이 건 토지(축산물종합유통센터)를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

지특법 제14조, 제178조에 따른 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의해 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 감면하는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 함. 이와 같은 법리에 따르면 납세의무자가 유예기간 내에 감면 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되므로 추징처분은 취소되어야 함.

2심

취득세

1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2019. 12. 10. 원고에게 한 취득세 137,402,030원, 지방교육세 11,895,100원, 농어촌특별세 5,947,540원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.


1.처분의 경위

가.원고는 조합원의 경제적,사회적,문화적 지위를 향상시킬 목적으로 설립된 법인으로서,○○시 서후면 대두서리1070-6일원에 도시계획시설(도축장,시장)인‘○○축협 축산물종합유통센터’(이하‘이 사건 센터’라 한다)를 건립하는 사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자이다.
나.피고는2018. 1. 11.이 사건 사업에 관하여‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(이하‘국토계획법’이라 한다)제30조,같은 법 시행령 제25조에 따라 도시관리계획결정(변경)을 하고,이를 고시하였다(○○시 고시 제2018-7호).
피고는2018. 3. 26.이 사건 사업의 시행자로‘원고’를 지정하고,이를 고시하였다(○○시 고시 제2018-39호).이 사건 사업의 주요 내용은 아래와 같다.
사업시행지의 위치: ○○시 서후면 대두서리 1070-6 외 39필지사업의 종류 및 명칭 ○ 종류: 도시계획시설(도축장, 시장) 사업 ○ 명칭: ○○축협 축산물종합유통센터 건립공사3. 사업의 면적 및 규모 ○ 사업시행면적: 49,393㎡ ○ 사업시행규모 - 시설규모 본동: 도축장 및 공판장(지하 1층 / 지상 2층) 11,475.63㎡ 부속동: 소독터널(2개소) 53.62㎡, 세차장 210㎡, 경비실(2개소) 68㎡ 기타시설: 폐수처리장(지하 1층 / 지상 1층) 505㎡ - 사업비: 약 391.5억 원

다.원고는 이 사건 사업을 추진하기 위하여, 2018. 6. 7.○○시로부터○○시 풍산읍○○리○○하천4,150㎡외26필지 합계48,592㎡(이하‘이 사건 각 토지’라 한다)를3,391,721,600원에 매수하였고, 2018. 6. 8.위 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
라.원고는 피고로부터 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여,구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제14조 제3항에 따른’고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산‘이라는 이유로 구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것,이하 같다)에서 정한 취득세 등을 감면받았다.
마.그런데 피고는2019. 10. 31.원고에게, “원고가 정당한 사유 없이 이 사건 각 토지의 취득일로부터1년(이하‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 위 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다”라는 이유로,구 지방세특례제한법 제178조에 따라 감면된 취득세를 추징할 수 있다는 취지의‘지방세 과세예고 통지’를 하였다.
피고는2019. 12. 10.원고에게,위와 같은 이유로 감면된 지방세인 취득세137,402,030원,지방교육세11,895,100원,농어촌특별세5,947,540원 합계155,244,670원을 부과 및 고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 하다).
바.원고는2020. 3. 4.조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나, 2020. 5. 26.조세심판원으로부터 심판청구 기각결정을 고지받았다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 7내지11호증,을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 포함,이하 같다),변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는 이 사건 사업과 관련하여 농협중앙회 고정투자심의위원회의 고정투자심의 및 승인,실시계획인가 및 그 과정에서의 관계 행정기관의 장과 협의,농협중앙회의 권고에 따른 설계 재검토,이 사건 각 토지에서 영농을 하는 농민들과의 보상 등 문제로 시간이 지연되어 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하지 못하였다.특히 상수공급문제 및 폐수처리문제에 관하여 피고는 도시관리계획결정 단계에서부터 아무런 대책이 없었고,원고에게 이러한 문제를 사전에 알려주지 않는 등 피고의 책임으로 인해 지연되었다.따라서 원고는 이 사건 사업과 관련하여 위와 같은 문제들을 해결하고,이 사건 각 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 이상,구 지방세특례제한법 제178조에 따라 원고에게는 위 각 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데에‘정당한 사유’가 있다고 할 것이므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

별지’관계 법령‘기재와 같다.
다.판단

1)관련 법리

구 지방세특례제한법 제14조,제178조에서 정하고 있는‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결,대법원1996. 1. 26.선고95누13104판결 등 참조).
2)구체적 판단

가)위 인정사실 및 갑 제20, 61, 70호증의 각 기재,변론 전체의 취지에 의하면,①원고는2018. 6. 8.이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데,그로부터 유예기간인1년이 경과한 이후인2019. 6. 24.피고에게 이 사건 사업에 관한 실시계획인가를 신청한 사실,②피고는2020. 1. 23.위 사업에 관한 실시계획을 인가하고 이를 고시한 사실(○○시 고시 제2020-17호,이하‘이 사건 실시계획인가’라 한다),③원고는 피고에게 이 사건 센터의 신축을 위한 건축착공신고를 하여, 2021. 6. 28.피고로부터 위 착공신고에 대한 수리처분을 받았고,그 후 이 사건 사업에 관한 건축공사를 시행하게 된 사실,④이처럼 원고는 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 직접 사용하지는 못한 사실이 인정된다.
나)그러나 위 인정사실,인용증거들,갑 제2내지6, 12내지17, 20내지42, 54내지61, 64내지66, 69내지74호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 아래와 같이 알 수 있는,이 사건 사업의 규모 및 그 추진 경위,위 사업과 관련한 고정투자심의 과정,이 사건 실시계획인가와 관련한 상수공급방안 논의 과정,소규모환경영향평가와 관련한 오·폐수 처리방안 논의 과정,이 사건 각 토지를 인도받게 되는 과정 등을 종합적으로 고려하여 보면,원고는 이를 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나,적절한 시간적인 여유가 없거나 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 그 유예기간을 넘기게 되었으므로,구 지방세특례제한법 제178조에서 정한‘정당한 사유’가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.
따라서 원고의 주장은 이유 있으므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
①이 사건 사업은 그 예상 사업비가 약391.5억 원에 이르고 그 사업시행면적도49,393㎡,이 사건 센터의 본동 신축 규모도11,475,63㎡에 이를 뿐만 아니라,그 사업의 진행을 위하여 도시계획결정,소규모환경영향평가,실시계획인가 등 여러 가지 단계적 행정절차 및 그 과정에서 관계 행정기관의 장과의 협의·협조 등이 필수적으로 요구되는 사업이다.
②원래 이 사건 사업은 당시○○시장의 선거공약사업이었다.이에○○시는2017. 2. 15.○○도시관리계획시설(도축장)결정(변경)연구용역을 시행하였고,같은 날○○도시관리계획시설(도축장)결정(변경)에 따른 소규모환경영향평가 용역을 시행하였으며, 2017. 5. 18.○○축산물공판장 사업시행 대상자 선정 연구용역을 시행하였고, 2017. 8. 11.○○시의회 의원,원고를 포함한 기관단체,용역업체 등이 참석한 자리에서, ‘도축장 시설현대화로 축산산업을 지역경제 거점으로 육성’하기 위한 위 각 연구용역의 보고회를 개최하였다.또한○○시는 이 사건 사업에 대한 도시관리계획결정(변경)및 사업시행자 지정 이전인2017. 11. 10.원고에게, “연구용역 결과 이 사건 사업은 원고가 운영하는 것이 가장 타당하니,원고 조합장은 사업 추진을 위한 각종 사안에 대하여 사전준비 등에 적극 노력하여 신속한 사업추진이 이행될 수 있도록 조치하여 달라”는 내용의 공문을 보냈고(갑 제6호증), 2018. 2. 28.원고에게, “이 사건 각 토지는○○시 소유로2018. 12. 31.까지 대부경작 중이므로 대부기간 종료 후에 이 사건 사업을 추진하여야 하나,대부경작자가 스스로 대부를 포기할 경우 부지매각 등 사업추진 가능함.대부포기서가 제출될 경우○○시에서는‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에 따라 영농손실 보상비 및 지장물 보상비를 지급하여야 하나,측량 등 각종 예산확보 등의 절차 이행에만 수개월이 소요됨.인근 시군의 동향 등 이 사건 사업의 조기 추진이 절실히 요구되는 현 시점에서 원고가 이 사건 사업에 적극 개입하여 대부경작자에 대한 선 보상으로 대부계약이 해지되면,사업시행자 지정 및 부지매각이 신속히 추진될 수 있으므로 적극 협조 바람”이라는 내용의 공문을 보냈다(갑 제74호증).
위와 같이 이 사건 사업은 당초 원고가 주도적으로 추진한 사업이 아니라,○○시로부터 시장의 선거공약사업을 빨리 추진하도록 의뢰받아 시행하게 된 결과,사업을 제대로 진행하기 위한 준비가 부족한 상태에서 시행되었다.이러한 사태를 초래한 피고가 원고에 대하여 그 유예기간을 경과하게 된 모든 책임을 묻기는 어려워 보인다.
③원고는 위와 같은 피고의 의사에 따라,이 사건 사업의 사업시행자로 지정되거나 이 사건 각 토지를 취득하기 이전인2018. 2.경 이 사건 각 토지의 대부계약자들(손○○,손○○,권○○,손○○,김○○,김○○)과‘영농손실 및 지장물 보상금 산정기준,지급시기’등에 관하여‘축산물종합유통센터 대상부지 보상 관련 계약’을 체결하기도 하고(갑 제54내지57호증), 2018. 3. 14.농협중앙회에‘회원조합지도·지원규정’에 따른‘고정투자심의 요청’을 하기도 하였다(이 사건 사업의 사업비는 약391.5억 원으로 위 규정 제40조 제1항에 따라 농협중앙회에 심의를 신청하여야 한다)(갑 제12, 13호증).
④위와 같이 원고가2018. 3. 14.농협중앙회에 이 사건 사업에 관하여 고정투자심의 요청을 하였음에도,농협중앙회에서는 그로부터6개월이 경과한2018. 9. 20.원고에게 보완자료를 요청하였다.이후 원고는 그 다음날인2018. 9. 21.농협중앙회에게 위 보완자료를 제출하였고,농협중앙회는2018. 10. 16.회원조합 고정투자심의회를 개최한 다음, 2018. 10. 17.원고에게‘고정투자심의 요청을 조건부로 승인하였다[승인조건:원고의 자기자본 확대(205억4,000만 원)]’라는 취지의 통보를 하였다(갑 제14내지16호증).이에 원고는 위와 같은 거액의 자금조달 방안에 대한 내부 논의를 거쳐, 2019. 4. 4.경 비로소 출자금 추가 조성,제적립금 확대,고정자산 처분 등으로226억1,300만 원 규모의 자금을 조성하는 내용의 재무구조 개선계획을 수립하게 되었다(갑 제17호증).
⑤이 사건 실시계획인가와 관련하여,원고와 피고는2019. 1.경부터 이 사건 사업에 필요한 상수공급방안에 관하여 논의하였고,그 논의결과 기존에 운행중지 중인 풍산안교배수지 시설을 보완하여 사용하기로 하였다.이에 피고는2019. 10. 28.최종적으로 원고에게“용상1정수장,용상2정수장,풍산안교배수지(운○○)로부터 용수(상수)공급이 가능하고,기존 배수지(운○○) V(부피)=1,080㎥,상수도관로(D150) L(길이)=3.5㎞에 대하여 시설개량 또는 신설하여 공급받도록 계획되어 있으므로,○○시 상수도원인자부담금 조례 제4조 제1항에 따른 원인자부담금을 납부할 경우 상수도 수돗물 공급이 가능하다”는 내용의 공문을 보냈다(갑 제25호증).이후 원고의 이의제기에 따라 피고는2020. 2. 21.원고에게 이 사건 사업이 농업협동조합법 제2조에 따른 지역축산업협동조합에서 시행하는 사업이므로 위 법 제8조에 따라 위 원인자부담금이 면제된다는 내용의 공문을 보냈다.
원고는 위 최종적인 상수공급방안이 마련되기 이전인2019. 5. 10.이미 주식회사○○이앤씨와 이 사건 사업에 관한‘상수공급 배수관 부설공사 설계용역’계약을 체결하였고,피고로부터 위2019. 10. 28.자 공문을 받은 다음 약1달밖에 경과하지 아니한2019. 11. 29.경부터 상수공급 배수관로 부설공사 및 배수지개량공사를 시행하게 되었다(갑 제27호증).
⑥원고의2019. 6. 24.자 이 사건 실시계획인가 신청에 따라,피고는2019. 7. 1.대구지방환경청장에게 위 실시계획인가에 따른 소규모환경영향평가에 대한 업무협의를 하였고,대구지방환경청장은2019. 8. 13.피고에게‘하수처리장 추가 증설 및 오·폐수1차 처리 후 연계처리 등 다양한 방안을 고려한 공공하수처리시설로의 오·폐수 연계처리계획 수립 방안’등에 대하여 보완을 요청하였다.
원고와 피고 등은 위와 같은 보완요청에 대하여 업무협의 등 논의를 한 결과, 2019. 11.경 오·폐수 처리계획을‘낙동강 직방류 방안’에서‘풍산공공하수처리장의 처리용량을 증설(3,000㎥/일→4,000㎥/일)하여 풍산공공하수처리장에서 연계하여 처리하는 방안’으로 최종적으로 변경하기로 하였다.대구지방환경청도2019. 12. 10.위 오·폐수처리계획(변경)방안에 대하여 동의하였고,이에 원고는2020. 2. 17.대구지방환경청장에게 위 오·폐수 처리계획(변경)방안을 반영한 반영결과를 제출하게 되었다(갑 제42호증의1내지3).
이에 따라 피고는2020. 1. 23.이 사건 사업에 관한 실시계획을 인가하고 이를 고시하게 되었다.
⑦앞서 본 바와 같이,원고는2018. 2.경 이 사건 각 토지의 대부계약자들과‘영농손실 및 지장물 보상금 산정기준,지급시기’등에 관하여‘축산물종합유통센터 대상부지 보상 관련 계약’을 체결하였고, 2018. 4.경 위 대부계약자들에게 영농손실보상금을 지급하였다.그런데 이후 원고와 위 대부계약자들 사이에 지장물보상금 액수와 관련하여 분쟁이 발생하면서,위 대부계약자들은 원고에게 이 사건 각 토지의 인도를 거부하게 되었다.이에 원고는2019. 4. 2.위 대부계약자들을 상대로 토지인도 청구소송을 제기하여, 2020. 12. 9.대구지방법원○○지원으로부터“지장물보상금을 지급받음과 동시에 이 사건 각 토지를 인도하라”는 내용의 판결을 선고받았다[대구지방법원○○지원2019가단20993(본소), 2019가단22159(반소)](갑 제72호증).위 대부계약자들이 위 판결에 불복하여 항소심 소송계속 중인2021. 3.경 원고와 위 대부계약자들은“위 대부계약자들이 원고로부터 위 판결에서 지급을 명한 금액을 지급받으면,원고에게 이 사건 각 토지를 인도하기로 한다.다만 원고는 최종적인 판결결과에 따라 추가적인 금전보상의무가 인정되면 이를 지급하기로 한다”라는 내용으로 서로 합의하였다(갑 제64호증 내지 제65호증의5).원고는 위 대부계약자들로부터 이 사건 각 토지를 인도받은 무렵인2021. 3. 17.비로소○○환경과‘이 사건 사업부지 내 석면 철거공사’에 관한 도급계약을 체결하고,같은 날○○환경산업 주식회사와‘이 사건 사업부지 내 지장물 철거공사’에 관한 도급계약을 체결하여 위 사업부지 내 지장물에 대한 구체적인 철거작업을 시행하게 되었다.또한 원고는2021. 5. 11.○○개발 주식회사와‘이 사건 센터 신축공사’에 관한 도급계약(도급금액: 373억9,000만 원)을 체결하고, 2021. 6. 28.피고로부터 위 신축공사에 대한 건축착공신고의 수리처분을 받은 다음,위 신축공사를 시행하게 되었다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로,이를 취소하고 이 사건 각 처분을 모두 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.
제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

①농업협동조합중앙회,수산업협동조합중앙회,산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의25를,과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의25를 각각2020년12월31일까지 경감한다.
1.구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

2.생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

3.농어민 교육시설용 토지와 건축물

②농업협동조합중앙회,수산업협동조합중앙회,산림조합중앙회,엽연초생산협동조합중앙회가 회원의 교육ㆍ지도ㆍ지원 사업과 공동이용시설사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의25를2016년12월31일까지 경감한다.
③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다)및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를,과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각2020년12월31일까지 면제한다.
④ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합,「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합 및 엽연초생산협동조합에 대하여는2014년12월31일까지 주민세 재산분 및 종업원분의100분의50을 경감한다.
⑤제3항 및 제4항에서 정하는 각 조합들의 중앙회에 대해서는 해당 감면 규정을 적용하지 아니한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

①부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권을 취득한 자에게 부과한다.끝.