또는 간접보조금으로 취득하거나 그 효용이 증가된 것으로서 「보조금법」 제35조제1항 및 「보조금법 시행령」 제15조제1항에 따른 재산을 말한다.10. ‘보조사업비 카드’란 보조금의 집행을 목적으로 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드업자로부터 발급받는 신용카드 또는 직불카드로서 「보조금법 시행령」 제10조의8제3항제2호에 따른 보조금 전용카드를 말한다.11. ‘정산’이란 「보조금법」 제27조제2항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조사업 또는 간접보조사업에 사용한 경비를 재원별로 명백히 계산하는 것을 말한다.12. ‘검증’이란 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따라 정산보고서가 적절하게 작성되었는지 여부를 검토ㆍ확인하는 것을 말한다.13. ‘검증기관’이란 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따라 정산보고서를 검증하는 감사인을 말한다.14. ‘예탁기관’이란 「보조금법 시행령」 제10조의8에 따라 보조금을 하위의 보조사업자 또는 간접보조사업자에게 재교부하는 경우 보조금 관리업무를 위탁 및 예탁 받은 기관으로 한국재정정보원을 말한다.15. ‘업무대행자’란 기획예산처장관 또는 식품의약품안전처장이 지정한 전담기관이나 상위보조사업자로서 보조금시스템 사용을 대리하는 자를 말한다. ② 제1항 외에 이 규정에서 사용하는 용어는 「보조금법」 제2조에서 정의한 바를 준용한다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 높이기 위하여 총괄부서등의 장, 보조사업자, 간접보조사업자 및 보조금 수령자는 이 지침에서 정한 의무를 충실히 이행하여야 한다. ② 총괄부서의 장의 의무는 다음과 같다.1. 유사중복 보조사업 통폐합2. 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 관리규정 마련 등 ③ 주관부서의 장의 의무는 다음과 같다.1. 신규 보조사업의 타당성과 관리체계 사전검토2. 부정수급 실태점검3. 보조사업자 선정의 합리성과 투명성 확보4. 보조사업자 관리감독 및 보조사업의 집행점검 등 ④ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음과 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등을 작성하여 제출2. 보조사업 수행상황을 식품의약품안전처장 또는 상위보조사업자에게 보고3. 사업 완료시 보조사업실적보고서 제출, 정보공시, 감사보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우, 보조금 법령 등의 준수 여부에 대한 관리ㆍ감독 등 ⑤ 보조금수령자는 「보조금법」 및 「보조금법 시행령」, 보조금 교부결정의 내용 또는 법령에 따른 식품의약품안전처장의 처분에 따라 정당한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용하여야 한다. ⑥ 총괄부서등의 장, 보조사업자 및 간접보조사업자는 개인정보처리자로서, 개인정보취급자에 대한 관리ㆍ감독 및 교육 등 「개인정보 보호법」 에서 정하는 사항을 준수하여야 한다.

제5조(보조금 예산의 관리) ① 주관부서의 장은 보조사업을 보조금시스템을 통해 내역사업별로 관리하여야 한다. ② 내역사업의 분류, 명칭, 속성정보는 별표 1부터 별표 3까지의 기준을 따른다. ③ 내역사업 중 하단계의 내역사업을 신설, 변경, 삭제할 경우 임의적으로 변경할 수 없으며 기획예산처장관과 협의하여야 한다.

제6조(보조금 예산의 통지) ① 주관부서의 장은 특별한 사유가 없으면 보조금 예산안을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 해당 회계연도의 전년도 9월 15일까지 보조금시스템을 통하여 통지하여야 한다. ② 주관부서의 장은 제1항에 따라 통지한 보조금 예산안이 국회에서 심의ㆍ확정된 후에는 그 확정된 금액 및 내역을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 보조금시스템을 통하여 즉시 통지하여야 한다.

제2장 보조사업 및 보조사업자 선정

제7조(보조사업 선정기준) 총괄부서등의 장은 보조사업을 신규로 선정하거나 사업의 계속 여부를 검토할 때에는 사업타당성, 사업관리체계 등을 고려해야 한다.

제8조(보조사업의 시행 공고) 총괄부서등의 장은 별지 제1호서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월 31일까지 보조금시스템 및 해당부처 홈페이지에 30일 이상 공고하여야 한다. 다만, 사업계획 수립여부, 사업 진행상황 등을 고려하여 공고시기, 공고기간 등을 조정할 수 있으며 외교, 통일, 안보 등과 관련된 사항으로 공고가 적절치 않을 경우 공고하지 않을 수 있다.

제9조(보조사업자 선정기준) ① 주관부서의 장은 보조사업자를 선정하고자 할 경우에는 보조사업자의 재무안정성, 자부담 능력, 계속기업으로서의 존속능력, 사업 수행에 관한 법령 위반의 이력, 사업능력, 사업관리체계의 적정성 등을 고려해야 한다. ② 주관부서의 장은 동일 보조사업자에 대한 보조금 계속 지원 여부를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청시 수혜이력과 실적을 제출하게 할 수 있다. ③ 보조사업자가 지방자치단체인 경우 주관부서의 장은 해당 지방자치단체의 지방비 부담 가능성과 지방재정영향평가결과, 부지확보 여부 등 사전 행정절차 이행여부 등을 고려해야 한다. ④ 주관부서의 장은 보조사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 보조사업자 선정에서 제외하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조의2에 따라 보조사업 또는 간접보조금의 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 교부를 제한받은 경우2. 제11조제1항에 따라 중복수급에 해당되는 경우3. 「근로기준법」 제43조의4제1항에 따라 상습체불사업주로 결정된 경우

제10조(보조사업자 공모) ① 주관부서의 장은 2개 이상의 법인ㆍ단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업은 공모를 통해 보조사업자를 선정해야 한다. 다만, 「보조금법」 제16조제2항 각 호에 해당하는 경우에는 그렇지 않다. ② 주관부서의 장이 공모방식을 통해 보조사업자를 선정하고자 하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 내용을 포함한 사업자 선정 공고문을 게시하되 15일 이상의 접수기간을 부여하여야 하며, 홈페이지나 일간지 등에 공고문을 함께 게시할 수 있다.1. 사업추진 기본방향2. 지원대상사업3. 지원사업 대상기관 및 응모방법4. 지원 및 선정절차5. 수행 일정6. 사업수행ㆍ보조사업 관련 계약 등에 대한 안내 및 유의사항7. 그 밖에 주관부서의 장이 게시가 필요하다고 인정한 사항 ③ 제2항의 보조사업자 선정 공고에 부합하는 보조사업자가 없는 경우에는 재공모하여야 한다. 다만, 주관부서의 장은 사업의 시급성 등을 고려하여 재공모 접수기간을 조정할 수 있다. ④ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다.

제11조(중복수급 확인ㆍ점검) ① 주관부서의 장 및 상위보조사업자는 보조사업자에 대한 중복수급 여부를 보조사업자 선정 시 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검하여야 한다. ② 주관부서의 장 및 보조사업자 등은 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 중복수급 여부를 사후에 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획예산처장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 중복수급 여부를 점검할 수 있다. ④ 보조금수령자의 사생활을 현저히 침해할 우려가 있거나 외교, 안보 등 국가기밀 유지가 필요한 사업은 제1항 및 제2항의 중복수급 확인ㆍ점검 대상에서 제외할 수 있다.

제12조(수급자격 확인ㆍ점검) ① 주관부서의 장, 상위보조사업자 또는 보조사업자는 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 수급자격의 적격 여부를 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다. 다만 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획예산처장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 수급자격을 확인ㆍ점검할 수 있다. ② 제1항에 따라 민간보조사업자가 하위보조사업자, 보조금수령자에 대한 수급자격을 확인ㆍ점검하는 경우에 민간보조사업자는 필요한 정보를 당해 보조사업을 관장하는 주관부서의 장에게 보조금시스템을 통해 요청할 수 있다. ③ 제2항에 따른 요청을 받은 주관부서의 장은 보조금시스템을 통해 관계기관에 관련자료를 요청할 수 있다.

제13조(보조사업자선정위원회) ① 주관부서의 장은 「보조금법」 제17조제2항에 따라 공모방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에는 보조사업자선정위원회(이하 ‘선정위원회’라 한다.)의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 공모외방식(이하, "지정방식")으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에도 적격여부에 대한 심의 등 주관부서의 장이 필요하다고 인정하는 경우에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거칠 수 있다. ② 선정위원회는 국별로 위원장 1인을 포함하여 5인 이상 15인 이내의 위원으로 구성하되, 소속 공무원과 예산ㆍ재정 및 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 2인 이상의 민간전문가로 구성한다. 다만, 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니된다. ③ 주관부서의 장은 선정위원회의 보조사업자 선정 관련 심의내용을 고려하여 보조사업자를 선정한다. ④ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정 이외에 선정위원회의 운영에 대해서는 국별로 정한다.

제14조(보조금 교부조건) ① 주관부서의 장은 「보조금법」 제18조에 따라 교부조건을 붙이는 경우에 다음 각 호에 관한 사항을 명시하여야 한다.1. 다음 각 목에 해당하는 행위로 인해 보조금 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고 반환 명령을 하는 등 필요한 조치를 취할 수 있다는 사실가. 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우나. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우다. 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부조건의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 위반한 경우라. 해당 보조금 지원과 직접 관련된 전제 조건이 사후에 충족되지 아니하는 경우마. 동일 또는 유사한 사업계획으로 다른 기관으로부터 중복하여 보조금 또는 지방보조금을 받은 경우2. 부정수급 행위 시 다음 각 목의 제재 및 벌칙을 부과할 수 있다는 사실가. 「보조금법」 제31조의2에 따른 수행배제나. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금다. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표라. 「보조금법」 제40조 또는 제41조에 따른 벌칙 ② 보조사업자가 계약을 통해 수행할 경우, 주관부서의 장은 「보조금 통합지침」 및 식품의약품안전처장이 정한 바에 따라 계약을 체결하여 이행하도록 이를 보조금 교부조건에 명시하도록 하여야 한다. ③ 주관부서의 장은 보조금교부결정통지서를 작성하는 경우 별지 제2호서식의 예를 참조할 수 있다. ④ 보조사업자는 교부신청시 보조사업별 계좌정보를 포함하여 교부신청하여야 한다. ⑤ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부할 때에도 제1항부터 제4항까지 준용한다.

제15조(보조금 교부방법) ① 주관부서의 장은 보조금을 최소 2차례 이상으로 나누어 교부하고, 1차 교부와 최종교부 사이에 교부된 보조금이 당초 목적대로 사용되고 있는지 여부를 점검하여 그 결과에 따라 잔여 보조금의 교부 여부를 결정하여야 하며 보조사업자가 계약을 체결하여 추진하는 사업은 낙찰차액이 발생하는 경우 이를 감안하여 교부한다. 다만 해당 보조금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금 교부방법을 달리 정할 수 있다.1. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조성격의 사업인 경우2. 다른 법령에 따라 보조금 교부 방법 및 절차가 정해진 경우3. 추가경정예산(당시 기금운용계획변경 포함)으로 사업이 신설된 경우4. 보조사업의 특성을 고려하여 2차례 이상 나누어서 교부할 경우 사업을 수행하기 곤란한 경우 ② 주관부서의 장은 보조금의 교부여부를 결정할 때 보조사업 계획의 구체성, 실현가능성, 지방비 부담능력, 사전 행정절차 이행여부(「지방재정법」에 따른 재정투융자 사업심사, 부지확보 여부, 인허가서류, 주민동의서 등), 연내 집행가능성(계속사업의 경우 전년도 집행 및 실집행 실적), 이월금 보유현황 등에 대한 검토를 통해 보조금의 연례적 이월 및 보조금 교부 후 사업취소 등이 최소화되도록 하여야 한다. ③ 주관부서의 장 및 보조사업자는 「보조금법」 제26조의2에 따른 보조금시스템을 통하여 지방자치단체의 장이 아닌 보조사업자에게 보조금을 교부하고자 할 때는 그 보조금을 예탁기관에 예탁하여야 한다. 단, 다른 법령에 따라 별도의 기관에 예탁하여 교부되는 보조금 또는 기획예산처장관이 예탁이 적절하지 않다고 인정하는 보조금의 경우에는 그러하지 아니 한다. ④ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부하는 경우에도 제1항 및 제3항을 준용한다.

제3장 보조사업 집행관리

제16조(보조금 사용 및 증빙자료 제출 방법) ① 보조금 사용방식은 보조금 입ㆍ출금 계좌에서의 계좌이체(지로를 포함한다) 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니한다) 사용만을 인정하며, 이때 카드 매출전표 등의 증빙자료는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다. ② 보조금 지출거래시 세금계산서는 전자세금계산서를 사용하여야 하며, 이때 전자세금계산서는 보조금시스템에 전자적형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다. ③ 교통, 통신시설 미비 등으로 제1항과 제2항에 따른 사용 및 제출이 곤란한 경우에는 그렇지 않다. 다만, 이 경우 주관부서의 장은 보조금 사용 내역의 증빙자료가 보조금시스템에 중복 또는 누락된 상태로 제출되는 것을 방지하기 위하여 보조금 사용 내역을 상세히 점검하고 관리하여야 하며, 증빙자료 미비 등 필요한 경우에는 추가 증빙자료를 요구하거나 현장조사를 실시할 수 있다.

제17조(카드사용 및 제한) ① 보조사업자는 보조금 입출금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용함을 원칙으로 하며, 복수 발급하여 사용할 수 있다. ② 보조사업자는 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표 4의 업종에는 보조사업비를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업의 목적에 부합하는 경우에는 그렇지 않다. ③ 보조사업자는 별표 4의 업종으로 지정되지 않은 경우에도 보조사업의 목적과 무관한 업종에 대하여는 보조사업비를 사용해서는 안된다. ④ 보조사업자 등이 보조금 집행시 보조사업자의 임직원(직계존비속을 포함한다), 배우자 등이 운영하는 업체 또는 단체, 계열 관계에 있는 업체 또는 단체와는 거래할 수 없다. 다만, 주관부서의 장의 승인을 받은 경우에는 그렇지 않다. ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제17조의2(보조사업비카드 부수수익의 배분 등) 예탁기관은 보조사업비카드 사용으로 발생하는 캐시백 등 부수수익을 보조사업 재원별 비율에 따라 해당 보조사업자에게 배분하여야 한다. 다만, 국고보조금에 해당하는 부수수익은 예탁기관이 기획예산처장관이 지정하는 한국은행 계좌로 입금한다.

제18조(별도 계정 등) ① 보조사업자는 「보조금법」 제34조에 따라 교부받은 보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 구분하여 회계처리를 하여야 한다. ② 보조사업자는 보조사업별로 보조금 관리를 위하여 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며, 담보설정이 되지 않는 보통예금 등으로 계좌를 별도로 개설하여 관리하여야 하며 특별한 사유가 없는 한 계좌는 변경할 수 없다. ③ 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우 별도의 계좌를 사용하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 하나의 계좌를 사용할 수 있다.1. 제15조제3항에 따라 예탁기관에 예탁하는 보조사업을 수행하는 보조사업자의 경우2. 지방자치단체에 교부하는 경우로 별도의 계좌를 사용하기 곤란한 경우 ④ 보조사업 수행과정에서 수익금이 발생할 경우에도 보조사업비와 구분하여 별도의 계좌를 개설하여 관리하여야 한다. ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제19조(업무처리의 대행) ① 보조금시스템으로 업무처리를 수행하지 못하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 업무대행자를 지정하여 보조금시스템 업무처리를 위임할 수 있다. ② 업무대행자의 지정을 원하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 별지 제3호 서식에 따라 보조금시스템 업무처리 위임장 및 개인정보 수집ㆍ이용ㆍ제3자 제공 동의서를 업무대행자에게 제출하여야 한다.

제20조(중소기업제품 우선 구매) 주관부서의 장은 회계연도 기준으로 100억원 이상 보조금을 수령한 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조사업과 관련하여 제품을 구매하는 경우 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제4조제3항에 따라 중소기업제품을 우선적으로 구매하도록 권고할 수 있다.

제21조(보조사업 관련 계약) ① 보조사업자는 보조금시스템을 통하여 보조사업과 관련된 계약업무를 관리하여야 한다. ② 제1항에 따라 보조금시스템을 통하여 계약업무를 관리함에 있어서 민간보조사업자 등이 제3항 각 호에 해당하는 계약을 체결하는 경우에는 다음 각 호의 방법으로 계약을 체결하도록 하여야 한다. 다만, 연구결과의 현장적용 가능성을 판단하기 위한 시범사업 등 이에 따르는 것이 곤란하다고 주관부서의 장이 인정하는 경우에는 그렇지 않다.1. 조달청장에게 위탁하여 계약 체결2. 지방자치단체장에게 위탁하여 계약 체결3. 「전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 이용하여 계약 체결 ③ 제2항의 방법으로 계약을 체결하여야 하는 경우는 다음과 같다.1. 추정가격이 2천만원을 초과하는 물품 및 용역구매 계약을 체결하는 경우2. 「건설산업기본법」에 따른 건설공사(같은 법에 따른 전문공사는 제외한다)로서 추정가격이 2억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우3. 「건설산업기본법」에 따른 전문공사로서 추정가격이 1억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우4. 그 밖의 공사 관련 법령에 따른 공사로서 추정가격이 8천만원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우 ④ 보조사업자는 제2항의 방법으로 계약을 체결하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 계약 체결을 요청하거나 수행하여야 한다. ⑤ 보조사업자는 보조사업 관련계약을 체결하는 경우 계약일로부터 15일 이내에 보조금시스템에 계약서를 등록하여야 한다. ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다. ⑦ 주관부서의 장은 제3항 각 호의 금액 기준에 관하여 보조사업자나 간접보조사업자가 계약을 부당하게 여러 건으로 나누는 방식으로 절차를 우회하지 않도록 감독하여 계약 절차가 실질적으로 적용되도록 하여야 한다. ⑧ 주관부서의 장은 제1항부터 제5항까지 규정한 사항 외에 사적이해관계자(「공직자의 이해충돌 방지법」 제2조의 ‘사적이해관계자’ 범위를 준용)와의 거래 등 계약과 관련하여 보조금의 부정한 사용이 없도록 관리하여야 한다. ⑨ 이 지침에 규정된 사항 이외에 다음 각 호의 계약업무는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」을 준용한다. 다만, 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우에는 다른 법령을 우선 적용할 수 있다.1. 입찰공고의 시기(제35조)2. 입찰공고의 내용(제36조)

제21조의2(보조사업 관련 계약방식) ① 민간보조사업자 등이 계약을 체결하는 경우(제21조제2항 각호에 의한 방식으로 계약을 체결하는 경우를 포함한다), 원칙적으로 일반경쟁에 부쳐야 한다. 다만, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제7조제1항 단서 및 같은법 시행령 제26조에 따른 사유로 수의계약을 체결할 수 있다. ② 제1항에 따라 수의계약을 체결하고자 할 때에는 사전에 최소 2개 이상의 업체로부터 견적을 받아 집행금액의 적정성 등을 확인한 후 계약을 체결하여야 한다. 다만, 계약의 목적이나 보조사업의 특성상 견적서 제출이 어려운 경우 또는 견적서 제출자가 1인밖에 없을 것으로 예상되는 경우 등으로 주관부서의 장이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제22조(30억원 이상 보조사업 시설공사) ① 제21조에도 불구하고 추정가격이 30억원 이상인 공사 관련 계약을 체결하는 보조사업자는 다음 각 호의 사항을 조달청장에게 요청하여야 한다. 단, 제2호는 민간보조사업자가 추진하는 계약에 한하여 적용하며, 이 경우 전문공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방공사의 추정가격은 3억원 이상으로 한다.1. 실시설계 단계에서의 설계적정성 검토2. 공사계약 체결3. 공사비가 계약금액의 10%이상 증가하는 설계변경에 대한 타당성 검토 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 대하여는 설계적정성 검토, 계약체결, 설계변경 타당성 검토를 조달청에 의뢰하지 않을 수 있다.1. 해외 공사, 재해 또는 긴급 복구 공사, 식품의약품안전처장이 인정하는 기술의 특수성이 요구되는 공사2. 식품의약품안전처, 지방자치단체, 공공기관 등의 시설분야 전문인력이 관리ㆍ감독(기획, 설계 등)하는 사업. 단 공사계약 체결은 제1항에 따른다.3. 그 밖에 조속한 사업추진 등을 위해 불가피하다고 주관부서의 장이 인정하는 경우 ③ 주관부서의 장은 공사 준공 이전에 현장조사 등 집행점검을 위해 조달청의 참여를 요청할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제23조(보조사업자의 자기부담금 집행) ① 주관부서의 장은 보조사업자가 자기부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자기부담금을 우선 집행하도록 하여야 한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 보조사업자는 자기부담금을 우선 집행하지 아니할 수 있다.1. 보조사업 연간사업계획에 반영되지 않은 추가 자부담의 경우2. 지방자치단체 매칭사업의 경우(국비와 지방비 매칭사업에 한한다.)3. 그 밖에 주관부서의 장이 보조사업자 또는 보조사업 특성에 따라 자부담금 집행을 달리 정한 사업인 경우 ③ 주관부서의 장은 제2항제2호의 경우 지방자치단체의 장이 자기부담분 확보 이전에 보조금을 교부하여 사업을 우선 추진하도록 할 수 있다. 다만, 「보조금법」 제27조제1항에 따라 보조사업 실적보고 사유가 발생한 날까지 지방비 미확보 시 주관부서의 장은 지방자치단체의 장에게 보조금을 반납하도록 하거나 다음 연도 예산 편성 시 감액조치를 할 수 있다. ④ 제1항과 제2항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제24조(예산절감액 등) 지방자치단체의 장이 보조사업의 목적을 달성하고 자체 노력으로 예산을 절감한 경우에는 「보조금법」 제31조제4항과 「보조금법 시행령」 제13조의2에 따라 초과액을 반환하지 아니할 수 있으며, 「보조금법 시행령」 제13조의2제1항제4호의 소액은 500만원 미만인 경우를 말한다.

제25조(보조사업비의 이월) ① 보조사업자는 보조금을 교부받은 후 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다. ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우 다음 회계연도로 이월하여 사용할 수 있다.1. 연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 아니한 그 부대경비2. 인건비 등 경상적 경비, 재해복구 경비3. 지출원인행위를 위하여 입찰공고를 한 경비 중 입찰공고 후 협상에 의한 계약 등으로 장기간이 소요되는 경비4. 그 밖에 이월이 불가피하다고 주관부서의 장이 인정하는 경우 ③ 제2항에 따른 이월을 위해서는 보조사업자는 해당연도 교부금액, 집행액, 집행잔액 중 이월이 필요한 금액 및 반납금액을 포함한 이월명세서를 첨부하여 해당연도 말까지 총괄부서의 장의 승인을 거쳐야 하며 이월액은 다른 용도로 사용할 수 없다. ④ 주관부서의 장은 제3항의 이월 승인 시 제15조제2항을 준용하여 이월의 적정성을 판단하여야 한다. ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다. ⑥ 다른 법령 등에서 별도로 정한 경우는 해당 규정을 우선 적용할 수 있다.

제25조의2(보조사업비의 재이월) ① 제25조에 따라 이월한 경비 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경비의 금액은 재이월하여 사용할 수 있다.1. 제25조제2항제2호에 따라 이월한 경비2. 제25조제2항제3호 또는 제4호에 따라 이월한 경비 중 이월한 회계연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 해당연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 아니한 그 부대경비3. 제25조제2항제4호에 따라 이월한 경비 중 이월한 회계연도 내에 지출원인행위를 위하여 입찰공고를 하였으나 입찰공고 후 협상에 의한 계약 등으로 지출원인행위까지 장기간이 소요되는 경비 ② 제1항에 따른 재이월의 경우 제25조제3항과 제4항, 제6항을 준용한다. ③ 제1항과 제2항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 반납) ① 주관부서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출 받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납 받아야 한다. ② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하고자 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다. ③ 제1항의 반납 받아야 하는 ‘집행잔액’은 보조금시스템의 재원별 사용금액 잔액을 기준으로 하고, 반납받아야 하는 ‘보조사업의 수익금’은 국고보조금 비율 등에 따라 산정한다. 다만,「보조금법」 제26조의2제2항에 따라 통일ㆍ안보 등에 관련된 보조사업 또는 간접보조사업으로서 보조금시스템을 통하여 업무를 수행하는 것이 적절하지 아니하다고 기획예산처장관이 식품의약품안전처장과 협의하여 정하는 보조사업 또는 간접보조사업은 국고보조금 비율 등에 따라 집행잔액을 산정한다. ④ 주관부서의 장은 보조금 집행잔액과 이자, 보조사업의 수익금의 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 보조금시스템을 통해 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다. ⑤ 보조사업자는 예탁된 보조금의 집행잔액, 이자수입 및 보조사업의 수익금을 예탁기관으로 하여금 반납하게 할 수 있다. ⑥ 제1항과 제5항은 간접보조사업자에게도 준용한다. ⑦ 삭제 ⑧ 삭제

제27조(보조사업 실적보고서의 심사) ① 주관부서의 장은 제26조의 보조사업 실적보고서를 「보조금법」 제28조에 따라 심사하여야 한다. ② 주관부서의 장은 정산 결과가 적합하지 않다고 인정될 경우에는 「보조금법」 제29조에 따라 해당 보조사업자 등에 대하여 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있다. ③ 주관부서의 장은 제33조제1항제4호에 따른 집행점검 결과 정당한 사유 없이 보조사업 정산절차가 완료되지 않았거나, 정산 후 집행잔액 등을 국고로 반납하지 않은 보조사업자에게는 해당 보조사업과 관련된 보조금을 추가로 교부하여서는 아니된다. ④ 주관부서의 장은 정산보고서 제출을 지연한 보조사업자 등에 대해서는 다음 각 호에서 정한 지연기간에 따른 보조금 삭감한도에 일할을 적용한 비율에 따라 정산보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금을 삭감할 수 있다.1. 3개월 이상 지연 제출하는 경우 10%이내 보조금 삭감2. 6개월 이상 지연 제출하는 경우 20%이내 보조금 삭감3. 12개월 이상 지연 제출하는 경우 50%이내 보조금 삭감 ⑤ 보조사업자 등의 정산 방법, 정산보고서 등과 관련하여 필요한 사항은 기획예산처의 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」을 적용한다. ⑥ 제1항과 제4항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제28조(정산보고서의 검증) ① 지방자치단체를 제외한 보조사업자 등의 정산보고서 검증은 「보조금법」 제27조제2항과 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따른다. 다만, 보조사업자가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공기업 등 공공기관, 「지방공기업법」 제2조 또는 제3조에 따른 지방공기업인 경우 해당 법령에 따른 결산서 또는 회계감사 보고서로 갈음할 수 있다. ② 검증기관의 정산보고서 검증 방법 등과 관련하여 필요한 사항은 기획예산처의 「보조사업 정산보고서 검증지침」을 적용한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우 「보조금법」 제27조제2항에 따라 감사인이 작성하는 검증보고서의 형식, 작성방법, 검증항목 등은 주관부서의 장이 달리 정할 수 있다.1. 보조사업자의 보조금 지출 내역에 대한 증명서류를 확인한 후에 보조금을 전액 교부ㆍ지급하는 사후 보조의 경우2. 그 밖에 보조사업, 보조사업자 등의 특성으로 인해 이 규정에 따른 검증이 곤란한 경우

제29조(검증기관의 책임) 주관부서의 장은 검증기관의 정산결과가 기획예산처의 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」과 「보조사업 정산보고서 검증지침」에 따라 작성되지 않아 오류나 누락이 외부 기관의 감사 등에 의하여 발견된 경우 보조사업자 또는 간접보조사업자가 다음 각 호의 조치를 취하도록 할 수 있다.1. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 고의 또는 중과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 3년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한2. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 2년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한3. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 경미한 오류나 누락이 발생한 경우 또는 정당한 사유 없이 검증을 지체하거나 검증 조서의 작성ㆍ관리가 부실한 경우 주의 조치를 취하며 연간 3번 이상 주의 조치를 받은 경우 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 1년간 제한

제30조(특정사업자에 대한 회계감사) ① 「보조금법」 제27조의2에 따른 특정사업자에 대한 회계감사를 위한 세부기준은 기획예산처의 「보조사업자 회계감사 세부기준」을 적용한다. ② 「보조금법 시행령」 제12조의3제2항의 회계연도가 보조사업자 등의 사업연도와 다른 경우에는 보조사업자 등의 사업연도를 회계연도로 간주한다. 다만, 다른 법령에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법령에 따른다.

제31조(자료보관) ① 보조사업자 등의 보조사업의 수행, 정산, 회계감사 등과 관련된 자료를 5년간 보관하여야 한다. 다만, 카드사, 국세청 등으로부터 카드사용내역, 세금계산서 등을 정보처리시스템을 통해 전송받은 경우, 종이영수증 원본을 별도로 출력하여 보관하지 않고 전자적으로 보관할 수 있다. ② 제1항에도 불구하고 보조금시스템에 제출하여 등록된 자료는 보관하지 않을 수 있다.

제32조(보조사업점검평가단) ① 보조사업 집행점검을 위하여 보조사업점검평가단(이하 ‘평가단’이라 한다.)을 구성ㆍ운영한다. ② 평가단의 단장은 기획조정관으로 하고, 총괄부서 및 주관부서의 장으로 구성한다. ③ 평가단에는 예산ㆍ재정 및 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 민간 전문가를 포함할 수 있다. 다만, 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니된다.

제33조(보조사업 집행점검) ① 평가단은 「보조금법」 제25조제2항에 따라 보조사업 등의 수행상황을 점검하며 다음 각 호의 보조사업을 주요점검대상으로 한다.1. 총사업비 중 보조금 규모가 100억원 이상인 내역사업의 경우2. 공모에 의하지 아니하고 보조사업자를 선정한 보조사업의 경우3. 부정수급이 발생하였거나 발생할 우려가 높은 보조사업의 경우4. 2회계연도 이상 정산을 완료하지 아니하였거나, 정산 후 집행잔액 등을 국고로 반납하지 않은 보조사업의 경우5. 그 밖에 총괄부서등의 장이 보조사업의 집행점검이 필요하다고 인정하는 경우 ② 주관부서의 장은 내역사업내 모든 상위 보조사업자로 하여금 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 사항에 대하여 월 1회 이상 점검을 실시하도록 하고, 그 결과를 전송받아 관리하여야 한다. 또한, 주관부서의 장이 교부한 보조금에 대해서도 월 1회 이상 점검을 실시하여야 한다1. 보조사업자 또는 하위보조사업자에게 교부한 보조금의 세부 집행내역2. 매월 집행실적 및 집행마감 결과3. 보조사업자가 지방자치단체인 경우 지방재정관리시스템과의 월 집행마감 결과 대조 후 일치여부 ③ 주관부서의 장은 점검결과에 따라 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있으며, 현장조사는 조사개시 7일전까지 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 현장조사를 실시하기 전에 관련 사항을 미리 통지하는 때에는 증거인멸 등으로 현장조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 현장조사의 개시와 동시에 조사대상자에게 구두로 통지할 수 있다. ④ 주관부서의 장은 조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 강제징수, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 제한 등의 필요한 조치를 하여야 하며 보조금 반환 결정은 검찰의 공소제기 시까지 하여야 한다. ⑤ 주관부서의 장은 조사결과 고의, 거짓 등의 방법으로 부정수급을 행한 사실이 있다고 판단될 때에는 「형사소송법」 제234조제2항에 따라 고발하여야 한다. ⑥ 평가단은 집행점검 결과를 「식품의약품안전처 예산심의회 규정」에 따른 식품의약품안전처 예산심의회에 보고한다. ⑦ 주관부서의 장은 제4항에 따라 조치를 한 경우 보조금시스템에 그 결과를 즉시 등록하여야 한다.

제34조(보조금에 대한 반환이자 산정) ① 주관부서의 장은 「보조금법」 제31조에 따라 보조사업자로부터 보조금을 반환받을 때 보조금으로 인해 발생한 이자를 반환받아야 한다. ② 제1항의 이자는 보조금의 교부시점으로부터 반환할 때까지 실제 발생한 이자를 포함하되 해당 기간동안 실제 발생한 이자의 산정이 곤란한 경우에는 제3항 및 제4항에 따라 발생이자를 계산한다. ③ 보조사업자가 지방자치단체를 제외한 민간보조사업자인 경우에는 제18조의 보조금 관리 계좌의 약정이율을 적용하되, 무이자 약정 또는 별도의 약정이 없는 등 발생이자 산정이 곤란한 때에는 「민법」 제379조의 법정이율인 연 5%를 적용하여 산정한다. ④ 보조사업자가 지방자치단체인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 반납대상에서 제외하는 이자는 「보조금법」 제31조제2항과 「보조금법 시행령」 제13조에 따른다. ⑤ 보조금 최종 정산반환이 완료된 이후 「보조금법」 제30조에 따른 교부결정 취소가 있는 경우 정산일로부터 보조금 반환기한까지의 기간은 발생이자 산정에서 제외한다. 다만, 이에 대해 중앙관서의 장과 보조사업자 간 별도의 협약이 있는 경우 그 협약에 따라 발생이자를 산정할 수 있다. ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제4장 보조금의 반환 및 제재

제35조(제재부가금 부과 등 결정절차) ① 식품의약품안전처장은 「보조금법」 제33조의2 와 「보조금법 시행령」 제14조의2 및 별표 8에 따라 다음 각 호에 해당하는 경우에는 해당 보조사업자 등에게 제재부가금을 부과ㆍ징수하여야 한다.1. 「보조금법」 제30조에 따라 교부결정을 취소하고 「보조금법」 제31조제1항에 따라 보조금의 반환을 명한 경우2. 「보조금법」 제33조에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금수령자에게 보조금 또는 간접보조금의 반환을 명한 경우 ② 제1항제2호에 해당하는 경우에 보조사업자 또는 간접보조사업자는 「보조금법」 제33조제2항과 「보조금법 시행령」 제14조에 따라 보조금 또는 간접보조금의 반환명령에 대한 사항을 식품의약품안전처장에게 통보하여야 한다. ③ 식품의약품안전처장은 제1항에 따라 반환을 명한 경우 보조사업자 등에게 위반행위의 종류와 예상 제재부가금 등 관련사항을 통지하고 통지를 받은 날로부터 15일 이내에 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다. ④ 식품의약품안전처장은 재판결과의 확인 그 밖에 제재부가금의 부과 여부나 금액을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 또는 간접보조사업자에게 통지하여야 한다. ⑤ 식품의약품안전처장은 제재부가금 부과 여부 및 금액을 결정한 경우 「보조금법 시행령」 제14조의2제5항에 따라 위반행위의 종류와 제재부가금, 납부방법 등을 서면으로 알려야 하며 「국고금 관리법 시행규칙」 별지 제5호서식의 납입고지서를 발부하여야 한다. ⑥ 제5항에 따라 통보를 받은 자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제36조(과오납의 환급) 식품의약품안전처장은 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 부과 등과 관련하여 과오납이 있는 경우에 이를 환급하되, 환급 가산금의 이자율은 「국세기본법 시행규칙」 제19조의3에 따른 이자율을 적용한다.

제37조(보조사업 수행배제 등 결정 절차) ① 식품의약품안전처장은 보조사업자, 간접보조사업자 또는 보조금수령자가 「보조금법」 제31조의2제1항 및 제2항에서 정한 요건에 해당하는 경우에는 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시한다. ② 식품의약품안전처장은 보조사업자 또는 간접보조사업자에 제1항의 사실을 통지하고 통지한 날로부터 15일 이내에 보조사업 수행배제에 관한 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다. ③ 식품의약품안전처장은 재판결과의 확인 그 밖에 보조사업 수행제한 또는 보조금수령자 수급제한을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 등에게 통지하여야 한다. ④ 식품의약품안전처장은 제1항의 사항을 보조사업자 등에게 통보하여야 한다. ⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 당사자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다. ⑥ 주관부서의 장은 제1항에 따라 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시하거나 타 기관에서 통보되어 부정수급으로 인지된 사항을 보조금시스템에 입력하여 관리하여야 한다.

제38조(부정수급심의위원회) ① 식품의약품안전처장은 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회(이하 ‘심의위원회’라 한다.)를 구성ㆍ운영할 수 있다. 이 경우 「식품의약품안전처 예산심의회 규정」에 따른 예산심의회 위원으로 구성한다. ② 심의위원회는 다음 각 호의 사항을 심의할 수 있다.1. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금의 부과ㆍ징수와 관련한 사항으로서 제재부가금 산정, 가중 및 감경에 관한 사항, 제재부가금 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 제재부가금 부과를 위하여 심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항2. 「보조금법」 제31조의2에 따른 보조사업 수행배제 등과 관련된 사항으로 보조사업자 등이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 보조사업 수행배제 등을 위하여 심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항3. 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따른 신고 포상금 지급에 관한 사항으로 신고 포상금 지급요건 충족 여부, 포상금액 및 그 밖에 신고 포상금 지급을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항4. 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항, 제33조제1항 각 호의 해당여부가 불명확한 경우 등 부정수급 여부 판단에 있어 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항5. 제39조제3항에 따라 보조금 부정수급 여부 결정을 위하여 심의위원회에 심의를 요청한 사항 ③ 심의위원회는 제2항에 따른 심의안건 관련 담당공무원, 대상자 및 참고인의 출석을 요청하여 의견을 들을 수 있고 의뢰기관에 대하여 필요한 자료 등을 요청할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정 외에 운영에 관한 사항은 심의위원회에서 정한다.

제39조(부정수급 점검 등) 주관부서의 장은 다음 각 호의 사항을 점검하고 매년 상반기의 점검 결과는 당해연도 9월 30일까지, 하반기의 점검 결과는 다음연도 3월 31일까지 보조금시스템에 입력하여야 한다. 다만, 제3호의 경우 당해연도의 점검 결과를 다음연도 3월 31일까지 입력하여야 하며, 다음 각 호의 사항이 지방자치단체에 대한 보조사업에 해당하는 경우 주관부서의 장은 행정안전부장관에게도 관련 내용을 제출하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액2. 「보조금법」 제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액3. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표 대상자 수 및 명단4. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액5. 「보조금법」 제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 건수 및 대상자 명단6. 「보조금법」제31조제2항에 따른 보조금 반환금액이 기한 내 반환되지 않은 경우 해당 건수 및 금액7. 기타 「보조금법」 제15조의2에 따른 기획예산처 보조금관리위원회 위원장이 보조사업 관련 정책수립 및 부정수급 대응 등을 위해 필요하다고 인정하여 요청한 사항

제40조(부정수급 모니터링) ① 주관부서의 장은 기획예산처장관이 보조금시스템을 통해 보조금 부정수급 모니터링을 실시하여 부정수급이 의심되는 보조사업을 통보할 경우 해당 보조사업을 점검해야 한다. ② 주관부서의 장은 제1항에 따라 보조사업을 점검할 경우, 자체 점검계획을 수립하고 그 내용을 보조금시스템에 등록한 후 점검하여야 하며, 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있다. ③ 주관부서의 장은 제1항에 따라 부정수급이 의심되는 보조사업을 통보받은 날로부터 45일 이내 점검을 완료하여야 한다. ④ 주관부서의 장은 제3항에 따른 점검 결과, 보조금 부정수급자로 판단되는 경우에는 점검 완료일로부터 45일 이내에 심의위원회 심의를 거쳐 보조금 부정수급 여부를 결정하여야 한다. ⑤ 주관부서의 장은 제4항에 따라 보조금 부정수급자로 결정된 자에 대하여는 보조금 반환, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 배제, 명단 공표 등의 필요한 조치를 하여야 한다. ⑥ 주관부서의 장은 제2항부터 제5항까지의 점검 및 조치를 실시한 즉시, 그 내용을 보조금시스템에 등록하여 관리하여야 한다. ⑦ 주관부서의 장은 기획예산처장관이 「보조금 통합지침」 제45조의2제6항에 따라 재검토를 요청할 경우, 해당사업에 대한 재검토 결과를 심의위원회에 상정하여 심의하고, 그 결과를 보조금시스템에 등록하여야 한다. ⑧ 제6항에 따라 등록한 모니터링 점검 결과를 변경하고자 하는 경우에는 심의위원회의 심의결과, 감사 및 수사결과, 소송결과를 보조금시스템에 반드시 첨부하여야 한다.

제5장 보조사업 사후관리

제41조(중요재산의 보고 및 공시) ① 보조사업자 등의 중요재산 보고는 「보조금법」 제35조제1항과 「보조금법 시행령」 제15조제1항 및 제2항에 따르며 별지 제4호서식 ‘중요재산 현황’을 작성하여 중요재산 취득 후 15일 이내에 식품의약품안전처장에게 보고하고 이후 중요재산 처분제한기간 이전까지 매년 6월과 12월에 변동현황을 보고하여야 한다. 다만, 변동 사항이 없거나 미미한 경우에는 보고를 생략할 수 있다. ② 「보조금법 시행령」 제15조제1항제4호의 중앙관서의 장이 인정하는 재산이란 취득가액이 50만원을 초과하는 비소모품을 말한다. 다만, 보조사업의 특성에 따라 주관부서의 장이 달리 정할 수 있다. ③ 「보조금법」 제35조의 현재액은 시장에서 형성된 가격이며 시장가격이 없는 경우에는 감정평가사 등 자산평가업무에 전문성 있는 평가인의 평가에 의한 가격으로 한다. ④ 주관부서의 장은 「보조금법 시행령」 제15조 제2항 및 제3항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보고한 중요재산 취득현황과 변동현황을 확인ㆍ점검 후 보조금시스템에 공시해야 한다. 이때, 취득현황은 보고를 받은 날부터 1개월 이내에 공시하고, 변동현황은 매년 6월말과 12월말까지 공시해야 한다. 이 경우 공시 기간은 최초 공시일로부터 다음 각 호의 기간으로 한다.1. 부동산과 그 종물의 경우 10년2. 선박, 부표, 부잔교, 부선거와 그 종물의 경우 10년3. 항공기의 경우 10년4. 그 밖의 기계, 장비, 물품 등 중요재산의 경우 5년 ⑤ 주관부서의 장은 보조사업자 및 간접보조사업자로 하여금 중요재산 취득가액 및 시기, 사용 장소, 재정 지원 내용 등의 재산정보를 표기한 안내문 등을 부착하여 관리하게 할 수 있다.

제42조(재산처분의 제한) ① 보조사업자 등의 중요재산 처분제한과 반환은 「보조금법」 제35조와 「보조금법 시행령」 제15조에 따른다. ② 식품의약품안전처장의 승인 없이 재산양도 등을 할 수 있는 경우는 「보조금법 시행령」 제16조에 따르며 「보조금법 시행령」 제16조제2호의 경우 「내용연수」(조달청 고시)에서 정하는 기간이 지난 경우로 한다. 다만, 보조금의 교부 목적에 따라 주관부서의 장이 처분제한 기간을 달리 정할 수 있다.

제43조(중요재산의 부기등기) ① 보조사업자 등의 중요재산의 부기등기는 「보조금법」 제35조의2에 따른다. ② 보조사업자 등이 제1항에 따라 부기등기를 할 때에는 별지 제5호서식 "보조금이 지원된 부동산 증명서"를 관할 등기소에 제출하여야 한다. ③ 보조사업자 등이「보조금법」 제35조의2제4항에 따라 부기등기를 말소하고자 할 때에는 별지 제6호서식 ‘부기등기 말소대상 부동산 증명서’를 관할 등기소에 제출하여야 한다.

제44조(신고 포상금 지급절차) ① 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따라 포상금을 지급하는 경우에는 주관부서의 장은 신고 또는 고발한 자에게 별지 제7호서식의 신청서 제출을 요청하게 할 수 있다. ② 「보조금법 시행령」 제18조제2항에 따라 포상금 지급기한은 통보한 날부터 60일 이내로 하되 행정심판, 소송 등이 진행되는 기간은 포함하지 아니한다. ③ 주관부서의 장은 「보조금법」 제39조의2에 따라 지급된 포상금이 신고 또는 고발한 자가 허위, 그 밖의 부정한 방법으로 포상금을 지급받은 경우, 그 밖에 착오 등의 사유로 포상금이 잘못 지급된 경우(다른 법령 등에 따라 동일한 사항에 대해 중복하여 지급한 경우를 포함한다.)는 포상금의 전부 또는 일부를 환수하여야 한다. ④ 포상금 지급에 관여한 심의위원 또는 공무원은 신고 또는 고발한 자의 신원 또는 신고내용 등에 관하여 비밀을 유지하여야 한다. ⑤ 주관부서의 장은 신고포상금 지급과 관련하여 신고자의 신분, 신고내용 등이 외부에 공개된 경우에는 관련 사실을 조사하여 필요한 조치를 할 수 있다. ⑥ 심의위원회는 포상금 지급기준에 부합하는 대상자를 분기별로 심의한다.

제6장 보칙

제45조(재검토 기한) 식품의약품안전처장은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2025년 7월 1일 기준으로 매3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.

별표·서식

내역사업 단계별 분류기준 (제5조 관련)별표 제1호 PDF 서식 파일
내역사업 명칭부여 기준 (제5조 관련)별표 제2호 PDF 서식 파일
내역사업 관리속성 구성 (제5조 관련)별표 제3호 PDF 서식 파일
보조사업비 카드 사용제한 업종 (제17조 관련)별표 제4호 PDF 서식 파일
보조사업 총괄표별지 제1호 PDF 서식 파일
국고보조금 교부결정통지서 (예시)별지 제2호 PDF 서식 파일
보조금시스템 업무처리 위임장 및 개인정보 수집ㆍ이용ㆍ제3자 제공 동의서별지 제3호 PDF 서식 파일
중요재산 현황별지 제4호 PDF 서식 파일
보조금이 지원된 부동산 증명서별지 제5호 PDF 서식 파일
부기등기 말소 대상 부동산 증명서별지 제6호 PDF 서식 파일
포상금 지급신청서별지 제7호 PDF 서식 파일

첨부파일

식품의약품안전처 소관 국고보조금 관리규정 전문(식품의약품안전처훈령 제275호 '26.5.27.).hwpx

부칙

20180405
20190617
20200720
20211201
20240522
20250407
부칙 <제119호,2018. 4. 5.>이 규정은 발령한 날부터 시행한다.
부칙 <제139호,2019. 6. 17.>이 규정은 발령한 날부터 시행한다.
부칙 <제170호,2020. 7. 20.>이 규정은 발령한 날부터 시행한다.
부칙 <제191호, 2021. 12. 1.>이 규정은 발령한 날부터 시행한다.
부칙 <제236호, 2024. 5. 22.>이 훈령은 발령한 날부터 시행한다.
부칙 <제256호, 2025. 4. 7.>이 훈령은 발령한 날부터 시행한다.
119
139
170
191
236
256

제개정이유

◇ 제ㆍ개정 이유
「국고보조금 통합관리지침」(기획예산처, `26.3월) 개정사항을 반영하는 등 국고보조금 집행기준 개선 및 운영관리 강화

◇ 주요내용
가. 「근로기준법」 개정에 따른 후속조치로 상습체불사업주의 보조사업자 선정기준 제외(안 제9조제4항제3호 신설)
나. 보조금 교부신청 시 보조사업자뿐만 아니라 간접보조사업자에게도 계좌정보 포함 의무화(안 제14조제4항, 제5항 개정)
다. 보조사업 집행에 필요한 증빙자료가 누락되거나 미비할 경우 중앙관서의 장이 현장조사를 실시할 수 있도록 명시(안 제16조제3항 개정)
라. 보조사업 관련 물품ㆍ용역 구매계약의 경우에도 공사계약과 같이 기준금액이 ‘추정가격’임을 명확화(안 제21조제3항 개정)
마. 공사계약 추진시 조달청 요청 대상을 일부 축소 및 민간보조사업자가 수행하는 사업 중 조달청장에게 요청해야 하는 보조사업 시설공사의 기준금액이 ‘추정가격’임을 명시(안 제22조제1항 개정)
바. 조달청장에게 의뢰하지 않을 수 있는 시설공사의 요건 중 ‘기술의 특수성을 요구하는 공사’의 판단 기준 명확화(안 제22조제3항 개정)
사. 지자체장이 자체 노력으로 예산 절감 시 미반환 및 유사 목적사업에 사용가능한 소액기준을 상향(50만원 → 500만원)(안 제24조 개정)
아. 재이월이 가능한 경우를 ‘입찰공고 또는 지출원인행위 여부’를 기준으로 정비하여 무분별한 재이월 방지(안 제25조 개정 및 제25조의2 신설)
자. 보조사업 완료 후 집행잔액 반납 관리 효율성 향상을 위해 집행잔액 반납 창구를 보조금시스템으로 일원화(안 제26조제4항 개정)
차. 2회계년도 이상 정당한 사유없이 집행잔액 미반납 보조사업자에 대해 해당 보조사업 관련 보조금 추가 교부 금지(안 제27조제3항 개정)
카. 2회계년도 이상 미정산 및 미반납 보조사업을 중앙관서의 주요 수행점검 대상으로 추가(안 제33조제1항 개정)
타. 반환이자에 관한 일반 조항 신설(안 제34조 신설)
파. 보조금 법령에 따라 처분제한 및 가치변동 보고 등 관리의무 대상이 되는 ‘그 밖의 중요재산’의 범위에 일정금액(50만원) 이상의 ‘물품’도 포함(안 제41조제4항 개정)
하. 기타 정부조직 개편 반영(기획재정부 → 기획예산처)