① 이 사건 건축물 취득에 따른 취득세가 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하여 산정되어야 하는지 여부 ② 이 사건 처분 중 가산세 부과처분이 위법한지 여부

1심

취득세

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.


▣청 구 취 지

피고가2020. 10. 19.원고에 대하여 부과한 취득세265,345,140원,지방교육세14,100,540원,농어촌특별세17,653,560원의 부과처분을 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위 등

가.원고는2015. 3. 5.유한회사○○○종합건설(이하‘이 사건 시공법인’이라 한다)과 사이에 도급금액10,450,000,000원(=공급가액9,500,000,000원+부가가치세액950,000,000원)으로 정하여 의정부시 민락동806토지에 지하3층,지상10층 규모의 의료 및 근린생활시설 건축물(이하‘이 사건 건축물’이라 한다)을 신축하는 공사에 관한 도급계약(이하‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.
나.원고는2015. 3. 26.이 사건 건축물에 관한 건축허가를 받고2015. 4. 6.공사에 착공하여2017. 6. 30.이 사건 건축물을 완공하였다.
다.원고는2017. 7. 4.이 사건 건축물의 취득가액을9,668,573,000원으로 하여 산출한 취득세270,720,040원,지방교육세15,469,710원,농어촌특별세19,337,140원,합계305,526,890원을 신고·납부하였다.
라.피고는2020. 7. 8.구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것,이하‘구 지방세법’이라 한다)제10조 제2항 단서에 따라 이 사건 건축물의 시가표준액16,306,250,930원과 신고가액9,668,573,000원의 차액6,637,677,930원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등293,428,610원(가산세 포함)을 과세 예고하였다.
마.이에 원고는2020. 8. 20.경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나,경기도지사는2020. 10. 14.불채택 결정을 하였다.
바.피고는2020. 10. 19.원고에게 취득세265,345,140원,지방교육세14,100,540원,농어촌특별세17,653,560원,합계297,099,240원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
사.원고는2021. 1. 14.조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,조세심판원에서는2022. 7. 11.원고의 심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4호증,을 제1, 5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고 주장의 요지

가.원고의 이 사건 건축물 취득에 따른 취득세 등은 구 지방세법 제10조 제5항에 따라 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하여 산정되어야 하는데,피고는 원고의 이 사건 건축물 취득을 위 구 지방세법 제10조 제5항의 적용을 배제하는‘구 법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것,이하’구 법인세법‘이라 한다)제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득’으로 보아 이 사건 건축물의 시가표준액을 정당한 과세표준이라 보고 이 사건 처분을 하였다.
그런데,위‘구 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래’에 해당하려면 납세의무자를 기준으로 거래상대방이 특수관계인이어야 하는데,납세의무자인 원고를 기준으로 이 사건 시공법인은 특수관계인이 아니고,따라서 이 사건 건축물의 취득은 구 지방세법 제10조 제5항의 적용을 배제하는 구 법인세법 제52조 제1항 또는 소득세법 제101조 제1항에 따른 거래로 인한 것이 아니므로,이 사건 처분은 위법하다.
나.또한 원고는 실제 공사과정에서 비용을 절감하고 그 공사금액을 사실대로 신고하였으므로,원고가 과소신고한 것을 전제로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
3.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
4.판단

가.이 사건 건축물 취득이 구 지방세법 제10조 제5항 적용대상인지에 관한 판단

구 지방세법은 취득세의 과세표준을‘취득 당시의 가액’으로 하면서(구 지방세법 제10조 제1항 본문)위 취득 당시 가액은‘취득자가 신고한 가액을 원칙으로 하되,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액’으로 규정하면서도(같은 조 제2항), ‘①국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득(제1호),②외국으로부터의 수입에 의한 취득(제2호),③판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득(제3호),④공매방법에 의한 취득(제4호),⑤부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득(제5호)은 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 하되,증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 구 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외’하는 것으로 규정하고 있다(같은 조 제5항).
이 사건 건축물의 취득이 구 지방세법 제10조 제5항의 적용대상인지에 관하여 살피건대,원고의 이 사건 건축물 취득은 신축으로 인한 것으로 구 지방세법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득에 해당하지 아니하는바,이 사건 건축물의 취득이 위 규정의 적용대상에 해당하여 취득세의 과세표준이 사실상의 취득가격임을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
앞서 본 사실 및 앞서 든 증거들에 의하면,원고는 이 사건 건축물의 취득가액으로9,668,573,000원을 신고하였고,이 사건 건축물의 시가표준액은16,306,250,930원인 사실이 인정되고,위 신고가액이 시가표준액에 미치지 못함은 계산상 명백한바,구 지방세법 제10조 제2항 단서에 따라 이 사건 건축물 취득에 관한 과세표준은 위 시가표준액이 되므로,위 시가표준액과 위 신고가액의 차액을 과세표준으로 한 이 사건 처분은 적법하다.
나.이 사건 건축물의 취득이 구 지방세법 제10조 제5항의 적용을 배제하는 구 법인세법 제52조 제1항으로 인한 거래인지에 관한 판단(예비적 판단)

1)설령 이 사건 건축물의 취득이 구 지방세법 제10조 제5항 각 호에 정한 취득에 해당한다 하더라도,①위 구 지방세법 제10조 제5항에서 소득세법 및 구 법인세법의 위 특정 규정을 지방세법상 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 삼을 수 있는‘취득’에서 배제하는 판단의 기준으로 정하고 있는 것은 특수관계인 사이의 부당거래를 이용하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킴으로써 지방세를 탈루하는 것을 방지하기 위함인 점,②구 지방세법 제10조 제5항은 그 적용이 배제되는 경우로서 위와 같이 문언적으로도 소득세법 제101조 제1항 또는 구 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래‘에 따른’취득이라고만 표현하고 있을 뿐인 점,③소득세법 제101조 제1항 및 구 법인세법 제52조 제1항에 의하여 부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래는 양도인에게는‘저가양도’로,그 거래의 상대방이 되는 양수인에게는‘저가양수’로 나타나는바,자산을 저가양도한 거주자나 법인이 부담하게 되는 소득세 또는 법인세와 저가양수한 해당 거래의 상대방이 부담하는 취득세는 납세의무자나 과세주체 및 과세요건을 달리하는 각 독립적인 세금이고,취득세의 경우 취득가액을 적게 신고하여야 조세부담이 감소된다는 점을 고려하면 매수인의 부당한 저가 양수행위는 지방세법으로 규제할 필요성이 크며 위 규정도 근본적으로 그러한 취지에서 마련된 것인 점 등에 비추어 볼 때,구 지방세법 제10조 제5항의 적용을 배제하는‘구 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래에 따른 취득’은 납세의무자를 기준으로 거래상대방이 특수관계인인 경우 뿐 아니라 거래상대방을 기준으로 납세의무자가 특수관계인인 경우도 포함한다고 봄이 타당하다.
2)위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대,앞서 본 사실,을 제2, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면,이 사건 시공법인의100%주주인甲이 원고의 아들인 사실이 인정되므로,원고와 이 사건 시공법인은 구 법인세법 제52조 제1항,구 법인세법 시행령(2018. 2. 13.대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것,이하‘구 법인세법 시행령’이라 한다)제87조 제1항 제2호에 규정된 특수관계인 관계이고,위 특수관계인 사이의 거래에 따른 이 사건 건축물의 취득에는 구 지방세법 제10조 제5항이 적용되지 아니한다.따라서 구 지방세법 제10조 제5항의 적용을 배제한 채 시가표준액을 정당한 과세표준으로 본 이 사건 처분은 적법하다.
3)이에 대하여 원고는 건설에 관한 도급계약의 경우 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에 규정된“용역”에 해당하지 아니한다고 주장하나,부당행위계산에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 전제인‘시가’를 판단하는 기준에 관한 같은 시행령 제89조 제4항 제2호에서“건설 기타 용역”이라 규정한 점 등에 비추어 보면,위 법령은 건설이 용역에 포함됨을 전제로 하는 것으로 봄이 상당하므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
다.가산세 적법성에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고,납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서,납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원2015. 8. 27.선고2012두16084판결),앞서 본 사실들 및 사정들에 비추어 보면,원고가 이 사건 건축물에 관한 취득세 등 신고·납부의무를 제대로 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 부족하므로,이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 적법하다.
5.결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

○구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액)

①이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다.다만,개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다.이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고,공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다.
②제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다),선박,항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격,수입가격,신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류,구조,용도,경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.
제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(연부)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다.이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1.국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2.외국으로부터의 수입에 의한 취득

3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4.공매방법에 의한 취득

5.「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

○구 지방세법 시행령(2021. 12. 31.대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

③법 제10조 제5항 제3호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1.판결문:민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수·구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
○구 부동산 거래신고 등에 관한 법률(2019. 8. 20.법률 제16494호로 개정되기 전의 것)

제3조(부동산 거래의 신고)

①거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터60일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)·군수 또는 구청장(이하"신고관청"이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다.다만,거래당사자 중 일방이 국가,지방자치단체,대통령령으로 정하는 자의 경우(이하"국가등"이라 한다)에는 국가등이 신고를 하여야 한다.
1.부동산의 매매계약

2.「택지개발촉진법」,「주택법」등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 부동산에 대한 공급계약

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지위의 매매계약

가.제2호에 따른 계약을 통하여 부동산을 공급받는 자로 선정된 지위

나.「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가로 취득한 입주자로 선정된 지위

○구 법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인)

①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하"특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하"부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며,이하 이 조에서"시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定)등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○구 법인세법 시행령(2018. 2. 13.대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

제50조(업무와 관련이 없는 지출)

②제1항 제1호 및 제2호에서"소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의100분의1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등(해당 법인의 국가,지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며,이하"소액주주등"이라 한다)을 말한다.
제87조(특수관계인의 범위)

①법 제52조 제1항에서"대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하"특수관계인"이라 한다)를 말한다.이 경우 본인도「국세기본법」제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
2.주주등(소액주주등을 제외한다.이하 이 관에서 같다)과 그 친족

제88조(부당행위계산의 유형 등)

①법 제52조 제1항에서"조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6.금전,그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가.제20조 제1조 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나.주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다)및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

③제1조 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1조 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이3억원 이상이거나 시가의100분의5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.
제89조(시가의 범위 등)

①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).다만,주식등을 제외한다.
2.「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3,제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액.이 경우「상속세 및 증여세법」제63조 제1조 제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조 제2조 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때“직전6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는3개월로 한다)”은 각각“직전6개월”로 본다.
④제88조 제1조 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다)또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1.유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의100분의50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2.건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며,이하 이 호에서“원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액